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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...cgaagaagatccttactcgcatcgatatcggcagtaaggatttccagggcatattgcctctgttttgatcaccctaaccttgtattcacatactgtgcagGTGGACACGCAGACCATTCTGTTAAGTTGGTGGCGACAGACACTGCTTACGCAGTTGAGAGTGCGTTAAGCCATTGTGCTCCTGTTACATGCTTAGCACT

Basic information

species Physcomitrella patens
transcript PP1S88_98V6.1
intron # 28
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|162181315|gb|FC358410.1|FC358410
EST:     ACTGGGTTCTATTGTTGCAATTACTCCAGACGGCCGTTTCTTACTAACAG                         GTGGACACGCAGACCATTCTGTTAAGTTGGTGGCGACAGACACTGCTTACG
genomic: ACTGGGTTCTATTGTTGCAATTACTCCAGACGGCCGTTTCTTACTAACAGgtctgcacca ... tactgtgcagGTGGACACGCAGACCATTCTGTTAAGTTGGTGGCGACAGACACTGCTTACG






















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

agggcatattgcctctgttttgatcaccctaaccttgtattcacatactgtgcagGTGGACACGCAGACCATTCTGTTAAGTTGGTGGCGACAGACACTGCTTACGCAGTTGAGAGTGCGTTAAGCCATTGTGCTCCTGTTACATGCTTAGCACT
                          ccctaac  putative branch site (score: 2)
                 ttttgat  TA-rich tract