Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   		23  
 5'  3'   		24  
 5'  3'   		25  
 5'  3'   		26  
 5'  3'   		27  
 5'  3'   		28  
 5'  3'   		29  
 5'  3'   		30  
 5'  3'   		31  
 5'  3'   		32  
 5'  3'   		33  
 5'  3'   		34  
 5'  3'   		35  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtatgtaacatcatttccgatctattgtcggaatcagttaggagtttcttggaagaccaacaaaatagttttttttttttttttttttttttttcctttcctcaacctgggatatcttgatgcagGTGTACGCTCTGAATGCTAAAATTGCCGAGTTGGAAAGCGAAATGCACGACGTGGTTCGTGAATTGGTCCGAACCAACTTGGATGTCCAGAATATCAAG

Basic information

species Physcomitrella patens
transcript PP1S41_285V6.1
intron # 27
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|162158979|gb|FC334826.1|FC334826
EST:     GATGCCGAATTGAGGAGCTTGAATCTCTCGCTGCTGGGCGTCTGAAGGAA                         GTGTACGCTCTGAATGCTAAAATTGCCGAGTTGGAAAGCGAAATGCACGAC
genomic: GATGCCGAATTGAGGAGCTTGAATCTCTCGCTGCTGGGCGTCTGAAGGAAgtatgtaaca ... cttgatgcagGTGTACGCTCTGAATGCTAAAATTGCCGAGTTGGAAAGCGAAATGCACGAC






















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ttttttttttttttttttttttttcctttcctcaacctgggatatcttgatgcagGTGTACGCTCTGAATGCTAAAATTGCCGAGTTGGAAAGCGAAATGCACGACGTGGTTCGTGAATTGGTCCGAACCAACTTGGATGTCCAGAATATCAAG
                                            tcttgat  putative branch site (score: 4)
     tttttttttttttttt  TA-rich tract