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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...taggaaaatattcaggtaaactggatgctctaatgatataaagtataacgctttgcataagcttctttattgctaaaatatcggtgcttttgatggtcagCCCTTGCTACGTCTTTTTGATCCCATTCTTAAGAATGCAAGCAAGGAATTGCTTCACGGATCGCATACACGGTCAGTCTCGATATCGACACCTTCCACTG

Basic information

species Physcomitrella patens
transcript PP1S14_182V6.1
intron # 26
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|7147993|gb|AW509915.1|AW509915
EST:     ATTCCAATCGATCCACAGTACTACCTAGAAAATCAGCTGAGCAAG                         CCCTTGCTACGTCTTTTTGATCCCATTCTTAAGAATGCAAGCAAGGAATTG
genomic: ATTCCAATCGATCCACAGTACTACCTAGAAAATCAGCTGAGCAAGgtctttattc ... tgatggtcagCCCTTGCTACGTCTTTTTGATCCCATTCTTAAGAATGCAAGCAAGGAATTG






















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

taacgctttgcataagcttctttattgctaaaatatcggtgcttttgatggtcagCCCTTGCTACGTCTTTTTGATCCCATTCTTAAGAATGCAAGCAAGGAATTGCTTCACGGATCGCATACACGGTCAGTCTCGATATCGACACCTTCCACTG
                                       tgctttt  CT-rich tract
                    tttattgctaaaatat  TA-rich tract