1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' | 12 5' 3' | 13 5' 3' | 14 5' 3' | 15 5' 3' | 16 5' 3' | 17 5' 3' | 18 5' 3' | 19 5' 3' | 20 5' 3' |
21 5' 3' | 22 5' 3' | 23 5' 3' | 24 5' 3' | 25 5' 3' |
gtaagtatatgaaacgtacagtgctgcagtactgtccatgtcatcctatagagctgttgtctttctgcagctcgaaggatacgagttcttacggtgatatgggtttgattctcactcatatgtgttacaggtgcacaatatttaggtgtttctcttgcctgtattctaatcttgccatgctgtgtgggagctttgaaaagCAGTGGCGTGCCACCAGCAAAAAGTGGATGGCTTCTCAAGGATTGTGTAGCTGTACATCAGTTGTTGGAGATTTCTTTCAAAGATGCAGCTGCTGCATCA
species | Physcomitrella patens |
transcript | PP1S201_47V6.1 |
intron # | 24 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: TCAGAGGCAATCAAGATTGTTGAAGATTCCTCTGAGGACCATGCTTCTAG CAGTGGCGTGCCACCAGCAAAAAGTGGATGGCTTCTCAAGGATTGTGTAGCEST: gi|37827091|gb|BJ585103.1|BJ585103
genomic: TCAGAGGCAATCAAGATTGTTGAAGATTCCTCTGAGGACCATGCTTCTAGgtaagtatat ... ctttgaaaagCAGTGGCGTGCCACCAGCAAAAAGTGGATGGCTTCTCAAGGATTGTGTAGC
EST: TCAGAGGCAATCAAGATTGTTGAAGATTCCTCTGAGGACCATGCTTCT-- -AGTGGCGTGCCACCAGCAAAAAGTGGATGGCTTCTCAAGGATTGTGTAGCEST: gi|162257086|gb|FC432825.1|FC432825
genomic: TCAGAGGCAATCAAGATTGTTGAAGATTCCTCTGAGGACCATGCTTCTAGgtaagtatat ... ctttgaaaagCAGTGGCGTGCCACCAGCAAAAAGTGGATGGCTTCTCAAGGATTGTGTAGC
EST: TCAGAGGCAATCAAGATTGTTGAAGATTCCTCTGAGGACCATGCTTCTAG CAGTGGCGTGCCACCAGCAAAAAGTGGATGGCTTCTCAAGGATTGTGTAGCEST: gi|162234186|gb|FC410569.1|FC410569
genomic: TCAGAGGCAATCAAGATTGTTGAAGATTCCTCTGAGGACCATGCTTCTAGgtaagtatat ... ctttgaaaagCAGTGGCGTGCCACCAGCAAAAAGTGGATGGCTTCTCAAGGATTGTGTAGC
EST: TCAGAGGCAATCAAGTTTGTTGAAGATTCCTCTGAGGACCATGCTTCTAG CAGTGGCGTGCCACCAGCAAAAAGTGGATGGCTTCTCAAGGATTGTGTAGCEST: gi|162181626|gb|FC357928.1|FC357928
genomic: TCAGAGGCAATCAAGATTGTTGAAGATTCCTCTGAGGACCATGCTTCTAGgtaagtatat ... ctttgaaaagCAGTGGCGTGCCACCAGCAAAAAGTGGATGGCTTCTCAAGGATTGTGTAGC
EST: TCAGAGGCAATCAAGTTTGTTGAAGATTCCTCTGAGGACCATGCTTCTAG CAGTGGCGTGCCACCAGCAAAAAGTGGATGGCTTCTCAAGGATTGTGTAGCEST: gi|37839584|gb|BJ597592.1|BJ597592
genomic: TCAGAGGCAATCAAGATTGTTGAAGATTCCTCTGAGGACCATGCTTCTAGgtaagtatat ... ctttgaaaagCAGTGGCGTGCCACCAGCAAAAAGTGGATGGCTTCTCAAGGATTGTGTAGC
EST: TCAGAGGCAATCAAGATTGTTGAAGATTCCTCTGAGGACCATGCTTCTAG CAGTGGCGTGCCACCAGCAAAAAGTGGATGGCTTCTCAAGGATTGTGTAGCEST: gi|162277671|gb|FC453302.1|FC453302
genomic: TCAGAGGCAATCAAGATTGTTGAAGATTCCTCTGAGGACCATGCTTCTAGgtaagtatat ... ctttgaaaagCAGTGGCGTGCCACCAGCAAAAAGTGGATGGCTTCTCAAGGATTGTGTAGC
EST: TCAGAGGCAATCAAGATTGTTGAAGATTCCTCTGAGGACCATGCTTCTAG CAGTGGCGTGCCACCAGCAAAAAGTGGATGGCTTCTCAAGGATTGTGTAGC
genomic: TCAGAGGCAATCAAGATTGTTGAAGATTCCTCTGAGGACCATGCTTCTAGgtaagtatat ... ctttgaaaagCAGTGGCGTGCCACCAGCAAAAAGTGGATGGCTTCTCAAGGATTGTGTAGC
gtgtttctcttgcctgtattctaatcttgccatgctgtgtgggagctttgaaaagCAGTGGCGTGCCACCAGCAAAAAGTGGATGGCTTCTCAAGGATTGTGTAGCTGTACATCAGTTGTTGGAGATTTCTTTCAAAGATGCAGCTGCTGCATCA
ttctaat putative branch site (score: 4)
tattctaat TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtaagtatatgaaacgtacagtgctgcagtactgtccatgtcatcctatagagctgttgtctttctgcagctcgaaggatacgagttcttacggtgatatgggtttgattctcactcatatgtgttacaggtgcacaatatttaggtgtttctcttgcctgtattctaatcttgccatgctgtgtgggagctttgaaaagCAGTGGCGTGCCACCAGCAAAAAGTGGATGGCTTCTCAAGGATTGTGTAGCTGTACATCAGTTGTTGGAGATTTCTTTCAAAGATGCAGCTGCTGCATCA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TTGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCTGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGCTGC