Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   		23  
 5'  3'   		24  
 5'  3'   		25  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaagaattcaagctgtttgatgagtatgctgctgagacacctgttgagtcatatgcggtagttgtcctcaactggtttgtgattagttttggtaatataatgattttgtacttttaaacttcgaagtatggcatcctcaaaaacgctttatcttgggtttgagatgtatcttcttattctacagAGAACTCGGCAGCAAATCACTTTTGGATGTCAACAGAGATTTTCTTGAGGCCCATGGTG

Basic information

species Physcomitrella patens
transcript PP1S201_47V6.1
intron # 22
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|162234187|gb|FC410570.1|FC410570
EST:     GCTGACGAGATCATCCACAATGTGATTGCTATGGAAAGAGCATCGTTGAA                         AGAACTCGGCAGCAAATCACTTTTGGATGTCAACAGAGATTTTCTTGAGGC
genomic: GCTGACGAGATCATCCACAATGTGATTGCTATGGAAAGAGCATCGTTGAAgtaagaattc ... tattctacagAGAACTCGGCAGCAAATCACTTTTGGATGTCAACAGAGATTTTCTTGAGGC






















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ggcatcctcaaaaacgctttatcttgggtttgagatgtatcttcttattctacagAGAACTCGGCAGCAAATCACTTTTGGATGTCAACAGAGATTTTCTTGAGGCCCATGGTG
                                     tatcttcttattct  CT-rich tract
                 tttatctt  TA-rich tract