Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtactgattcaatcattttctctttacattttgaatttaatgtaccgtcttctaaatatctgtttggtgagttcctatgcacgtctttctctaaattttaattaccaccatttcgtaagatactgatgtagggctgtcttatttgtggcagGTGGAACGGAAGCGAGGTGAAGAGAATGGAATTCATGGGTACCAGCAACAACAGTTTTGAGAATTAGTGTAGGTTTAGCATTAGCACTTAGATTTTCCCT

Basic information

species Physcomitrella patens
transcript PP1S47_242V6.2
intron # 21
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|37832252|gb|BJ590264.1|BJ590264
EST:     CTGCAATTCAGAGACTGAATAACGTTGCTGTTGGAGGTCGTAGGCTTAAG                         GTGGAACGGAAGCGAGGTGAAGAGAATGGAATTCATGGGTACCAGCAACAA
genomic: CTGCAATTCAGAGACTGAATAACGTTGCTGTTGGAGGTCGTAGGCTTAAGgtactgattc ... tttgtggcagGTGGAACGGAAGCGAGGTGAAGAGAATGGAATTCATGGGTACCAGCAACAA
EST: gi|162162388|gb|FC339158.1|FC339158
EST:     CTGCAATTCAGAGACTGAATAACGTTGCTGTTGGAGGTCGTAGGCTTAAG                         GTGGAACGGAAGCGAGGTGAAGAGAATGGAATTCATGGGTACCAGCAACAA
genomic: CTGCAATTCAGAGACTGAATAACGTTGCTGTTGGAGGTCGTAGGCTTAAGgtactgattc ... tttgtggcagGTGGAACGGAAGCGAGGTGAAGAGAATGGAATTCATGGGTACCAGCAACAA


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tttaattaccaccatttcgtaagatactgatgtagggctgtcttatttgtggcagGTGGAACGGAAGCGAGGTGAAGAGAATGGAATTCATGGGTACCAGCAACAACAGTTTTGAGAATTAGTGTAGGTTTAGCATTAGCACTTAGATTTTCCCT
                        tactgat  putative branch site (score: 2)
                                        tcttattt  putative PPT
                                        tcttattt  TA-rich tract