Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   		23  
 5'  3'   		24  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaagtcttcgtctattgactcagcaacttgaattacaacctgagctggttgaattattctgtactcaatcgctgtgtatattaggatagcttttgaacaagtctgagtcccttttttgttccttgttgcagGTATGTGGAAGAGAGATCTTACAAAAGATTTGCTGAAGCATGCCTTGAAACTACTATTGTGTTGTATGTGGACCGACTTCTTACCCAG

Basic information

species Physcomitrella patens
transcript PP1S35_276V6.1
intron # 20
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|162184259|gb|FC360500.1|FC360500
EST:     ACAGAGTATCTCGTGGCCACATTCACTGACTACTTTGGTGACGTCAAATT                         GTATGTGGAAGAGAGATCTTACAAAAGATTTGCTGAAGCATGCCTTGAAAC
genomic: ACAGAGTATCTCGTGGCCACATTCACTGACTACTTTGGTGACGTCAAATTgtaagtcttc ... cttgttgcagGTATGTGGAAGAGAGATCTTACAAAAGATTTGCTGAAGCATGCCTTGAAAC
EST: gi|162198920|gb|FC372947.1|FC372947
EST:     ACAGAGTATCTCGTGGCCACATTCACTGACTACTTTGGTGACGTCAAATT                         GTATGTGGAAGAGAGATCTTACAAAAGATTTGCTGAAGCATGCCTTGAAAC
genomic: ACAGAGTATCTCGTGGCCACATTCACTGACTACTTTGGTGACGTCAAATTgtaagtcttc ... cttgttgcagGTATGTGGAAGAGAGATCTTACAAAAGATTTGCTGAAGCATGCCTTGAAAC
EST: gi|100412907|gb|BY992494.1|BY992494
EST:     ACAGAGTATCTCGTGGCCACATTCACTGACTACTTTGGTGACGTCAAATT                         GTATGTGGAAGAGAGATCTTACAAAAGATTTGCTGAAGCATGCCTTGAAAC
genomic: ACAGAGTATCTCGTGGCCACATTCACTGACTACTTTGGTGACGTCAAATTgtaagtcttc ... cttgttgcagGTATGTGGAAGAGAGATCTTACAAAAGATTTGCTGAAGCATGCCTTGAAAC


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tatattaggatagcttttgaacaagtctgagtcccttttttgttccttgttgcagGTATGTGGAAGAGAGATCTTACAAAAGATTTGCTGAAGCATGCCTTGAAACTACTATTGTGTTGTATGTGGACCGACTTCTTACCCAG
                               tcccttttttgttcct  CT-rich tract
                                   ttttttgtt  TA-rich tract