Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...ggatttacactgttggcttcgactggtagtgaaaagaaagtgcgagtctggttgagtgtagggatcttggtggctttaatgtgttgggaactgaatgcagCTGGAAATGACGGGCTTGGTGGTGGATGCCGGGGATGGAATGACTCATGTTGTTCCAGTGGCGGATGGTTACATCATTGGTAGCAGCATCAAGTCAATTC

Basic information

species Physcomitrella patens
transcript PP1S85_160V6.2
intron # 2
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|100365851|gb|BY967178.1|BY967178
EST:     TCGCAACTCAAGCAGTGTTAGCTCTAGCAGCTGGCTACACGACCTCCAAG                         CTGGAAATGACGGGCTTGGTGGTGGATGCCGGGGATGGAATGACTCATGTT
genomic: TCGCAACTCAAGCAGTGTTAGCTCTAGCAGCTGGCTACACGACCTCCAAGgtagagtttg ... ctgaatgcagCTGGAAATGACGGGCTTGGTGGTGGATGCCGGGGATGGAATGACTCATGTT






















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

gtctggttgagtgtagggatcttggtggctttaatgtgttgggaactgaatgcagCTGGAAATGACGGGCTTGGTGGTGGATGCCGGGGATGGAATGACTCATGTTGTTCCAGTGGCGGATGGTTACATCATTGGTAGCAGCATCAAGTCAATTC
                            ctttaat  putative branch site (score: 4)
                             tttaatgt  TA-rich tract