1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' |
...cgcgcgcccattctctcgttattttttgtttttgtttttgtttttagagtttgaacttgaatgtggaacaaataattaaaaatctttaatctgcgtacagGGATATTTATAATTGTGAGATCTTGTCTGAAGCTGGGGACGCAATAGCTGAGAGGCAAGCAGCTGTGCAATTGGAAGAGAAGGAAGCCGAGTCAGAAGTA
species | Physcomitrella patens |
transcript | PP1S59_66V6.1 |
intron # | 2 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: CAGATCCAGCTTGCAGGCCAAAATCTAG GGATATTTATAATTGTGAGATCTTGTCTGAAGCTGGGGACGCAATAGCTGA
genomic: CAGATCCAGCTTGCAGGCCAAAATCTAGgtgagtttta ... ctgcgtacagGGATATTTATAATTGTGAGATCTTGTCTGAAGCTGGGGACGCAATAGCTGA
agagtttgaacttgaatgtggaacaaataattaaaaatctttaatctgcgtacagGGATATTTATAATTGTGAGATCTTGTCTGAAGCTGGGGACGCAATAGCTGAGAGGCAAGCAGCTGTGCAATTGGAAGAGAAGGAAGCCGAGTCAGAAGTA
ctttaat putative branch site (score: 7)
aacaaataattaaaaa TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| cgcgcgcccattctctcgttattttttgtttttgtttttgtttttagagtttgaacttgaatgtggaacaaataattaaaaatctttaatctgcgtacagGGATATTTATAATTGTGAGATCTTGTCTGAAGCTGGGGACGCAATAGCTGAGAGGCAAGCAGCTGTGCAATTGGAAGAGAAGGAAGCCGAGTCAGAAGTA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGGAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAAGT