1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' |
...taatgtagtaagacaaccatgtgcagatatttttctgcaaacggtgtgacttgttggataaagatgtttggatgttcacaagaacttggcgtttgtttagGTTAAGGATGTGGACCACAATGTATCGAAGTCGATTGTCACCTGCGAAGATGGCACCATGATCGAAGCAGCTGTTGTGCTTGATGCTACAGGCCATTCAA
species | Physcomitrella patens |
transcript | PP1S55_202V6.1 |
intron # | 2 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: AAATGCTTGAAGCTTGCATTGCGAATGGCGTACAATTTCACCAGGCTAAG GTTAAGGATGTGGACCACAATGTATCGAAGTCGATTGTCACCTGCGAAGATEST: gi|162149863|gb|FC326186.1|FC326186
genomic: AAATGCTTGAAGCTTGCATTGCGAATGGCGTACAATTTCACCAGGCTAAGgttatccttc ... gtttgtttagGTTAAGGATGTGGACCACAATGTATCGAAGTCGATTGTCACCTGCGAAGAT
EST: AAATGCTTGAAGCTTGCATTGCGAATGGCGTACAATTTCACCAGGCTAAG GTTAAGGATGTGGACCACAATGTATCGAAGTCGATTGTCACCTGCGAAGATEST: gi|162168126|gb|FC343816.1|FC343816
genomic: AAATGCTTGAAGCTTGCATTGCGAATGGCGTACAATTTCACCAGGCTAAGgttatccttc ... gtttgtttagGTTAAGGATGTGGACCACAATGTATCGAAGTCGATTGTCACCTGCGAAGAT
EST: ANATGCTTGAAGCTTGCATTGCGAATGGCGTACAATTTCACCAGGCTAAG GTTAAAGATGTGGACCACAATGTATEST: gi|162158482|gb|FC334485.1|FC334485
genomic: AAATGCTTGAAGCTTGCATTGCGAATGGCGTACAATTTCACCAGGCTAAGgttatccttc ... gtttgtttagGTTAAGGATGTGGACCACAATGTAT
EST: ATTTCACCAGGCTAAG GTTAAGGATGTGGACCACAATGTATCGAAGTCGATTGTCACCTGCGAAGATEST: gi|162151822|gb|FC328068.1|FC328068
genomic: ATTTCACCAGGCTAAGgttatccttc ... gtttgtttagGTTAAGGATGTGGACCACAATGTATCGAAGTCGATTGTCACCTGCGAAGAT
EST: AAATGCTTGAAGCTTGCATTGCGAATGGCGTACAATTTCACCAGGCTAAG GTTAAGGATGTGGACCACAATGTATCGAAGTCGATTGTCACCTGCGAAGATEST: gi|162252108|gb|FC428347.1|FC428347
genomic: AAATGCTTGAAGCTTGCATTGCGAATGGCGTACAATTTCACCAGGCTAAGgttatccttc ... gtttgtttagGTTAAGGATGTGGACCACAATGTATCGAAGTCGATTGTCACCTGCGAAGAT
EST: AAATGCTTGAAGCTTGCATTGCGAATGGCGTACAATTTCACCAGGCTAAG GTTAAGGATGTGGACCACAATGTATCGAAGTCGATTGTCACCTGCGAAGAT
genomic: AAATGCTTGAAGCTTGCATTGCGAATGGCGTACAATTTCACCAGGCTAAGgttatccttc ... gtttgtttagGTTAAGGATGTGGACCACAATGTATCGAAGTCGATTGTCACCTGCGAAGAT
gtgacttgttggataaagatgtttggatgttcacaagaacttggcgtttgtttagGTTAAGGATGTGGACCACAATGTATCGAAGTCGATTGTCACCTGCGAAGATGGCACCATGATCGAAGCAGCTGTTGTGCTTGATGCTACAGGCCATTCAA
tttgttt CT-rich tract
ataaagat TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| taatgtagtaagacaaccatgtgcagatatttttctgcaaacggtgtgacttgttggataaagatgtttggatgttcacaagaacttggcgtttgtttagGTTAAGGATGTGGACCACAATGTATCGAAGTCGATTGTCACCTGCGAAGATGGCACCATGATCGAAGCAGCTGTTGTGCTTGATGCTACAGGCCATTCAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGTT
- - - - - - - - - - - - - - - - ttctgca