Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...atgagaatcatgaagttgatattatgactatagggtctttaaccattattattggaccaactagtaccgggattggcacttttggttactgatgttacagATGGAGATGCTTTGTCCGAAGATGCTATCCATGATGGCTCCGTGAGTCTAAGCAGTAGCCGTGACGGAACTAGTGGTTACTTAGCAGGCAGTGGCAGTAG

Basic information

species Physcomitrella patens
transcript PP1S55_143V6.1
intron # 2
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|18342370|gb|BJ174405.1|BJ174405
EST:     CCATGATCTCAGCAAGGGGTCCTCTGCACCTAAACGCATGGTGGAGGAAG                         ATGGAGATGCTTTGTCCGAAGATGCTATCCATGATGGCTCCGTGAGTCTAA
genomic: CCATGATCTCAGCAAGGGGTCCTCTGCACCTAAACGCATGGTGGAGGAAGgtgagccgca ... gatgttacagATGGAGATGCTTTGTCCGAAGATGCTATCCATGATGGCTCCGTGAGTCTAA
EST: gi|100382194|gb|BY969036.1|BY969036
EST:     CCATGATCTCAGCAAGGGGTCCTCTGCACCTAA-CGCATGGTGGAGGAAG                         ATGGAGATGCTTTGTCCGAAGATGCTATCCATGATGGCTCCGTGAGTCTAA
genomic: CCATGATCTCAGCAAGGGGTCCTCTGCACCTAAACGCATGGTGGAGGAAGgtgagccgca ... gatgttacagATGGAGATGCTTTGTCCGAAGATGCTATCCATGATGGCTCCGTGAGTCTAA


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ttattattggaccaactagtaccgggattggcacttttggttactgatgttacagATGGAGATGCTTTGTCCGAAGATGCTATCCATGATGGCTCCGTGAGTCTAAGCAGTAGCCGTGACGGAACTAGTGGTTACTTAGCAGGCAGTGGCAGTAG
                                         tactgat  putative branch site (score: 2)