1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' |
...taattgatcttaggatctgttgttgtttgataatctgtaatgtcttctactcatgtaaactgatcaaataaccaagtatttgattaaacttgcaatgcagGCTGTTGCAAATTCCACGTCTGCCACATTTCTTCGTGTTGTAGGAAGTGAGCTGATACAGAAGTATCTAGGAGATGGACCGAAGTTGGTGCGAGAGCTAT
species | Physcomitrella patens |
transcript | PP1S4_277V6.1 |
intron # | 2 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: CTGGGAAAACTCTTCTTGCTAAG GCTGTTGCAAATTCCACGTCTGCCACATTTCTTCGTGTTGTAGGAAGTGAGEST: gi|162171249|gb|FC346394.1|FC346394
genomic: CTGGGAAAACTCTTCTTGCTAAGgtaaatacgt ... tgcaatgcagGCTGTTGCAAATTCCACGTCTGCCACATTTCTTCGTGTTGTAGGAAGTGAG
EST: GAGTTATTTTGTATGGTGAACCCGGCACTGGGAAAACTCTTCTTGCTAAG GCTGTTGCAAATTCCACGTCTGCCACATTTCTTCGTGTTGTAGGAAGTGAGEST: gi|162224576|gb|FC400472.1|FC400472
genomic: GAGTTATTTTGTATGGTGAACCCGGCACTGGGAAAACTCTTCTTGCTAAGgtaaatacgt ... tgcaatgcagGCTGTTGCAAATTCCACGTCTGCCACATTTCTTCGTGTTGTAGGAAGTGAG
EST: GAGTTATTTTGTATGGTGAACCCGGCACTGGGAAAACTCTTCTTGCTAAG GCTGTTGCAAATTCCACGTCTGCCACATTTCTTCGTGTTGTAGGAAGTGAGEST: gi|162216137|gb|FC392970.1|FC392970
genomic: GAGTTATTTTGTATGGTGAACCCGGCACTGGGAAAACTCTTCTTGCTAAGgtaaatacgt ... tgcaatgcagGCTGTTGCAAATTCCACGTCTGCCACATTTCTTCGTGTTGTAGGAAGTGAG
EST: GAGTTATTTTGTATGGTGAACCCGGCACTGGGAAAACTCTTCTTGCTAAN GCTGTTGCAAATTCCACGTCTG
genomic: GAGTTATTTTGTATGGTGAACCCGGCACTGGGAAAACTCTTCTTGCTAAGgtaaatacgt ... tgcaatgcagGCTGTTGCAAATTCCACGTCTG
tctactcatgtaaactgatcaaataaccaagtatttgattaaacttgcaatgcagGCTGTTGCAAATTCCACGTCTGCCACATTTCTTCGTGTTGTAGGAAGTGAGCTGATACAGAAGTATCTAGGAGATGGACCGAAGTTGGTGCGAGAGCTAT
aagtatttgattaaa TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| taattgatcttaggatctgttgttgtttgataatctgtaatgtcttctactcatgtaaactgatcaaataaccaagtatttgattaaacttgcaatgcagGCTGTTGCAAATTCCACGTCTGCCACATTTCTTCGTGTTGTAGGAAGTGAGCTGATACAGAAGTATCTAGGAGATGGACCGAAGTTGGTGCGAGAGCTAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAAGT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GATGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAGCT