1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' |
gtatgtcggttgcagtttctcgctacatacctgtcgaaagattacccatgctgaaatgcgggtcttttttcagtcgaacacataaatggttcccctcattatttttgtccttattgatacagGTCACGCTGTTGGTCGATGTTCCGGTCATTGGAAGGATTACTATCCCATTGGAGAAGAGGGGAGAGATTCCCATTCCTCACAAGCCAGATGTGGACTTGG
species | Physcomitrella patens |
transcript | PP1S49_242V6.3 |
intron # | 2 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
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EST: ACACCTTTGACGACATCGAACCCGGTCAAGTGATCCCCTATCTTGCTAAG GTCACGCTGGTTGGTCGATGTTCCGG
genomic: ACACCTTTGACGACATCGAACCCGGTCAAGTGATCCCCTATCTTGCTAAGgtatgtcggt ... attgatacagGTCACGCTG-TTGGTCGATGTTCCGG
tttcagtcgaacacataaatggttcccctcattatttttgtccttattgatacagGTCACGCTGTTGGTCGATGTTCCGGTCATTGGAAGGATTACTATCCCATTGGAGAAGAGGGGAGAGATTCCCATTCCTCACAAGCCAGATGTGGACTTGG
tattgat putative branch site (score: 5)
tttttgtccttatt CT-rich tract
tcattattttt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtatgtcggttgcagtttctcgctacatacctgtcgaaagattacccatgctgaaatgcgggtcttttttcagtcgaacacataaatggttcccctcattatttttgtccttattgatacagGTCACGCTGTTGGTCGATGTTCCGGTCATTGGAAGGATTACTATCCCATTGGAGAAGAGGGGAGAGATTCCCATTCCTCACAAGCCAGATGTGGACTTGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAGATG