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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtatgtcggttgcagtttctcgctacatacctgtcgaaagattacccatgctgaaatgcgggtcttttttcagtcgaacacataaatggttcccctcattatttttgtccttattgatacagGTCACGCTGTTGGTCGATGTTCCGGTCATTGGAAGGATTACTATCCCATTGGAGAAGAGGGGAGAGATTCCCATTCCTCACAAGCCAGATGTGGACTTGG

Basic information

species Physcomitrella patens
transcript PP1S49_242V6.1
intron # 2
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|100398885|gb|BY990564.1|BY990564
EST:     ACACCTTTGACGACATCGAACCCGGTCAAGTGATCCCCTATCTTGCTAAG                         GTCACGCTGTTGGTCGATGTTCCGGTCATTGGAAGGATTACTATCCCATTG
genomic: ACACCTTTGACGACATCGAACCCGGTCAAGTGATCCCCTATCTTGCTAAGgtatgtcggt ... attgatacagGTCACGCTGTTGGTCGATGTTCCGGTCATTGGAAGGATTACTATCCCATTG
EST: gi|208377887|gb|DC906872.1|DC906872
EST:     ACACCTTTGACGACATCNAACCCGGTCAAGTGATCCCCTATCTTGCTAAG                         GTCACGCTGTTGGTCNATGT-CCNGTCATNGGAAGGATTACTATCCCA
genomic: ACACCTTTGACGACATCGAACCCGGTCAAGTGATCCCCTATCTTGCTAAGgtatgtcggt ... attgatacagGTCACGCTGTTGGTCGATGTTCCGGTCATTGGAAGGATTACTATCCCA
EST: gi|162240278|gb|FC414323.1|FC414323
EST:     ACACCTTTGACGACATCGAACCCGGTCAAGTGATCCCCTATCTTGCTAAG                         GTCACGCTGTTGGTCGATGTTCCGGTCATTGGAAGGATTACTATCCCATTG
genomic: ACACCTTTGACGACATCGAACCCGGTCAAGTGATCCCCTATCTTGCTAAGgtatgtcggt ... attgatacagGTCACGCTGTTGGTCGATGTTCCGGTCATTGGAAGGATTACTATCCCATTG
EST: gi|162216739|gb|FC393598.1|FC393598
EST:     ACACCTTTGACGACATCGAACCCGGTCAAGTGATCCCCTATCTTGCTAAG                         GTCACGCTGTTGGTCGATGTTCCGGTCATTGGAAGGATTACTATCCCATTG
genomic: ACACCTTTGACGACATCGAACCCGGTCAAGTGATCCCCTATCTTGCTAAGgtatgtcggt ... attgatacagGTCACGCTGTTGGTCGATGTTCCGGTCATTGGAAGGATTACTATCCCATTG
EST: gi|100402538|gb|BY954885.1|BY954885
EST:     ACACCTTTGACGACATCGAACCCGGGCAAGTGATCCCCTATCTTGCTAAA                         GTCACGCTGTTGGTCGATGTTCCGGTCATTGGAAGGATTACTATCCCATTG
genomic: ACACCTTTGACGACATCGAACCCGGTCAAGTGATCCCCTATCTTGCTAAGgtatgtcggt ... attgatacagGTCACGCTGTTGGTCGATGTTCCGGTCATTGGAAGGATTACTATCCCATTG
EST: gi|208383196|gb|DC928224.1|DC928224
EST:     ACACCTTTGACGACATCGAACCCGGTCAAGTGATCCCCTATCTTGCTAAG                         GTCACGCTGTTGGTCGATGTTCCGGTCATTGGAAGGATTACTATCCCATTG
genomic: ACACCTTTGACGACATCGAACCCGGTCAAGTGATCCCCTATCTTGCTAAGgtatgtcggt ... attgatacagGTCACGCTGTTGGTCGATGTTCCGGTCATTGGAAGGATTACTATCCCATTG
EST: gi|208355737|gb|DC910531.1|DC910531
EST:     ACACCTTTGACGACATCGAACCCGGTCAAGTGATCCCCTATCTTGCTAAG                         GTCACGCTGTTGGTCGATGTTCCGGTCATTGGAAGGATTACTATCCCATTG
genomic: ACACCTTTGACGACATCGAACCCGGTCAAGTGATCCCCTATCTTGCTAAGgtatgtcggt ... attgatacagGTCACGCTGTTGGTCGATGTTCCGGTCATTGGAAGGATTACTATCCCATTG
EST: gi|162231457|gb|FC407907.1|FC407907
EST:     CAAGTGATCCCCTATCTTGCTAAG                         GTCACGCTGTTGGTCGATGTTCCGGTCATTGGAAGGATTACTATCCCATTG
genomic: CAAGTGATCCCCTATCTTGCTAAGgtatgtcggt ... attgatacagGTCACGCTGTTGGTCGATGTTCCGGTCATTGGAAGGATTACTATCCCATTG
EST: gi|208347007|gb|DC901842.1|DC901842
EST:     ACACCTTTGACGACATCGAACCCGGTCAAGTGATCCCCTATCTTGCTAAG                         GTCACGCTGTTGGTCGATGTTCCGGTCATTGGAAGGATTACTATCCCATTG
genomic: ACACCTTTGACGACATCGAACCCGGTCAAGTGATCCCCTATCTTGCTAAGgtatgtcggt ... attgatacagGTCACGCTGTTGGTCGATGTTCCGGTCATTGGAAGGATTACTATCCCATTG
EST: gi|7067561|gb|AW497416.1|AW497416
EST:     ACACCTTTGACGACATCGAACCCGGTCAAGTGATCCCCTATCTTGCTAAG                         GTCACGCTGTTGGTCGATGTTCCGGTCATTGGAAGGATTACTATCCCATTG
genomic: ACACCTTTGACGACATCGAACCCGGTCAAGTGATCCCCTATCTTGCTAAGgtatgtcggt ... attgatacagGTCACGCTGTTGGTCGATGTTCCGGTCATTGGAAGGATTACTATCCCATTG
EST: gi|208383578|gb|DC903535.1|DC903535
EST:     ACACCTTTGACGACATCGAACCCGGTCAAGTGATCCCCTATCTTGCTAAG                         GTCACGCTGTTGGTCGATGTTCCGGTCATTGGAAGGATTACTATCCCATTG
genomic: ACACCTTTGACGACATCGAACCCGGTCAAGTGATCCCCTATCTTGCTAAGgtatgtcggt ... attgatacagGTCACGCTGTTGGTCGATGTTCCGGTCATTGGAAGGATTACTATCCCATTG
EST: gi|18355332|gb|BJ187391.1|BJ187391
EST:     ACACCTTTGACGACATCGAACCCGGTCAAGTGATCCCCTATCTTGCTAAG                         GTCACGCTGGTTGGTCGATGTTCCGG
genomic: ACACCTTTGACGACATCGAACCCGGTCAAGTGATCCCCTATCTTGCTAAGgtatgtcggt ... attgatacagGTCACGCTG-TTGGTCGATGTTCCGG
EST: gi|100412900|gb|BY992491.1|BY992491
EST:     ACACCTTTGACGACATCGAACCCGGTCAAGTGATNCCCTATCTTGCTAAG                         GTCACGCTGTTGGTCGATGTTCCGGTCATTGGAAGGATTACTATCCCATTG
genomic: ACACCTTTGACGACATCGAACCCGGTCAAGTGATCCCCTATCTTGCTAAGgtatgtcggt ... attgatacagGTCACGCTGTTGGTCGATGTTCCGGTCATTGGAAGGATTACTATCCCATTG
EST: gi|162235077|gb|FC411212.1|FC411212
EST:     ACACCTTTGACGACATCGAACCCGGTCAAGTGATCCCCTATCTTGCTAAG                         GTCACGCTGTTGGTCGATGTTCCGGTCATTGGAAGGATTACTATCCCATTG
genomic: ACACCTTTGACGACATCGAACCCGGTCAAGTGATCCCCTATCTTGCTAAGgtatgtcggt ... attgatacagGTCACGCTGTTGGTCGATGTTCCGGTCATTGGAAGGATTACTATCCCATTG
EST: gi|162213606|gb|FC389686.1|FC389686
EST:     ACACCTTTGACGACATCGAACCCGGTCAAGTGATCCCCTATCTTGCTAAG                         GTCACGCTGTTGGTCGATGTTCCGGTCATTGGAAGGATTACTATCCCATTG
genomic: ACACCTTTGACGACATCGAACCCGGTCAAGTGATCCCCTATCTTGCTAAGgtatgtcggt ... attgatacagGTCACGCTGTTGGTCGATGTTCCGGTCATTGGAAGGATTACTATCCCATTG
EST: gi|100449819|gb|CJ973952.1|CJ973952
EST:     ACACCTTTGACGACNTCGAACCCGGTCAAGTGATCCCCTATCTTGCTAAG                         GTCACGCTGTTGGTCGATGTTCCGGTCATTGGAAGGATTACTAT
genomic: ACACCTTTGACGACATCGAACCCGGTCAAGTGATCCCCTATCTTGCTAAGgtatgtcggt ... attgatacagGTCACGCTGTTGGTCGATGTTCCGGTCATTGGAAGGATTACTAT
EST: gi|162231458|gb|FC407908.1|FC407908
EST:     ACACCTTTGACGACATCGAACCCGGTCAAGTGATCCCCTATCTTGCTAAG                         GTCACGCTGTTGGTCGATGTTCCGGTCATTGGAAGGATTACTATCCCATTG
genomic: ACACCTTTGACGACATCGAACCCGGTCAAGTGATCCCCTATCTTGCTAAGgtatgtcggt ... attgatacagGTCACGCTGTTGGTCGATGTTCCGGTCATTGGAAGGATTACTATCCCATTG
EST: gi|162267040|gb|FC441841.1|FC441841
EST:     ACACCTTTGACGACATCGAACCCGGTCAAGTGATCCCCTATCTTGCTAAG                         GTCACGCTGTTGGTCGATGTTCCGGTCATTGGAAGGATTACTATCCCATTG
genomic: ACACCTTTGACGACATCGAACCCGGTCAAGTGATCCCCTATCTTGCTAAGgtatgtcggt ... attgatacagGTCACGCTGTTGGTCGATGTTCCGGTCATTGGAAGGATTACTATCCCATTG
EST: gi|162236071|gb|FC412230.1|FC412230
EST:     ACACCTTTGACGACATCGAACCCGGTCAAGTGATCCCCTATCTTGCTAAG                         GTCACGCTGTTGGTCGATGTTCCGGTCATTGGAAGGATTACTATCCCATTG
genomic: ACACCTTTGACGACATCGAACCCGGTCAAGTGATCCCCTATCTTGCTAAGgtatgtcggt ... attgatacagGTCACGCTGTTGGTCGATGTTCCGGTCATTGGAAGGATTACTATCCCATTG
EST: gi|162236070|gb|FC412229.1|FC412229
EST:     ACCCGGTCAAGTGATCCCCTATCTTGCTAAG                         GTCACGCTGTTGGTCGATG-TCCGGGTCATNGGAAGGATTACTATCCCATT
genomic: ACCCGGTCAAGTGATCCCCTATCTTGCTAAGgtatgtcggt ... attgatacagGTCACGCTGTTGGTCGATGTTCC-GGTCATTGGAAGGATTACTATCCCATT
EST: gi|100449979|gb|CJ974033.1|CJ974033
EST:     ACACCTTTGACGACNTCGAACCCGGTCAAGTGATCCCCTATCTTGCTAAG                         GTCACGCTGTTGGTCGATGTTCCNGTCATTGGAAGGAT
genomic: ACACCTTTGACGACATCGAACCCGGTCAAGTGATCCCCTATCTTGCTAAGgtatgtcggt ... attgatacagGTCACGCTGTTGGTCGATGTTCCGGTCATTGGAAGGAT
EST: gi|67570444|gb|BJ943268.1|BJ943268
EST:     ACACCTTTGACGACATCGAACCCGGTCAAGTGATCCCCTATCTTGCTAAG                         GTCACGCTGTTGGTCGATGTTCCGGTCATTGGAAGGATTACTATCCCATTG
genomic: ACACCTTTGACGACATCGAACCCGGTCAAGTGATCCCCTATCTTGCTAAGgtatgtcggt ... attgatacagGTCACGCTGTTGGTCGATGTTCCGGTCATTGGAAGGATTACTATCCCATTG
EST: gi|208357796|gb|DC902320.1|DC902320
EST:     ACACCTTTGACGACATCGAACCCGGTCAAGTGATCCCCTATCTTGCTAAG                         GTCACGCTGTTGGTCGATGTTCCGGTCATTGGAAGGATTACTATCCCATTG
genomic: ACACCTTTGACGACATCGAACCCGGTCAAGTGATCCCCTATCTTGCTAAGgtatgtcggt ... attgatacagGTCACGCTGTTGGTCGATGTTCCGGTCATTGGAAGGATTACTATCCCATTG
EST: gi|100364273|gb|BY984530.1|BY984530
EST:     ACACCTTTGACGACATCGAACCCGGTCAAGTGATCCCCTATCTTGCTAAG                         GTCACGCTGTTGGTCGATGTTCCGGTCATTGGGAAG-ATTACTATCCCATT
genomic: ACACCTTTGACGACATCGAACCCGGTCAAGTGATCCCCTATCTTGCTAAGgtatgtcggt ... attgatacagGTCACGCTGTTGGTCGATGTTCCGGTCATTGG-AAGGATTACTATCCCATT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tttcagtcgaacacataaatggttcccctcattatttttgtccttattgatacagGTCACGCTGTTGGTCGATGTTCCGGTCATTGGAAGGATTACTATCCCATTGGAGAAGAGGGGAGAGATTCCCATTCCTCACAAGCCAGATGTGGACTTGG
                                            tattgat  putative branch site (score: 3)
                                  tttttgtccttatt  CT-rich tract
                            tcattattttt  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gtatgtcggttgcagtttctcgctacatacctgtcgaaagattacccatgctgaaatgcgggtcttttttcagtcgaacacataaatggttcccctcattatttttgtccttattgatacagGTCACGCTGTTGGTCGATGTTCCGGTCATTGGAAGGATTACTATCCCATTGGAGAAGAGGGGAGAGATTCCCATTCCTCACAAGCCAGATGTGGACTTGG

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- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  CAGATG