1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' | 12 5' 3' | 13 5' 3' | 14 5' 3' |
...atggctaccatattgttttcattctcatgtttgatgcatgtgcactctattagcaagagctatggccgttacatttatgcttttcaatgctcatgcacagGGTGATGAGAAGCGATAATCATCGATATATATCAATTGGCACTGCCCCTCAAGAAGGACAAGATGTGTATATCAAAGAACCGTGTAACAGTGGAAGTAAG
species | Physcomitrella patens |
transcript | PP1S48_58V6.4 |
intron # | 2 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: GCTGTAATGCAATTCTAAATGGCGTTGGGCGAGGGTCCCACGAAAGGCAG GGTGATGAGAAGCGATAATCATCGATATATATCAATTGGCACTGCCCCTCAEST: gi|18344869|gb|BJ176910.1|BJ176910
genomic: GCTGTAATGCAATTCTAAATGGCGTTGGGCGAGGGTCCCACGAAAGGCAGgcaagtgaaa ... tcatgcacagGGTGATGAGAAGCGATAATCATCGATATATATCAATTGGCACTGCCCCTCA
EST: GCTGTAATGCAATTCTAAATGGCGTTGGGCGAGGGTCCCACGAAAGGCAG GGTGATGAGAAGCGATAATCATCGATATATATCAATTGGCACTGCCCCTCAEST: gi|18342152|gb|BJ174187.1|BJ174187
genomic: GCTGTAATGCAATTCTAAATGGCGTTGGGCGAGGGTCCCACGAAAGGCAGgcaagtgaaa ... tcatgcacagGGTGATGAGAAGCGATAATCATCGATATATATCAATTGGCACTGCCCCTCA
EST: GCTGTAATGCAATTCTAAATGGCGTTGGGCGAGGGTCCCACGAAAGGCAG GGTGATGAGAAGCGATAATCATCGATATATATCAATTGGCACTGCCCCTCA
genomic: GCTGTAATGCAATTCTAAATGGCGTTGGGCGAGGGTCCCACGAAAGGCAGgcaagtgaaa ... tcatgcacagGGTGATGAGAAGCGATAATCATCGATATATATCAATTGGCACTGCCCCTCA
tctattagcaagagctatggccgttacatttatgcttttcaatgctcatgcacagGGTGATGAGAAGCGATAATCATCGATATATATCAATTGGCACTGCCCCTCAAGAAGGACAAGATGTGTATATCAAAGAACCGTGTAACAGTGGAAGTAAG
ttacatttat TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| atggctaccatattgttttcattctcatgtttgatgcatgtgcactctattagcaagagctatggccgttacatttatgcttttcaatgctcatgcacagGGTGATGAGAAGCGATAATCATCGATATATATCAATTGGCACTGCCCCTCAAGAAGGACAAGATGTGTATATCAAAGAACCGTGTAACAGTGGAAGTAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAAGAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGTGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAAG