Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaagcatgcagcgcattttgtctgcatcaacttgatctggaactatggtcgttgttagtggataggtggtggcagcttagcttgtgttttatggaggtcagaggcaatgatatgttaaaataatctttcatgtgcaaccagGCGGAGTGGATGGAGCGAGTGCAATGTACGTATTCGGCGATTCCTATGTCGACACAGGCAACTTTAGAGACCTGTCGGCATTTCCGCCGTATGGCTCCAT

Basic information

species Physcomitrella patens
transcript PP1S485_2V6.1
intron # 2
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|18354959|gb|BJ187018.1|BJ187018
EST:     TGCTTATGGTACAATCGCAGCAACGATGCTGGTTGGACTCGCCAATATCA                         GCGGAGTGGATGGAGCGAGTGCAATGTACGTATTCGGCGATTCCTATGTCG
genomic: TGCTTATGGTACAATCGCAGCAACGATGCTGGTTGGACTCGCCAATATCAgtaagcatgc ... gtgcaaccagGCGGAGTGGATGGAGCGAGTGCAATGTACGTATTCGGCGATTCCTATGTCG
EST: gi|100400045|gb|BY990751.1|BY990751
EST:     TGCTTATGGTACAATCGCAGCAACGATGCTGGTTGGACTCGCCAATATCA                         GCGGAGTGGATGGAGCGAGTGCAATGTACGTATTCGGCGATTCCTATGTCG
genomic: TGCTTATGGTACAATCGCAGCAACGATGCTGGTTGGACTCGCCAATATCAgtaagcatgc ... gtgcaaccagGCGGAGTGGATGGAGCGAGTGCAATGTACGTATTCGGCGATTCCTATGTCG
EST: gi|208350029|gb|DC910264.1|DC910264
EST:     TGCTTATGGTACAATCGCAGCAACGATGCTGGTTGGACTCGCCAATATCA                         GCGGAGTGGATGGAGCGAGTGCAATGTACGTATTCGGCGATTCCTATGTCG
genomic: TGCTTATGGTACAATCGCAGCAACGATGCTGGTTGGACTCGCCAATATCAgtaagcatgc ... gtgcaaccagGCGGAGTGGATGGAGCGAGTGCAATGTACGTATTCGGCGATTCCTATGTCG
EST: gi|208383770|gb|DC911480.1|DC911480
EST:     TGCTTATGGTACAATCGCAGCAACGATGCTGGTTGGACTCGCCAATATCA                         GCGGAGTGGATGGAGCGAGTGCAATGTACGTATTCGGCGATTCCTATGTCG
genomic: TGCTTATGGTACAATCGCAGCAACGATGCTGGTTGGACTCGCCAATATCAgtaagcatgc ... gtgcaaccagGCGGAGTGGATGGAGCGAGTGCAATGTACGTATTCGGCGATTCCTATGTCG
EST: gi|162270839|gb|FC446868.1|FC446868
EST:     TGCTTATGGTACAATCGCAGCAACGATGCTGGTTGGACTCGCCAATATCA                         GCGGAGTGGATGGAGCGAGTGCAATGTACGTATTCGGCGATTCCTATGTCG
genomic: TGCTTATGGTACAATCGCAGCAACGATGCTGGTTGGACTCGCCAATATCAgtaagcatgc ... gtgcaaccagGCGGAGTGGATGGAGCGAGTGCAATGTACGTATTCGGCGATTCCTATGTCG
EST: gi|18365780|gb|BJ197858.1|BJ197858
EST:     TGCTTATGGTACAATCGCAGCAACGATGCTGGTTGGACTCGCCAATATCA                         GCGGAGTGGATGGAGCGAGTGCAATGTACGTATTCGGCGATTCCTATGTCG
genomic: TGCTTATGGTACAATCGCAGCAACGATGCTGGTTGGACTCGCCAATATCAgtaagcatgc ... gtgcaaccagGCGGAGTGGATGGAGCGAGTGCAATGTACGTATTCGGCGATTCCTATGTCG
EST: gi|100421006|gb|BY993569.1|BY993569
EST:     TGCTTATGGTACAATCGCAGCAACGATGCTGGTTGGACTCGCCAATATCA                         GCGGAGTGGATGGAGCGAGTGCAATGTACGTATTCGGCGATTCCTATGTCG
genomic: TGCTTATGGTACAATCGCAGCAACGATGCTGGTTGGACTCGCCAATATCAgtaagcatgc ... gtgcaaccagGCGGAGTGGATGGAGCGAGTGCAATGTACGTATTCGGCGATTCCTATGTCG
EST: gi|18356091|gb|BJ188150.1|BJ188150
EST:     TGCTTATGGTACAATCGCAGCAACGATGCTGGTTGGACTCGCCAATATCA                         GCGGAGTGGATGGAGCGAGTGCAATGTACGTATTCGGCGATTCCTATGTCG
genomic: TGCTTATGGTACAATCGCAGCAACGATGCTGGTTGGACTCGCCAATATCAgtaagcatgc ... gtgcaaccagGCGGAGTGGATGGAGCGAGTGCAATGTACGTATTCGGCGATTCCTATGTCG
EST: gi|162208832|gb|FC384968.1|FC384968
EST:     TGCTTATGGTTCAATCGCAGCAACGATGCTGGTTGGACTCGCCAATATCA                         GCGGAGTGGATGGAGCGAGTGCAATGTACGTATTCGGCGATTCCTATGTCG
genomic: TGCTTATGGTACAATCGCAGCAACGATGCTGGTTGGACTCGCCAATATCAgtaagcatgc ... gtgcaaccagGCGGAGTGGATGGAGCGAGTGCAATGTACGTATTCGGCGATTCCTATGTCG
EST: gi|208388919|gb|DC932947.1|DC932947
EST:     TGCTTATGGTACAATCGCAGCAACGATGCTGGTTGGACTCGCCAATATCA                         GCGGAGTGGATGGAGCGAGTGCAATGTACGTATTCGGCGATTCCTATGTCG
genomic: TGCTTATGGTACAATCGCAGCAACGATGCTGGTTGGACTCGCCAATATCAgtaagcatgc ... gtgcaaccagGCGGAGTGGATGGAGCGAGTGCAATGTACGTATTCGGCGATTCCTATGTCG
EST: gi|100401340|gb|BY990953.1|BY990953
EST:     TGCTTATGGTACAATCGCAGCAACGATGCTGGTTGGACTCGCCAATATCA                         GCGGAGTGGATGGAGCGAGTGCAATGTACGTATTCGGCGATTCCTATGTCG
genomic: TGCTTATGGTACAATCGCAGCAACGATGCTGGTTGGACTCGCCAATATCAgtaagcatgc ... gtgcaaccagGCGGAGTGGATGGAGCGAGTGCAATGTACGTATTCGGCGATTCCTATGTCG
EST: gi|18368542|gb|BJ200627.1|BJ200627
EST:     TGCTTATGGTACAATCGCAGCAACGATGCTGGTTGGACTCGCCAATATCA                         GCGGAGTGGATGGAGCGAGTGCAATGTACGTATTCGGCGATTCCTATGTCG
genomic: TGCTTATGGTACAATCGCAGCAACGATGCTGGTTGGACTCGCCAATATCAgtaagcatgc ... gtgcaaccagGCGGAGTGGATGGAGCGAGTGCAATGTACGTATTCGGCGATTCCTATGTCG
EST: gi|18343504|gb|BJ175542.1|BJ175542
EST:     TGCTTATGGTACAATCGCAGCAACGATGCTGGTTGGACTCGCCAATATCA                         GCGGAGTGGATGGAGCGAGTGCAATGTACGTATTCGGCGATTCCTATGTCG
genomic: TGCTTATGGTACAATCGCAGCAACGATGCTGGTTGGACTCGCCAATATCAgtaagcatgc ... gtgcaaccagGCGGAGTGGATGGAGCGAGTGCAATGTACGTATTCGGCGATTCCTATGTCG
EST: gi|100410297|gb|BY992036.1|BY992036
EST:     TGCTTATGGTACAATCGCAGCAACGATGCTGGTTGGACTCGCCAATATCA                         GCGGAGTGGATGGAGCGAGTGCAATGTACGTATTCGGCGATTCCTATGTCG
genomic: TGCTTATGGTACAATCGCAGCAACGATGCTGGTTGGACTCGCCAATATCAgtaagcatgc ... gtgcaaccagGCGGAGTGGATGGAGCGAGTGCAATGTACGTATTCGGCGATTCCTATGTCG
EST: gi|18368327|gb|BJ200412.1|BJ200412
EST:     TGCTTATGGTACAATCGCAGCAACGATGCTGGTTGGACTCGCCAATATCA                         GCGGAGTGGATGGAGCGAGTGCAATGTACGTATTCGGCGATTCCTATGTCG
genomic: TGCTTATGGTACAATCGCAGCAACGATGCTGGTTGGACTCGCCAATATCAgtaagcatgc ... gtgcaaccagGCGGAGTGGATGGAGCGAGTGCAATGTACGTATTCGGCGATTCCTATGTCG
EST: gi|208377449|gb|DC906676.1|DC906676
EST:     TGCTTATGGTACAATCGCAGCAACGATGCTGGTTGGACTCGCCAATATCA                         GCGGAGTGGATGGAGCGAGTGCAATGTACGTATTCGGCGATTCCTATGTCG
genomic: TGCTTATGGTACAATCGCAGCAACGATGCTGGTTGGACTCGCCAATATCAgtaagcatgc ... gtgcaaccagGCGGAGTGGATGGAGCGAGTGCAATGTACGTATTCGGCGATTCCTATGTCG
EST: gi|100419722|gb|BY957690.1|BY957690
EST:     TGCTTATGGTACAATCGCAGCAACGATGCTGGTTGGACTCGCCAATATCA                         GCGGAGTGGATGGAGCGAGTGCAATGTACGTATTCGGCGATTCCTATGTCG
genomic: TGCTTATGGTACAATCGCAGCAACGATGCTGGTTGGACTCGCCAATATCAgtaagcatgc ... gtgcaaccagGCGGAGTGGATGGAGCGAGTGCAATGTACGTATTCGGCGATTCCTATGTCG
EST: gi|18361207|gb|BJ193272.1|BJ193272
EST:     TGCTTATGGTACAATCGCAGCAACGATGCTGGTTGGACTCGCCAATATCA                         GCGGAGTGGATGGAGCGAGTGCAATGTACGTATTCGGCGATTCCTATGTCG
genomic: TGCTTATGGTACAATCGCAGCAACGATGCTGGTTGGACTCGCCAATATCAgtaagcatgc ... gtgcaaccagGCGGAGTGGATGGAGCGAGTGCAATGTACGTATTCGGCGATTCCTATGTCG
EST: gi|100431820|gb|BY978522.1|BY978522
EST:     TGCTTATGGTACAATCGCAGCAACGATGCTGGTTGGACTCGCCAATATCA                         GCGGAGTGGATGGAGCGAGTGCAATGTACGTATTCGGCGATTCCTATGTCG
genomic: TGCTTATGGTACAATCGCAGCAACGATGCTGGTTGGACTCGCCAATATCAgtaagcatgc ... gtgcaaccagGCGGAGTGGATGGAGCGAGTGCAATGTACGTATTCGGCGATTCCTATGTCG
EST: gi|100415879|gb|BY956969.1|BY956969
EST:     TGCTTATGGTACAATCGCAGCAACGATGCTGGTTGGACTCGCCAATATCA                         GCGGAGTGGATGGAGCGAGTGCAATGTACGTATTCGGCGATTCCTATGTCG
genomic: TGCTTATGGTACAATCGCAGCAACGATGCTGGTTGGACTCGCCAATATCAgtaagcatgc ... gtgcaaccagGCGGAGTGGATGGAGCGAGTGCAATGTACGTATTCGGCGATTCCTATGTCG
EST: gi|208383925|gb|DC907316.1|DC907316
EST:     TGCTTATGGTACAATCGCAGCAACGATGCTGGTTGGACTCGCCAATATCA                         GCGGAGTGGATGGAGCGAGTGCAATGTACGTATTCGGCGATTCCTATGTCG
genomic: TGCTTATGGTACAATCGCAGCAACGATGCTGGTTGGACTCGCCAATATCAgtaagcatgc ... gtgcaaccagGCGGAGTGGATGGAGCGAGTGCAATGTACGTATTCGGCGATTCCTATGTCG
EST: gi|100361681|gb|BY947769.1|BY947769
EST:     TGCTTATGGTACAATCGCAGCAACGATGCTGGTTGGACTCGCCAATATCA                         GCGGAGTGGATGGAGCGAGTGCAATGTACGTATTCGGCGATTCCTATGTCG
genomic: TGCTTATGGTACAATCGCAGCAACGATGCTGGTTGGACTCGCCAATATCAgtaagcatgc ... gtgcaaccagGCGGAGTGGATGGAGCGAGTGCAATGTACGTATTCGGCGATTCCTATGTCG
EST: gi|100357038|gb|BY983663.1|BY983663
EST:     TGCTTATGGTACAATCGCAGCAACGATGCTGGTTGGACTCGCCAATATCA                         GCGGAGTGGATGGAGCGAGTGCAATGTACGTATTCGGCGATTCCTATGTCG
genomic: TGCTTATGGTACAATCGCAGCAACGATGCTGGTTGGACTCGCCAATATCAgtaagcatgc ... gtgcaaccagGCGGAGTGGATGGAGCGAGTGCAATGTACGTATTCGGCGATTCCTATGTCG
EST: gi|18351413|gb|BJ183465.1|BJ183465
EST:     TGCTTATGGTACAATCGCAGCAACGATGCTGGTTGGACTCGCCAATATCA                         GCGGAGTGGATGGAGCGAGTGCAATGTACGTATTCGGCGATTCCTATGTCG
genomic: TGCTTATGGTACAATCGCAGCAACGATGCTGGTTGGACTCGCCAATATCAgtaagcatgc ... gtgcaaccagGCGGAGTGGATGGAGCGAGTGCAATGTACGTATTCGGCGATTCCTATGTCG
EST: gi|100379676|gb|BY949888.1|BY949888
EST:     TGCTTATGGTACAATCGCAGCAACGATGCTGGTTGGACTCGCCAATATCA                         GCGGAGTGGATGGAGCGAGTGCAATGTACGTATTCGGCGATTCCTATGTCG
genomic: TGCTTATGGTACAATCGCAGCAACGATGCTGGTTGGACTCGCCAATATCAgtaagcatgc ... gtgcaaccagGCGGAGTGGATGGAGCGAGTGCAATGTACGTATTCGGCGATTCCTATGTCG
EST: gi|208348000|gb|DC905323.1|DC905323
EST:     TGCTTATGGTACAATCGCAGCAACGATGCTGGTTGGACTCGCCAATATCA                         GCGGAGTGGATGGAGCGAGTGCAATGTACGTATTCGGCGATTCCTATGTCG
genomic: TGCTTATGGTACAATCGCAGCAACGATGCTGGTTGGACTCGCCAATATCAgtaagcatgc ... gtgcaaccagGCGGAGTGGATGGAGCGAGTGCAATGTACGTATTCGGCGATTCCTATGTCG


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ttttatggaggtcagaggcaatgatatgttaaaataatctttcatgtgcaaccagGCGGAGTGGATGGAGCGAGTGCAATGTACGTATTCGGCGATTCCTATGTCGACACAGGCAACTTTAGAGACCTGTCGGCATTTCCGCCGTATGGCTCCAT
                   aatgatatgttaaaat  TA-rich tract