Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...gggtcatccctgttttcagaatcaatctaatttcaattagcactgccttgtcaaacttctcgtggttgagaaggcactaatgatattgattttactttagGCCCCCAAGCCCTCTCCTGGACCCCACAAGGAGCGGGAATGTCTGCCATTGGTGGTTATGTTGAGGAACAGGCTGAAGTATGCATTGACCTACCGAGAAG

Basic information

species Physcomitrella patens
transcript PP1S461_1V6.1
intron # 2
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|18373420|gb|BJ204998.1|BJ204998
EST:     GGCTCAATGCGCCCAAGCATTGGATGCTTGACAAGTTGGGTGGTGCCTTC                         GCCCCCAAGCCCTCTCCTGGACCCCACAAGGAGCGGGAATGTCTGCCATTG
genomic: GGCTCAATGCGCCCAAGCATTGGATGCTTGACAAGTTGGGTGGTGCCTTCgtgagttcct ... tttactttagGCCCCCAAGCCCTCTCCTGGACCCCACAAGGAGCGGGAATGTCTGCCATTG
EST: gi|162259879|gb|FC436014.1|FC436014
EST:     GGCTCAATGCGCCCAAGCATTGGATGCTTGACAAGTTGGGTGGTGCCTTC                         GCCCCCAAGCCCTCTCCTGGACCCCACAAGGAGCGGGAATGTCTGCCATTG
genomic: GGCTCAATGCGCCCAAGCATTGGATGCTTGACAAGTTGGGTGGTGCCTTCgtgagttcct ... tttactttagGCCCCCAAGCCCTCTCCTGGACCCCACAAGGAGCGGGAATGTCTGCCATTG
EST: gi|22492080|gb|BU052003.1|BU052003
EST:     GGCTCAATGCGCCCAAGCATTGGATGCTTGACAAGTTGGGTGGTGCCTTC                         GCCCCCAAGCCCTCTCCTGGACCCCACAAGGAGCGGGAATGTCTGCCATTG
genomic: GGCTCAATGCGCCCAAGCATTGGATGCTTGACAAGTTGGGTGGTGCCTTCgtgagttcct ... tttactttagGCCCCCAAGCCCTCTCCTGGACCCCACAAGGAGCGGGAATGTCTGCCATTG
EST: gi|67569698|gb|BJ942522.1|BJ942522
EST:     GGCTCAATGCGCCCAAGCATTGGATGCTTGACAAGTTGGGTGGTGCCTTC                         GCCCCCAAGCCCTCTCCTGGACCCCACAAGGAGCGGGAATGTCTGCCATTG
genomic: GGCTCAATGCGCCCAAGCATTGGATGCTTGACAAGTTGGGTGGTGCCTTCgtgagttcct ... tttactttagGCCCCCAAGCCCTCTCCTGGACCCCACAAGGAGCGGGAATGTCTGCCATTG
EST: gi|18353813|gb|BJ185868.1|BJ185868
EST:     GGCTCAATGCGCCCAAGCATTGGATGCTTGACAAGTTGGGTGGTGCCTTC                         GCCCCCAAGCCCTCTCCTGGACCCCACAAGGAGCGGGAATGTCTGCCATTG
genomic: GGCTCAATGCGCCCAAGCATTGGATGCTTGACAAGTTGGGTGGTGCCTTCgtgagttcct ... tttactttagGCCCCCAAGCCCTCTCCTGGACCCCACAAGGAGCGGGAATGTCTGCCATTG
EST: gi|18351557|gb|BJ183609.1|BJ183609
EST:     GGCTCAATGCGCCCAAGCATTGGATGCTTGACAAGTTGGGTGGTGCCTTC                         GCCCCCAAGCCCTCTCCTGGACCCCACAAGGAGCGGGAATGTCTGCCATTG
genomic: GGCTCAATGCGCCCAAGCATTGGATGCTTGACAAGTTGGGTGGTGCCTTCgtgagttcct ... tttactttagGCCCCCAAGCCCTCTCCTGGACCCCACAAGGAGCGGGAATGTCTGCCATTG
EST: gi|208397549|gb|DC912167.1|DC912167
EST:     GGCTCAATGCGCCCAAGCATTGGATGCTTGACAAGTTGGGTGGTGCCTTC                         GCCCCCAAGCCCTCTCCTGGACCCCACAAGGAGCGGGAATGTCTGCCATTG
genomic: GGCTCAATGCGCCCAAGCATTGGATGCTTGACAAGTTGGGTGGTGCCTTCgtgagttcct ... tttactttagGCCCCCAAGCCCTCTCCTGGACCCCACAAGGAGCGGGAATGTCTGCCATTG
EST: gi|162228344|gb|FC405216.1|FC405216
EST:     GGCTCAATGCGCCCAAGCATTGGATGCTTGACAAGTTGGGTGGTGCCTTC                         GCCCCCAAGCCCTCTCCTGGACCCCACAAGGAGCGGGAATGTCTGCCATTG
genomic: GGCTCAATGCGCCCAAGCATTGGATGCTTGACAAGTTGGGTGGTGCCTTCgtgagttcct ... tttactttagGCCCCCAAGCCCTCTCCTGGACCCCACAAGGAGCGGGAATGTCTGCCATTG
EST: gi|162204462|gb|FC381690.1|FC381690
EST:     GGCTCAATGCGCCCAAGCATTGGATGCTTGACAAGTTGGGTGGTGCCTTC                         GCCCCCAAGCCCTCTCCTGGACCCCACAAGGAGCGGGAATGTCTGCCATTG
genomic: GGCTCAATGCGCCCAAGCATTGGATGCTTGACAAGTTGGGTGGTGCCTTCgtgagttcct ... tttactttagGCCCCCAAGCCCTCTCCTGGACCCCACAAGGAGCGGGAATGTCTGCCATTG
EST: gi|162231579|gb|FC408211.1|FC408211
EST:     ATGCGCCCAAGCATTGGATGCTTGACAAGTTGGGTGGTGCCTTC                         GCCCCCAAGCCCTCTCCTGGACCCCACAAGGAGCGGGAATGTCTGCCATTG
genomic: ATGCGCCCAAGCATTGGATGCTTGACAAGTTGGGTGGTGCCTTCgtgagttcct ... tttactttagGCCCCCAAGCCCTCTCCTGGACCCCACAAGGAGCGGGAATGTCTGCCATTG
EST: gi|162234371|gb|FC410117.1|FC410117
EST:     GGCTCAATGCGCCCAAGCATTGGATGCTTGACAAGTTGGGTGGTGCCTTC                         GCCCCCAAGCCCTCTCCTGGACCCCACAAGGAGCGGGAATGTCTGCCATTG
genomic: GGCTCAATGCGCCCAAGCATTGGATGCTTGACAAGTTGGGTGGTGCCTTCgtgagttcct ... tttactttagGCCCCCAAGCCCTCTCCTGGACCCCACAAGGAGCGGGAATGTCTGCCATTG
EST: gi|18331744|gb|BJ163755.1|BJ163755
EST:     GGCTCAATGCGCCCAAGCATTGGATGCTTGACAAGTTGGGTGGTGCCTTC                         GCCCCCAAGCCCTCTCCTGGACCCCACAAGGAGCGGGAATGTCTGCCATTG
genomic: GGCTCAATGCGCCCAAGCATTGGATGCTTGACAAGTTGGGTGGTGCCTTCgtgagttcct ... tttactttagGCCCCCAAGCCCTCTCCTGGACCCCACAAGGAGCGGGAATGTCTGCCATTG
EST: gi|67576478|gb|BJ949302.1|BJ949302
EST:     GGCTCAATGCGCCCAAGCATTGGATGCTTGACAAGTTGGGTGGTGCCTTC                         GCCCCCAAGCCCTCTCCTGGACCCCACAAGGAGCGGGAATGTCTGCCATTG
genomic: GGCTCAATGCGCCCAAGCATTGGATGCTTGACAAGTTGGGTGGTGCCTTCgtgagttcct ... tttactttagGCCCCCAAGCCCTCTCCTGGACCCCACAAGGAGCGGGAATGTCTGCCATTG
EST: gi|67573367|gb|BJ946191.1|BJ946191
EST:     GGCTCAATGCGCCCAAGCATTGGATGCTTGACAAGTTGGGTGGTGCCTTC                         GCCCCCAAGCCCTCTCCTGGACCCCACAAGGAGCGGGAATGTCTGCCATTG
genomic: GGCTCAATGCGCCCAAGCATTGGATGCTTGACAAGTTGGGTGGTGCCTTCgtgagttcct ... tttactttagGCCCCCAAGCCCTCTCCTGGACCCCACAAGGAGCGGGAATGTCTGCCATTG
EST: gi|67569443|gb|BJ942267.1|BJ942267
EST:     GGCTCAATGCGCCCAAGCATTGGATGCTTGACAAGTTGGGTGGTGCCTTC                         GCCCCCAAGCCCTCTCCTGGACCCCACAAGGAGCGGGAATGTCTGCCATTG
genomic: GGCTCAATGCGCCCAAGCATTGGATGCTTGACAAGTTGGGTGGTGCCTTCgtgagttcct ... tttactttagGCCCCCAAGCCCTCTCCTGGACCCCACAAGGAGCGGGAATGTCTGCCATTG
EST: gi|18355712|gb|BJ187771.1|BJ187771
EST:     GGCTCAATGCGCCCAAGCATTGGATGCTTGACAAGTTGGGTGGTGCCTTC                         GCCCCCAAGCCCTCTCCTGGACCCCACAAGGAGCGGGAATGTCTGCCATTG
genomic: GGCTCAATGCGCCCAAGCATTGGATGCTTGACAAGTTGGGTGGTGCCTTCgtgagttcct ... tttactttagGCCCCCAAGCCCTCTCCTGGACCCCACAAGGAGCGGGAATGTCTGCCATTG
EST: gi|18332043|gb|BJ164055.1|BJ164055
EST:     GGCTCAATGCGCCCAAGCATTGGATGCTTGACAAGTTGGGTGGTGCCTTC                         GCCCCCAAGCCCTCTCCTGGACCCCACAAGGAGCGGGAATGTCTGCCATTG
genomic: GGCTCAATGCGCCCAAGCATTGGATGCTTGACAAGTTGGGTGGTGCCTTCgtgagttcct ... tttactttagGCCCCCAAGCCCTCTCCTGGACCCCACAAGGAGCGGGAATGTCTGCCATTG
EST: gi|162271080|gb|FC446614.1|FC446614
EST:     GGCTCAATGCGCCCAAGCATTGGATGCTTGACAAGTTGGGTGGTGCCTTC                         GCCCCCAAGCCCTCTCCTGGACCCCACAAGGAGCGGGAATGTCTGCCATTG
genomic: GGCTCAATGCGCCCAAGCATTGGATGCTTGACAAGTTGGGTGGTGCCTTCgtgagttcct ... tttactttagGCCCCCAAGCCCTCTCCTGGACCCCACAAGGAGCGGGAATGTCTGCCATTG
EST: gi|18357974|gb|BJ190033.1|BJ190033
EST:     GGCTCAATGCGCCCAAGCATTGGATGCTTGACAAGTTGGGTGGTGCCTTC                         GCCCCCAAGCCCTCTCCTGGACCCCACAAGGAGCGGGAATGTCTGCCATTG
genomic: GGCTCAATGCGCCCAAGCATTGGATGCTTGACAAGTTGGGTGGTGCCTTCgtgagttcct ... tttactttagGCCCCCAAGCCCTCTCCTGGACCCCACAAGGAGCGGGAATGTCTGCCATTG
EST: gi|162211721|gb|FC388009.1|FC388009
EST:     GGCTCAATGCGCCCAAGCATTGGATGCTTGACAAGTTGGGTGGTGCCTTC                         GCCCCCAAGCCCTCTCCTGGACCCCACAAGGAGCGGGAATGTCTGCCATTG
genomic: GGCTCAATGCGCCCAAGCATTGGATGCTTGACAAGTTGGGTGGTGCCTTCgtgagttcct ... tttactttagGCCCCCAAGCCCTCTCCTGGACCCCACAAGGAGCGGGAATGTCTGCCATTG

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 1 RNA-Seqlibrary.


Block sizes: 35 (upstream exon), 32 (downstream exon)
Score: 21

GCTCGTGGTTTGAAGAAGCATCTGAAGAGGCTCAATGCGCCCAAGCATTGGATGCTTGACAAGTTGGGTGGTGCCTTCgtgagttcct ... tttactttagGCCCCCAAGCCCTCTCCTGGACCCCACAAGGAGCGGGAATGTCTGCCATTGGTGGTTATGTTGAGGAACAGGCTGAAGTATGCATTGACCTACCGAGAAG




<











<


<











 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ccttgtcaaacttctcgtggttgagaaggcactaatgatattgattttactttagGCCCCCAAGCCCTCTCCTGGACCCCACAAGGAGCGGGAATGTCTGCCATTGGTGGTTATGTTGAGGAACAGGCTGAAGTATGCATTGACCTACCGAGAAG
                                            ttttacttt  CT-rich tract
                                taatgatattgatttt  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gggtcatccctgttttcagaatcaatctaatttcaattagcactgccttgtcaaacttctcgtggttgagaaggcactaatgatattgattttactttagGCCCCCAAGCCCTCTCCTGGACCCCACAAGGAGCGGGAATGTCTGCCATTGGTGGTTATGTTGAGGAACAGGCTGAAGTATGCATTGACCTACCGAGAAG

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CTGAAG