1 5' 3' | 2 5' 3' |
gtagcggacgaacccttgcaatgtggtgatgtatgggaatacgtagtgaagttggaaagagagatgtaatcgggattgaaatggattcgcagagggttcacggtgatggacatgaggtttgaggatgcagagtgagttgtgggagggtttggtgtgttgtggatgtggttgttaacgtggaggatggcatcgtttgcagGGCGAATGCTCAGCAGCCGAAGCTGTTCGTGGGGATGATCCTGATCCTCATTTTCGCTGAGGCGCTTGCCTTGTATGGACTGATCGTCGGCATTATCTTG
species | Physcomitrella patens |
transcript | PP1S45_97V6.1 |
intron # | 2 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: GGACTGTCGGCAGGCATGGCCATCGGTATCGTTGGAGATGCTGGTGTGAG GGCGAATGCTCAGCAGCCGAAGCTGTTCGTGGGGATGATCCTGATCCTCATEST: gi|208373987|gb|DC944720.1|DC944720
genomic: GGACTGTCGGCAGGCATGGCCATCGGTATCGTTGGAGATGCTGGTGTGAGgtagcggacg ... tcgtttgcagGGCGAATGCTCAGCAGCCGAAGCTGTTCGTGGGGATGATCCTGATCCTCAT
EST: GGACTGTCGGCAGGCATGGCCATCGGTATCGTTGGAGATGCTGGTGTGAG GGCGAATGCTCAGCAGCCGAAGCTGTTCGTGGGGATGATCCTGATCCTCATEST: gi|208400226|gb|DC908887.1|DC908887
genomic: GGACTGTCGGCAGGCATGGCCATCGGTATCGTTGGAGATGCTGGTGTGAGgtagcggacg ... tcgtttgcagGGCGAATGCTCAGCAGCCGAAGCTGTTCGTGGGGATGATCCTGATCCTCAT
EST: GGACTGTCGGCAGGCATGGCCATCGGTATCGTTGGAGATGCTGGTGTGAG GGCGAATGCTCAGCAGCCGAAGCTGTTCGTGGGGATGATCCTGATCCTCATEST: gi|7648085|gb|AW739068.1|AW739068
genomic: GGACTGTCGGCAGGCATGGCCATCGGTATCGTTGGAGATGCTGGTGTGAGgtagcggacg ... tcgtttgcagGGCGAATGCTCAGCAGCCGAAGCTGTTCGTGGGGATGATCCTGATCCTCAT
EST: TGGAGATGCTGGTGTGAG GGCGAATGCTCAGCAGCCGAAGCTGTTCGTGGGGATGATCCTGATCCTCATEST: gi|162206391|gb|FC383384.1|FC383384
genomic: TGGAGATGCTGGTGTGAGgtagcggacg ... tcgtttgcagGGCGAATGCTCAGCAGCCGAAGCTGTTCGTGGGGATGATCCTGATCCTCAT
EST: GGACTGTCGGCAGGCATGGCCATCGGTATCGTTGGAGATGCTGGTGTGAG GGCGAATGCTCAGCAGCCGAAGCTGTTCGTGGGGATGATCCTGATCCTCATEST: gi|67692157|gb|BJ952390.1|BJ952390
genomic: GGACTGTCGGCAGGCATGGCCATCGGTATCGTTGGAGATGCTGGTGTGAGgtagcggacg ... tcgtttgcagGGCGAATGCTCAGCAGCCGAAGCTGTTCGTGGGGATGATCCTGATCCTCAT
EST: GGACTGTCGGCAGGCATGGCCATCGGTATCGTTGGAGATGCTGGTGTGAG GGCGAATGCTCAGCAGCCGAAGCTGTTCGTGGGGATGATCCTGATCCTCATEST: gi|67507827|gb|BJ940704.1|BJ940704
genomic: GGACTGTCGGCAGGCATGGCCATCGGTATCGTTGGAGATGCTGGTGTGAGgtagcggacg ... tcgtttgcagGGCGAATGCTCAGCAGCCGAAGCTGTTCGTGGGGATGATCCTGATCCTCAT
EST: GGACTGTCGGCAGGCATGGCCATCGGTATCGTTGGAGATGCTGGTGTGAG GGCGAATGCTCAGCAGCCGAAGCTGTTCGTGGGGATGATCCTGATCCTCATEST: gi|100432293|gb|BY960411.1|BY960411
genomic: GGACTGTCGGCAGGCATGGCCATCGGTATCGTTGGAGATGCTGGTGTGAGgtagcggacg ... tcgtttgcagGGCGAATGCTCAGCAGCCGAAGCTGTTCGTGGGGATGATCCTGATCCTCAT
EST: GGACTGTCGGCAGGCATGGCCATCGGTATCGTTGGAGATGCTGGTGTGAG GGCGAATGCTCAGCAGCCGAAGCTGTTCGTGGGGATGATCCTGATCCTCATEST: gi|100352656|gb|BY945381.1|BY945381
genomic: GGACTGTCGGCAGGCATGGCCATCGGTATCGTTGGAGATGCTGGTGTGAGgtagcggacg ... tcgtttgcagGGCGAATGCTCAGCAGCCGAAGCTGTTCGTGGGGATGATCCTGATCCTCAT
EST: GGACTGTCGGCAGGCATGGCCATCGGTATCGTTGGAGATGCTGGTGTGAG GGCGAATGCTCAGCAGCCGAAGCTGTTCGTGGGGATGATCCTGATCCTCATEST: gi|19790121|gb|BQ041643.1|BQ041643
genomic: GGACTGTCGGCAGGCATGGCCATCGGTATCGTTGGAGATGCTGGTGTGAGgtagcggacg ... tcgtttgcagGGCGAATGCTCAGCAGCCGAAGCTGTTCGTGGGGATGATCCTGATCCTCAT
EST: GGACTGTCGGCAGGCATGGCCATCGGTATCGTTGGAGATGCTGGTGTGAG GGCGAATGCTCAGCAGCCGAAGCTGTTCGNTGGGEST: gi|162206392|gb|FC383385.1|FC383385
genomic: GGACTGTCGGCAGGCATGGCCATCGGTATCGTTGGAGATGCTGGTGTGAGgtagcggacg ... tcgtttgcagGGCGAATGCTCAGCAGCCGAAGCTGTTCG-TGGG
EST: GGACTGTCGGCAGGCATGGCCATCGGTATCGTTGGAGATGCTGGTGTGAG GGCGAATGCTCAGCAGCCGAAGCTGTTCGTGGGGATGATCCTGATCCTCATEST: gi|67718832|gb|BJ969091.1|BJ969091
genomic: GGACTGTCGGCAGGCATGGCCATCGGTATCGTTGGAGATGCTGGTGTGAGgtagcggacg ... tcgtttgcagGGCGAATGCTCAGCAGCCGAAGCTGTTCGTGGGGATGATCCTGATCCTCAT
EST: GGACTGTCGGCAGGCATGGCCATCGGTATCGTTGGAGATGCTGGTGTGAG GGCGAATGCTCAGCAGCCGAAGCTGTTCGTGGGGATGATCCTGATCCTCATEST: gi|100372520|gb|BY985638.1|BY985638
genomic: GGACTGTCGGCAGGCATGGCCATCGGTATCGTTGGAGATGCTGGTGTGAGgtagcggacg ... tcgtttgcagGGCGAATGCTCAGCAGCCGAAGCTGTTCGTGGGGATGATCCTGATCCTCAT
EST: GGACTGTCGGCAGGCATGGCCATCGGTATCGTTGGAGATGCTGGTGTGAG GGCGAATGCTCAGCAGCCGAAGCTGTTCGTGGGGATGATCCTGATCCTCATEST: gi|67568945|gb|BJ941769.1|BJ941769
genomic: GGACTGTCGGCAGGCATGGCCATCGGTATCGTTGGAGATGCTGGTGTGAGgtagcggacg ... tcgtttgcagGGCGAATGCTCAGCAGCCGAAGCTGTTCGTGGGGATGATCCTGATCCTCAT
EST: GGACTGTCGGCAGGCATGGCCATCGGTATCGTTGGAGATGCTGGTGTGAG GGCGAATGCTCAGCAGCCGAAGCTGTTCGTGGGGATGATCCTGATCCTCATEST: gi|208386035|gb|DC956551.1|DC956551
genomic: GGACTGTCGGCAGGCATGGCCATCGGTATCGTTGGAGATGCTGGTGTGAGgtagcggacg ... tcgtttgcagGGCGAATGCTCAGCAGCCGAAGCTGTTCGTGGGGATGATCCTGATCCTCAT
EST: GGACTGTCGGCAGGCATGGCCATCGGTATCGTTGGAGATGCTGGTGTGAG GGCGAATGCTCAGCAGCCGAAGCTGTTCGTGGGGATGATCCTGATCCTCATEST: gi|208355821|gb|DC930184.1|DC930184
genomic: GGACTGTCGGCAGGCATGGCCATCGGTATCGTTGGAGATGCTGGTGTGAGgtagcggacg ... tcgtttgcagGGCGAATGCTCAGCAGCCGAAGCTGTTCGTGGGGATGATCCTGATCCTCAT
EST: GGACTGTCGGCAGGCATGGCCATCGGTATCGTTGGAGATGCTGGTGTGAG GGCGAATGCTCAGCAGCCGAAGCTGTTCGTGGGGATGATCCTGATCCTCATEST: gi|208388958|gb|DC932986.1|DC932986
genomic: GGACTGTCGGCAGGCATGGCCATCGGTATCGTTGGAGATGCTGGTGTGAGgtagcggacg ... tcgtttgcagGGCGAATGCTCAGCAGCCGAAGCTGTTCGTGGGGATGATCCTGATCCTCAT
EST: GGACTGTCGGCAGGCATGGCCATCGGTATCGTTGGAGATGCTGGTGTGAG GGCGAATGCTCAGCAGCCGAAGCTGTTCGTGGGGATGATCCTGATCCTCATEST: gi|208384228|gb|DC919700.1|DC919700
genomic: GGACTGTCGGCAGGCATGGCCATCGGTATCGTTGGAGATGCTGGTGTGAGgtagcggacg ... tcgtttgcagGGCGAATGCTCAGCAGCCGAAGCTGTTCGTGGGGATGATCCTGATCCTCAT
EST: GGACTGTCGGCAGGCATGGCCATCGGTATCGTTGGAGATGCTGGTGTGAG GGCGGATGCTCAGCAGCCGAAGCTGTTCGTGGGGATGATCCTGATCCTCATEST: gi|18354664|gb|BJ186722.1|BJ186722
genomic: GGACTGTCGGCAGGCATGGCCATCGGTATCGTTGGAGATGCTGGTGTGAGgtagcggacg ... tcgtttgcagGGCGAATGCTCAGCAGCCGAAGCTGTTCGTGGGGATGATCCTGATCCTCAT
EST: GGACTGTCGGCAGGCATGGCCATCGGTATCGTTGGAGATGCTGGTGTGAG GGCGAATGCTCAGCAGCCGAAGCTGTTCGTGGGGATGATCCTGATCCTCATEST: gi|208348535|gb|DC905814.1|DC905814
genomic: GGACTGTCGGCAGGCATGGCCATCGGTATCGTTGGAGATGCTGGTGTGAGgtagcggacg ... tcgtttgcagGGCGAATGCTCAGCAGCCGAAGCTGTTCGTGGGGATGATCCTGATCCTCAT
EST: GGACTGTCGGCAGGCATGGCCATCGGTATCGTTGGAGATGCTGGTGTGAG GGCGGATGCTCAGCAGCCGAAGCTGTTCGTGGGGATGATCCTGATCCTCATEST: gi|18351281|gb|BJ183333.1|BJ183333
genomic: GGACTGTCGGCAGGCATGGCCATCGGTATCGTTGGAGATGCTGGTGTGAGgtagcggacg ... tcgtttgcagGGCGAATGCTCAGCAGCCGAAGCTGTTCGTGGGGATGATCCTGATCCTCAT
EST: GGACTGTCGGCAGGCATGGCCATCGGTATCGTTGGAGATGCTGGTGTGAG GGCGAATGCTCAGCAGEST: gi|100417075|gb|BY957154.1|BY957154
genomic: GGACTGTCGGCAGGCATGGCCATCGGTATCGTTGGAGATGCTGGTGTGAGgtagcggacg ... tcgtttgcagGGCGAATGCTCAGCAG
EST: GGACTGTCGGCAGGCATGGCCATCGGTATCGTTGGAGATGCTGGTGTGAG GGCGAATGCTCAGCAGCCGAAGCTGTTCGTGGGGATGATCCTGATCCTCATEST: gi|208378908|gb|DC922754.1|DC922754
genomic: GGACTGTCGGCAGGCATGGCCATCGGTATCGTTGGAGATGCTGGTGTGAGgtagcggacg ... tcgtttgcagGGCGAATGCTCAGCAGCCGAAGCTGTTCGTGGGGATGATCCTGATCCTCAT
EST: GGACTGTCGGCAGGCATGGCCATCGGTATCGTTGGAGATGCTGGTGTGAG GGCGAATGCTCAGCAGCCGAAGCTGTTCGTGGGGATGATCCTGATCCTCATEST: gi|208394872|gb|DC924119.1|DC924119
genomic: GGACTGTCGGCAGGCATGGCCATCGGTATCGTTGGAGATGCTGGTGTGAGgtagcggacg ... tcgtttgcagGGCGAATGCTCAGCAGCCGAAGCTGTTCGTGGGGATGATCCTGATCCTCAT
EST: GGACTGTCGGCAGGCATGGCCATCGGTATCGTTGGAGATGCTGGTGTGAG GGNGAATGCTCAGCAGCCGAAGCTGTTCGTGGGGATGATCNTGATCCTCATEST: gi|37829504|gb|BJ587516.1|BJ587516
genomic: GGACTGTCGGCAGGCATGGCCATCGGTATCGTTGGAGATGCTGGTGTGAGgtagcggacg ... tcgtttgcagGGCGAATGCTCAGCAGCCGAAGCTGTTCGTGGGGATGATCCTGATCCTCAT
EST: GGACTGTCGGCAGGCATGGCCATCGGTATCGTTGGAGATGCTGGTGTGAG GGCGAATGCTCAGCAGCCGAAGCTGTTCGTGGGGATGATCCTGATCCTCATEST: gi|37830631|gb|BJ588643.1|BJ588643
genomic: GGACTGTCGGCAGGCATGGCCATCGGTATCGTTGGAGATGCTGGTGTGAGgtagcggacg ... tcgtttgcagGGCGAATGCTCAGCAGCCGAAGCTGTTCGTGGGGATGATCCTGATCCTCAT
EST: GAGATGCTGGTGTGAG GGCGAATGCTCAGCAGCCGAAGCTGTTCGTGGGGATGATCCTGATCNTCATEST: gi|67575975|gb|BJ948799.1|BJ948799
genomic: GAGATGCTGGTGTGAGgtagcggacg ... tcgtttgcagGGCGAATGCTCAGCAGCCGAAGCTGTTCGTGGGGATGATCCTGATCCTCAT
EST: GGACTGTCGGCAGGCATGGCCATCGGTATCGTTGGAGATGCTGGTGTGAN GGCGAATGCTCAGEST: gi|37829531|gb|BJ587543.1|BJ587543
genomic: GGACTGTCGGCAGGCATGGCCATCGGTATCGTTGGAGATGCTGGTGTGAGgtagcggacg ... tcgtttgcagGGCGAATGCTCAG
EST: GGACTGTCGGCAGGCATGGCCATCGGTATCGTTGGAGATGCTGGTGTGAG GGCGAATGCTCAGCAGCCGAAGCTGTTCGTGGGGATGATCCTGATCCTCAT
genomic: GGACTGTCGGCAGGCATGGCCATCGGTATCGTTGGAGATGCTGGTGTGAGgtagcggacg ... tcgtttgcagGGCGAATGCTCAGCAGCCGAAGCTGTTCGTGGGGATGATCCTGATCCTCAT
gggtttggtgtgttgtggatgtggttgttaacgtggaggatggcatcgtttgcagGGCGAATGCTCAGCAGCCGAAGCTGTTCGTGGGGATGATCCTGATCCTCATTTTCGCTGAGGCGCTTGCCTTGTATGGACTGATCGTCGGCATTATCTTG
tgttaac putative branch site (score: 13)
ttgttaa TA-rich tract