1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' |
...tcattttgcagtctgcttcaatcataatccattaataatgatcaatgctggtggtttgagcgtgtgtgcttgttctaagcatggcatcgtggctgatcagGTTCTTTTTGGGAGGAAACAAAGTACTTCAGATAGCTCTAGGGAAAACAGCTGCTGAAGAGCATAAGGAAGGATTGCATCAAGCTAGCGAG
species | Physcomitrella patens |
transcript | PP1S431_4V6.1 |
intron # | 2 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: CGGAATACTAAGTTCAAAGAATTCAAGGAAAAGCTCAAGGCTAGTTCCAG GTTCTTTTTGGGAGGAAACAAAGTACTTCAGATAGCTCTAGGGAAAACAGCEST: gi|208355823|gb|DC930186.1|DC930186
genomic: CGGAATACTAAGTTCAAAGAATTCAAGGAAAAGCTCAAGGCTAGTTCCAGgtgttgtact ... ggctgatcagGTTCTTTTTGGGAGGAAACAAAGTACTTCAGATAGCTCTAGGGAAAACAGC
EST: CGGAATACTAAGTTCAAAGAATTCAAGGAAAAGCTCAAGGCTAGTTCCAG GTTCTTTTTGGGAGGAAACAAAGTACTTCAGATAGCTCTAGGGAAAACAGCEST: gi|18349399|gb|BJ181448.1|BJ181448
genomic: CGGAATACTAAGTTCAAAGAATTCAAGGAAAAGCTCAAGGCTAGTTCCAGgtgttgtact ... ggctgatcagGTTCTTTTTGGGAGGAAACAAAGTACTTCAGATAGCTCTAGGGAAAACAGC
EST: CGGAATACTAAGTTCAAAGAATTCAAGGAAAAGCTCAAGGCTAGTTCCAG GTTCTTTTTGGGAGGAAACAAAGTACTTCAGATAGCTCTAGGGAAAACAGC
genomic: CGGAATACTAAGTTCAAAGAATTCAAGGAAAAGCTCAAGGCTAGTTCCAGgtgttgtact ... ggctgatcagGTTCTTTTTGGGAGGAAACAAAGTACTTCAGATAGCTCTAGGGAAAACAGC
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| tcattttgcagtctgcttcaatcataatccattaataatgatcaatgctggtggtttgagcgtgtgtgcttgttctaagcatggcatcgtggctgatcagGTTCTTTTTGGGAGGAAACAAAGTACTTCAGATAGCTCTAGGGAAAACAGCTGCTGAAGAGCATAAGGAAGGATTGCATCAAGCTAGCGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCTGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CTGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAGCA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGGAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAAGCT
- - - - - - -tgcttca