1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' |
gtaagtgaatacgtgtgtccttctacactccgtgcaccaattttagcggtggatttttcactgaatttgtagattcaaagtctctattgtatttatgttcatgatgggcaaatgtaggacaatggaaccgatggtttgctgacgaggtgatcaactcactgggagattcttggaaataatgtcagATCTGACACAAGAGCTTGAAAGCAGCTCCTCGGCTGAGACCCAGGAGTCTGCCGAAGTTGACACGTTTGGGTTCGATGGACTCGGCAGCAGGGAAGAGGA
species | Physcomitrella patens |
transcript | PP1S42_184V6.1 |
intron # | 2 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: TTTGACGTCATATCCCCTTTTTGTAACACAGGGCATGGTTGCTCTCGCGG ATCTGACACAAGAGCTTGAAAGCAGCTCCTCGGCTGAGACCCAGGAGTCTGEST: gi|100389998|gb|BY989078.1|BY989078
genomic: TTTGACGTCATATCCCCTTTTTGTAACACAGGGCATGGTTGCTCTCGCGGgtaagtgaat ... ataatgtcagATCTGACACAAGAGCTTGAAAGCAGCTCCTCGGCTGAGACCCAGGAGTCTG
EST: TTTGACGTCATATCCCCTTTTTGTAACACAGGGCATGGTTGCTCTCGCGG ATCTGACACAAGAGCTTGAAAGCAGCTCCTCGGCTGAGACCCAGGAGTCTGEST: gi|208390571|gb|DC937503.1|DC937503
genomic: TTTGACGTCATATCCCCTTTTTGTAACACAGGGCATGGTTGCTCTCGCGGgtaagtgaat ... ataatgtcagATCTGACACAAGAGCTTGAAAGCAGCTCCTCGGCTGAGACCCAGGAGTCTG
EST: TTTGACGTCATATCCCCTTTTTGTAACACAGGGCATGGTTGCTCTCGCGG ATCTGACACAAGAGCTTGAAAGCAGCTCCTCGGCTGAGACCCAGGAGTCTGEST: gi|208386404|gb|DC937071.1|DC937071
genomic: TTTGACGTCATATCCCCTTTTTGTAACACAGGGCATGGTTGCTCTCGCGGgtaagtgaat ... ataatgtcagATCTGACACAAGAGCTTGAAAGCAGCTCCTCGGCTGAGACCCAGGAGTCTG
EST: TTTGACGTCATATCCCCTTTTTGTAACACAGGGCATGGTTGCTCTCGCGG ATCTGACACAAGAGCTTGAAAGCAGCTCCTCGGCTGAGACCCAGGAGTCTG
genomic: TTTGACGTCATATCCCCTTTTTGTAACACAGGGCATGGTTGCTCTCGCGGgtaagtgaat ... ataatgtcagATCTGACACAAGAGCTTGAAAGCAGCTCCTCGGCTGAGACCCAGGAGTCTG
atggtttgctgacgaggtgatcaactcactgggagattcttggaaataatgtcagATCTGACACAAGAGCTTGAAAGCAGCTCCTCGGCTGAGACCCAGGAGTCTGCCGAAGTTGACACGTTTGGGTTCGATGGACTCGGCAGCAGGGAAGAGGA
aactcac putative branch site (score: 11)
aaataatgt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtaagtgaatacgtgtgtccttctacactccgtgcaccaattttagcggtggatttttcactgaatttgtagattcaaagtctctattgtatttatgttcatgatgggcaaatgtaggacaatggaaccgatggtttgctgacgaggtgatcaactcactgggagattcttggaaataatgtcagATCTGACACAAGAGCTTGAAAGCAGCTCCTCGGCTGAGACCCAGGAGTCTGCCGAAGTTGACACGTTTGGGTTCGATGGACTCGGCAGCAGGGAAGAGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GATGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAGGA