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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...atcgtgcatgctcgccaccttgattactctgaatattatagaatttgtggggtgctgggggagcaaataatctctctgacccgcagtatctctgccgcagGTCATGGCTCTGTGTCAGGCGCCCTTTCTGATGGATGATCCCCACGTGGGACTACTGTTCCCCGCTGACGCCATTGCCAAAGCCAAGCATTATTTATCTA

Basic information

species Physcomitrella patens
transcript PP1S341_73V6.2
intron # 2
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|100386514|gb|BY951310.1|BY951310
EST:     TTGGTAACCCGCATGCTCTTGGTCAGAAGCCTCTCACGTTCCCCCGCCAG                         GTCATGGCTCTGTGTCAGGCGCCCTTTCTGATGGATGATCCCCACGTGGGA
genomic: TTGGTAACCCGCATGCTCTTGGTCAGAAGCCTCTCACGTTCCCCCGCCAGgtgactgcct ... tctgccgcagGTCATGGCTCTGTGTCAGGCGCCCTTTCTGATGGATGATCCCCACGTGGGA
EST: gi|18328732|gb|BJ160737.1|BJ160737
EST:     TTGGTAACCCGCATGCTCTTGGTCAGAAGCCTCTCACGTTCCCCCGCCAG                         GTCATGGCTCTGTGTCAGGCGCCCTTTCTGATGGATGATCCCCACGTGGGA
genomic: TTGGTAACCCGCATGCTCTTGGTCAGAAGCCTCTCACGTTCCCCCGCCAGgtgactgcct ... tctgccgcagGTCATGGCTCTGTGTCAGGCGCCCTTTCTGATGGATGATCCCCACGTGGGA
EST: gi|18326883|gb|BJ158883.1|BJ158883
EST:     TTGGTAACCCGCATGCTCTTGGTCAGAAGCCTCTCACGTTCCCCCGCCAG                         GTCATGGCTCTGTGTCAGGCGCCCTTTCTGATGGATGATCCCCACGTGGGA
genomic: TTGGTAACCCGCATGCTCTTGGTCAGAAGCCTCTCACGTTCCCCCGCCAGgtgactgcct ... tctgccgcagGTCATGGCTCTGTGTCAGGCGCCCTTTCTGATGGATGATCCCCACGTGGGA
EST: gi|100406162|gb|BY991570.1|BY991570
EST:     TTGGTAACCCGCATGCTCTTGGTCAGAAGCCTCTCACGTTCCCCCGCCAG                         GTCATGGCTCTGTGTCAGGCGCCCTTTCTGATGGATGATCCCCACGTGGGA
genomic: TTGGTAACCCGCATGCTCTTGGTCAGAAGCCTCTCACGTTCCCCCGCCAGgtgactgcct ... tctgccgcagGTCATGGCTCTGTGTCAGGCGCCCTTTCTGATGGATGATCCCCACGTGGGA
EST: gi|162185274|gb|FC361784.1|FC361784
EST:     TTGGTAACCCGCATGCTCTTGGTCAGAAGCCTCTCACGTTCCCCCGCCAG                         GTCATGGCTCTGTGTCAGGCGCCCTTTCTGATGGATGATCCCCACGTGGGA
genomic: TTGGTAACCCGCATGCTCTTGGTCAGAAGCCTCTCACGTTCCCCCGCCAGgtgactgcct ... tctgccgcagGTCATGGCTCTGTGTCAGGCGCCCTTTCTGATGGATGATCCCCACGTGGGA
EST: gi|162173953|gb|FC349753.1|FC349753
EST:     TTGGTAACCCGCATGCTCTTGGTCAGAAGCCTCTCACGTTCCCCCGCCAG                         GTCATGGCTCTGTGTCAGGCGCCCTTTCTGATGGATGATCCCCACGTGGGA
genomic: TTGGTAACCCGCATGCTCTTGGTCAGAAGCCTCTCACGTTCCCCCGCCAGgtgactgcct ... tctgccgcagGTCATGGCTCTGTGTCAGGCGCCCTTTCTGATGGATGATCCCCACGTGGGA
EST: gi|162187116|gb|FC362898.1|FC362898
EST:     TTGGTAACCCGCATGCTCTTGGTCAGAAGCCTCTCACGTTCCCCCGCCAG                         GTCATGGCTCTGTGTCAGGCGCCCTTTCTGATGGATGATCCCCACGTGGGA
genomic: TTGGTAACCCGCATGCTCTTGGTCAGAAGCCTCTCACGTTCCCCCGCCAGgtgactgcct ... tctgccgcagGTCATGGCTCTGTGTCAGGCGCCCTTTCTGATGGATGATCCCCACGTGGGA
EST: gi|162158810|gb|FC335333.1|FC335333
EST:     TTGGTAACCCGCATGCTCTTGGTCAGAAGCCTCTCACGTTCCCCCGCCAG                         GTCATGGCTCTGTGTCAGGCGCCCTTTCTGATGGATGATCCCCACGTGGGA
genomic: TTGGTAACCCGCATGCTCTTGGTCAGAAGCCTCTCACGTTCCCCCGCCAGgtgactgcct ... tctgccgcagGTCATGGCTCTGTGTCAGGCGCCCTTTCTGATGGATGATCCCCACGTGGGA
EST: gi|100435045|gb|BY979058.1|BY979058
EST:     TTGGTAACCCGCATGCTCTTGGTCAGAAGCCTCTCACGTTCCCCCGCCAG                         GTCATGGCTCTGTGTCAGGCGCCCTTTCTGATGGATGATCCCCACGTGGGA
genomic: TTGGTAACCCGCATGCTCTTGGTCAGAAGCCTCTCACGTTCCCCCGCCAGgtgactgcct ... tctgccgcagGTCATGGCTCTGTGTCAGGCGCCCTTTCTGATGGATGATCCCCACGTGGGA
EST: gi|100446505|gb|CJ970804.1|CJ970804
EST:     TTGGTAACCCGCATGCTCTTGGTCAGAAGCCTCTCACGTTCCCCCGCCAG                         GTCATGGCTCTGTGTCAGGCGCCCTTTCTGATGGATGATCCCCACGTGGGA
genomic: TTGGTAACCCGCATGCTCTTGGTCAGAAGCCTCTCACGTTCCCCCGCCAGgtgactgcct ... tctgccgcagGTCATGGCTCTGTGTCAGGCGCCCTTTCTGATGGATGATCCCCACGTGGGA
EST: gi|162165683|gb|FC342250.1|FC342250
EST:     TTGGTAACCCGCATGCTCTTGGTCAGAAGCCTCTCACGTTCCCCCGCCAG                         GTCATGGCTCTGTGTCAGGCGCCCTTTCTGATGGATGATCCCCACGTGGGA
genomic: TTGGTAACCCGCATGCTCTTGGTCAGAAGCCTCTCACGTTCCCCCGCCAGgtgactgcct ... tctgccgcagGTCATGGCTCTGTGTCAGGCGCCCTTTCTGATGGATGATCCCCACGTGGGA
EST: gi|162193527|gb|FC370430.1|FC370430
EST:     TTGGTAACCCGCATGCTCTTGGTCAGAAGCCTCTCACGTTCCCCCGCCAG                         GTCATGGCTCTGTGTCAGGCGCCCTTTCTGATGGATGATCCCCACGTGGGA
genomic: TTGGTAACCCGCATGCTCTTGGTCAGAAGCCTCTCACGTTCCCCCGCCAGgtgactgcct ... tctgccgcagGTCATGGCTCTGTGTCAGGCGCCCTTTCTGATGGATGATCCCCACGTGGGA
EST: gi|100389902|gb|BY971254.1|BY971254
EST:     TTGGTAACCCGCATGCTCTTGGTCAGAAGCCTCTCACGTTCCCCCGCCAG                         GTCATGGCTCTGTGTCAGGCGCCCTTTCTGATGGATGATCCCCACGTGGGA
genomic: TTGGTAACCCGCATGCTCTTGGTCAGAAGCCTCTCACGTTCCCCCGCCAGgtgactgcct ... tctgccgcagGTCATGGCTCTGTGTCAGGCGCCCTTTCTGATGGATGATCCCCACGTGGGA
EST: gi|162171492|gb|FC346767.1|FC346767
EST:     TTGGTAACCCGCATGCTCTTGGTCAGAAGCCTCTCACGTTCCCCCGCCAG                         GTCATGGCTCTGTGTCAGGCGCCCTTTCTGATGGATGATCCCCACGTGGGA
genomic: TTGGTAACCCGCATGCTCTTGGTCAGAAGCCTCTCACGTTCCCCCGCCAGgtgactgcct ... tctgccgcagGTCATGGCTCTGTGTCAGGCGCCCTTTCTGATGGATGATCCCCACGTGGGA
EST: gi|18329867|gb|BJ161873.1|BJ161873
EST:     TTGGTAACCCGCATGCTCTTGGTCAGAAGCCTCTCACGTTCCCCCGCCAG                         GTCATGGCTCTGTGTCAGGCGCCCTTTCTGATGGATGATCCCCACGTGGGA
genomic: TTGGTAACCCGCATGCTCTTGGTCAGAAGCCTCTCACGTTCCCCCGCCAGgtgactgcct ... tctgccgcagGTCATGGCTCTGTGTCAGGCGCCCTTTCTGATGGATGATCCCCACGTGGGA
EST: gi|18326623|gb|BJ158622.1|BJ158622
EST:     TTGGTAACCCGCATGCTCTTGGTCAGAAGCCTCTCACGTTCCCCCGCCAG                         GTCATGGCTCTGTGTCAGGCGCCCTTTCTGATGGATGATCCCCACGTGGGA
genomic: TTGGTAACCCGCATGCTCTTGGTCAGAAGCCTCTCACGTTCCCCCGCCAGgtgactgcct ... tctgccgcagGTCATGGCTCTGTGTCAGGCGCCCTTTCTGATGGATGATCCCCACGTGGGA
EST: gi|67576545|gb|BJ949369.1|BJ949369
EST:     TTGGTAACCCGCATGCTCTTGGTCAGAAGCCTCTCACGTTCCCCCGCCAG                         GTCATGGCTCTGTGTCAGGCGCCCTTTCTGATGGATGATCCCCACGTGGGA
genomic: TTGGTAACCCGCATGCTCTTGGTCAGAAGCCTCTCACGTTCCCCCGCCAGgtgactgcct ... tctgccgcagGTCATGGCTCTGTGTCAGGCGCCCTTTCTGATGGATGATCCCCACGTGGGA
EST: gi|162151892|gb|FC328138.1|FC328138
EST:     TTGGTAACCCGCATGCTCTTGGTCAGAAGCCTCTCACGTTCCCCCGCCAG                         GTCATGGCTCTGTGTCAGGCGCCCTTTCTGATGGATGATCCCCACGTGGGA
genomic: TTGGTAACCCGCATGCTCTTGGTCAGAAGCCTCTCACGTTCCCCCGCCAGgtgactgcct ... tctgccgcagGTCATGGCTCTGTGTCAGGCGCCCTTTCTGATGGATGATCCCCACGTGGGA
EST: gi|18363059|gb|BJ195131.1|BJ195131
EST:     TTGGTAACCCGCATGCTCTTGGTCAGAAGCCTCTCACGTTCCCCCGCCAG                         GTCATGGCTCTGTGTCAGGCGCCCTTTCTGATGGATGATCCCCACGTGGGA
genomic: TTGGTAACCCGCATGCTCTTGGTCAGAAGCCTCTCACGTTCCCCCGCCAGgtgactgcct ... tctgccgcagGTCATGGCTCTGTGTCAGGCGCCCTTTCTGATGGATGATCCCCACGTGGGA
EST: gi|67572677|gb|BJ945501.1|BJ945501
EST:     TTGGTAACCCGCATGCTCTTGGTCAGAAGCCTCTCACGTTCCCCCGCCAG                         GTCATGGCTCTGTGTCAGGCGCCCTTTCTGATGGATGATCCCCACGTGGGA
genomic: TTGGTAACCCGCATGCTCTTGGTCAGAAGCCTCTCACGTTCCCCCGCCAGgtgactgcct ... tctgccgcagGTCATGGCTCTGTGTCAGGCGCCCTTTCTGATGGATGATCCCCACGTGGGA
EST: gi|67568954|gb|BJ941778.1|BJ941778
EST:     TTGGTAACCCGCATGCTCTTGGTCAGAAGCCTCTCACGTTCCCCCGCCAG                         GTCATGGCTCTGTGTCAGGCGCCCTTTCTGATGGATGATCCCCACGTGGGA
genomic: TTGGTAACCCGCATGCTCTTGGTCAGAAGCCTCTCACGTTCCCCCGCCAGgtgactgcct ... tctgccgcagGTCATGGCTCTGTGTCAGGCGCCCTTTCTGATGGATGATCCCCACGTGGGA
EST: gi|162157215|gb|FC332849.1|FC332849
EST:     TTGGTAACCCGCATGCTCTTGGTCAGAAGCCTCTCACGTTCCCCCGCCAG                         GTCATGGCTCTGTGTCAGGCGCCCTTTCTGATGGATGATCCCCACGTGGGA
genomic: TTGGTAACCCGCATGCTCTTGGTCAGAAGCCTCTCACGTTCCCCCGCCAGgtgactgcct ... tctgccgcagGTCATGGCTCTGTGTCAGGCGCCCTTTCTGATGGATGATCCCCACGTGGGA


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tgtggggtgctgggggagcaaataatctctctgacccgcagtatctctgccgcagGTCATGGCTCTGTGTCAGGCGCCCTTTCTGATGGATGATCCCCACGTGGGACTACTGTTCCCCGCTGACGCCATTGCCAAAGCCAAGCATTATTTATCTA
                            ctctgac  putative branch site (score: 3)
                                           tctctgcc  putative PPT
                   aaataatct  TA-rich tract