Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...gaacactagatgtccagcgaaacattgcaatgcctagtttttggatctaatttttatgttaaataattaagttggatgtgttgtttggttatattatcagGCCCCCAAGCCATCTCCTGGACCACACAAGGAGAGAGAATGCTTGCCTCTGGTGGTTATGCTGAGGAATAGGCTGAAGTATGCGTTGACCTACCGTGAAG

Basic information

species Physcomitrella patens
transcript PP1S2_16V6.1
intron # 2
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: PP1S2_16V6.1 (Physcomitrella patens), 3'ss of exon 2
lower sequence: EFJ26570 (Selaginella moellendorffii), 3'ss of exon 2
gaacactagatgtccagcgaaacattgcaatgcctagtttttggatctaatttttatgttaaataattaagttggatgtgttgtttggttatattatcagGCCCCCAAGCCATCTCCTGGACCACACAAGGAGAGAGAATGCTTGCCTCTGGTGGTTATGCTGAGGAATAGGCTGAAGTATGCGTTGACCTACCGTGAAG
                          | || | ||   ||     |    |||    | || ||   |  | |    | |  |  | | |   ||  ||||| || ||||||||  | || || |||||||||||||||||||||||||||||| || | ||  | || ||||| || ||||| ||||| ||||| || |
--------------------------gtaa-gtctctcttcccctttgtttttcccaggtagatccgtgcgctcacggcg--gccttgct---tttccagGCTCCAAAGCCATCGTCGGGCCCTCACAAGGAGAGAGAATGCTTGCCTCTGGTGATTGTACTTCGAAACAGGCTCAACTATGCCTTGACTTACCGAGAGG

upper sequence: PP1S2_16V6.1 (Physcomitrella patens), 3'ss of exon 2
lower sequence: EFJ14824 (Selaginella moellendorffii), 3'ss of exon 2
gaacactagatgtccagcgaaacattgcaatgcctagtttttggatctaatttttatgttaaataattaagttggatgtgttgtttggttatattatcagGCCCCCAAGCCATCTCCTGGACCACACAAGGAGAGAGAATGCTTGCCTCTGGTGGTTATGCTGAGGAATAGGCTGAAGTATGCGTTGACCTACCGTGAAG
                                   ||| | ||   |   || || |   |  ||  |  || |        |     ||   ||  ||||| || ||||||||  | || || ||||||||||| |||||||||||||||||| || | ||  | || ||||| || ||||| ||||| ||||| || |
--------------------------------gtaagtatctgttcccctttgttgtcccaggtagatccgt-gcgctcacggcggccttgcttttccagGCTCCAAAGCCATCGTCGGGCCCTCACAAGGAGAGGGAATGCTTGCCTCTGGTGATTGTACTTCGAAACAGGCTCAACTATGCCTTGACTTACCGAGAGG
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|67716905|gb|BJ967164.1|BJ967164
EST:     GGCTCAATGCGCCCAGGCACTGGATGCTTGACAAGTTGGGTGGTGCCTTT                         GCCCCCAAGCCATCTCCTGGACCACACAAGGAGAGAGAATGCTTGCCTCTG
genomic: GGCTCAATGCGCCCAGGCACTGGATGCTTGACAAGTTGGGTGGTGCCTTTgtaagtttta ... atattatcagGCCCCCAAGCCATCTCCTGGACCACACAAGGAGAGAGAATGCTTGCCTCTG
EST: gi|208391390|gb|DC933567.1|DC933567
EST:     GGCTCAATGCGCCCAGGCACTGGATGCTTGACAAGTTGGGTGGTGCCTTT                         GCCCCCAAGCCATCTCCTGGACCACACAAGGAGAGAGAATGCTTGCCTCTG
genomic: GGCTCAATGCGCCCAGGCACTGGATGCTTGACAAGTTGGGTGGTGCCTTTgtaagtttta ... atattatcagGCCCCCAAGCCATCTCCTGGACCACACAAGGAGAGAGAATGCTTGCCTCTG
EST: gi|208389935|gb|DC937766.1|DC937766
EST:     GGCTCAATGCGCCCAGGCACTGGATGCTTGACAAGTTGGGTGGTGCCTTT                         GCCCCCAAGCCATCTCCTGGACCACACAAGGAGAGAGAATGCTTGCCTCTG
genomic: GGCTCAATGCGCCCAGGCACTGGATGCTTGACAAGTTGGGTGGTGCCTTTgtaagtttta ... atattatcagGCCCCCAAGCCATCTCCTGGACCACACAAGGAGAGAGAATGCTTGCCTCTG
EST: gi|67719943|gb|BJ970202.1|BJ970202
EST:     GGCTCAATGCGCCCAGGCACTGGATGCTTGACAAGTTGGGTGGTGCCTTT                         GCCCCCAAGCCATCTCCTGGACCACACAAGGAGAGAGAATGCTTGCCTCTG
genomic: GGCTCAATGCGCCCAGGCACTGGATGCTTGACAAGTTGGGTGGTGCCTTTgtaagtttta ... atattatcagGCCCCCAAGCCATCTCCTGGACCACACAAGGAGAGAGAATGCTTGCCTCTG
EST: gi|18361523|gb|BJ193589.1|BJ193589
EST:     GGCTCAATGCGCCCAGGCACTGGATGCTTGACAAGTTGGGTGGTGCCTTT                         GCCCCCAAGCCATCTCCTGGACCACACAAGGAGAGAGAATGCTTGCCTCTG
genomic: GGCTCAATGCGCCCAGGCACTGGATGCTTGACAAGTTGGGTGGTGCCTTTgtaagtttta ... atattatcagGCCCCCAAGCCATCTCCTGGACCACACAAGGAGAGAGAATGCTTGCCTCTG
EST: gi|162192347|gb|FC371642.1|FC371642
EST:     GGCTCAATGCGCCCAGGCACTGGATGCTTGACAAGTTGGGTGGTGCCTTT                         GCCCCCAAGCCATCTCCTGGACCACACAAGGAGAGAGAATGCTTGCCTCTG
genomic: GGCTCAATGCGCCCAGGCACTGGATGCTTGACAAGTTGGGTGGTGCCTTTgtaagtttta ... atattatcagGCCCCCAAGCCATCTCCTGGACCACACAAGGAGAGAGAATGCTTGCCTCTG
EST: gi|208382233|gb|DC914852.1|DC914852
EST:     GGCTCAATGCGCCCAGGCACTGGATGCTTGACAAGTTGGGTGGTGCCTTT                         GCCCCCAAGCCATCTCCTGGACCACACAAGGAGAGAGAATGCTTGCCTCTG
genomic: GGCTCAATGCGCCCAGGCACTGGATGCTTGACAAGTTGGGTGGTGCCTTTgtaagtttta ... atattatcagGCCCCCAAGCCATCTCCTGGACCACACAAGGAGAGAGAATGCTTGCCTCTG
EST: gi|162279720|gb|FC455628.1|FC455628
EST:     GGCTCAATGCGCCCAGGCACTGGATGCTTGACAAGTTGGGTGGTGCCTTT                         GCCCCCAAGCCATCTCCTGGACCACACAAGGAGAGAGAATGCTTGCCTCTG
genomic: GGCTCAATGCGCCCAGGCACTGGATGCTTGACAAGTTGGGTGGTGCCTTTgtaagtttta ... atattatcagGCCCCCAAGCCATCTCCTGGACCACACAAGGAGAGAGAATGCTTGCCTCTG
EST: gi|18365612|gb|BJ197689.1|BJ197689
EST:     GGCTCAATGCGCCCAGGCACTGGATGCTTGACAAGTTGGGTGGTGCCTTT                         GCCCCCAAGCCATCTCCTGGACCACACAAGGAGAGAGAATGCTTGCCTCTG
genomic: GGCTCAATGCGCCCAGGCACTGGATGCTTGACAAGTTGGGTGGTGCCTTTgtaagtttta ... atattatcagGCCCCCAAGCCATCTCCTGGACCACACAAGGAGAGAGAATGCTTGCCTCTG
EST: gi|67573065|gb|BJ945889.1|BJ945889
EST:     GGCTCAATGCGCCCAGGCACTGGATGCTTGACAAGTTGGGTGGTGCCTTT                         GCCCCCAAGCCATCTCCTGGACCACACAAGGAGAGAGAATGCTTGCCTCTG
genomic: GGCTCAATGCGCCCAGGCACTGGATGCTTGACAAGTTGGGTGGTGCCTTTgtaagtttta ... atattatcagGCCCCCAAGCCATCTCCTGGACCACACAAGGAGAGAGAATGCTTGCCTCTG
EST: gi|18361547|gb|BJ193613.1|BJ193613
EST:     GGCTCAATGCGCCCAGGCACTGGATGCTTGACAAGTTGGGTGGTGCCTTT                         GCCCCCAAGCCATCTCCTGGACCACACAAGGAGAGAGAATGCTTGCCTCTG
genomic: GGCTCAATGCGCCCAGGCACTGGATGCTTGACAAGTTGGGTGGTGCCTTTgtaagtttta ... atattatcagGCCCCCAAGCCATCTCCTGGACCACACAAGGAGAGAGAATGCTTGCCTCTG
EST: gi|162190584|gb|FC366222.1|FC366222
EST:     GGCTCAATGCGCCCAGGCACTGGATGCTTGACAAGTTGGGTGGTGCCTTT                         GCCCCCAAGCCATCTCCTGGACCACACAAGGAGAGAGAATGCTTGCCTCTG
genomic: GGCTCAATGCGCCCAGGCACTGGATGCTTGACAAGTTGGGTGGTGCCTTTgtaagtttta ... atattatcagGCCCCCAAGCCATCTCCTGGACCACACAAGGAGAGAGAATGCTTGCCTCTG
EST: gi|67572408|gb|BJ945232.1|BJ945232
EST:     GGCTCAATGCGCCCAGGCACTGGATGCTTGACAAGTTGGGTGGTGCCTTT                         GCCCCCAAGCCATCTCCTGGACCACACAAGGAGAGAGAATGCTTGCCTCTG
genomic: GGCTCAATGCGCCCAGGCACTGGATGCTTGACAAGTTGGGTGGTGCCTTTgtaagtttta ... atattatcagGCCCCCAAGCCATCTCCTGGACCACACAAGGAGAGAGAATGCTTGCCTCTG
EST: gi|67719989|gb|BJ970248.1|BJ970248
EST:     GGCTCAATGCGCCCAGGCACTGGATGCTTGACAAGTTGGGTGGTGCCTTT                         GCCCCCAAGCCATCTCCTGGACCACACAAGGAGAGAGAATGCTTGCCTCTG
genomic: GGCTCAATGCGCCCAGGCACTGGATGCTTGACAAGTTGGGTGGTGCCTTTgtaagtttta ... atattatcagGCCCCCAAGCCATCTCCTGGACCACACAAGGAGAGAGAATGCTTGCCTCTG
EST: gi|208400408|gb|DC908635.1|DC908635
EST:     GGCTCAATGCGCCCAGGCACTGGATGCTTGACAAGTTGGGTGGTGCCTTT                         GCCCCCAAGCCATCTCCTGGACCACACAAGGAGAGAGAATGCTTGCCTCTG
genomic: GGCTCAATGCGCCCAGGCACTGGATGCTTGACAAGTTGGGTGGTGCCTTTgtaagtttta ... atattatcagGCCCCCAAGCCATCTCCTGGACCACACAAGGAGAGAGAATGCTTGCCTCTG

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 1 RNA-Seqlibrary.


Block sizes: 35 (upstream exon), 34 (downstream exon)
Score: 35

GCTCGCGGTTTGAAGAAGCATTTGAAGAGGCTCAATGCGCCCAGGCACTGGATGCTTGACAAGTTGGGTGGTGCCTTTgtaagtttta ... atattatcagGCCCCCAAGCCATCTCCTGGACCACACAAGGAGAGAGAATGCTTGCCTCTGGTGGTTATGCTGAGGAATAGGCTGAAGTATGCGTTGACCTACCGTGAAG




<











<


<











 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tctaatttttatgttaaataattaagttggatgtgttgtttggttatattatcagGCCCCCAAGCCATCTCCTGGACCACACAAGGAGAGAGAATGCTTGCCTCTGGTGGTTATGCTGAGGAATAGGCTGAAGTATGCGTTGACCTACCGTGAAG
 atctaat  putative branch site (score: 35)
     tttttatgttaaataa  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gaacactagatgtccagcgaaacattgcaatgcctagtttttggatctaatttttatgttaaataattaagttggatgtgttgtttggttatattatcagGCCCCCAAGCCATCTCCTGGACCACACAAGGAGAGAGAATGCTTGCCTCTGGTGGTTATGCTGAGGAATAGGCTGAAGTATGCGTTGACCTACCGTGAAG

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  ATGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CTGAAG