Sequence
atgc intronic sequence ATGC exonic sequence...ctagtagtagagggtcgggactttcgcaattgggatgacagaaggctagccagcacagacttggataacctggtggtaatggcaaggtcctcaccactagACAAGCTGAAGCTTGTGAAAGCTTTGAAGGAGAGAAGAGGAGACGTCGTAGCGGTAACTGGAGATGGAACAAATGATGCTCCAGCGCTGAAAGAAGCTGA
Basic information
species | Physcomitrella patens |
transcript | PP1S290_16V6.1 |
intron # | 2 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
Orthologous splice sites
atgc intronic sequence ATGC exonic sequence
upper sequence: PP1S290_16V6.1 (Physcomitrella patens), 3'ss of exon 2
lower sequence: GLYMA13G00420.1 (Glycine max), 3'ss of exon 24
--ctagtagta-gagggtcgggactttcgcaattgggatgacagaaggctagccagcacagacttggataacctggtggtaatggcaaggtcctcaccactagACAAGCTGAAGCTTGTGAAAGCTTTGAAGGAGAGAAGAGGAGACGTCGTAGCGGTAACTGGAGATGGAACAAATGATGCTCCAGCGCTGAAAGAAGCTGA
|| | | | | | || | || || | | | | || | || ||| |||| | |||| || || |||||||| ||||||| |||| |||| | || | || | || || || |||||||||||||||||||||||||
gtataatccaacaaatataacagccttagtgatgtaattgtttgggcaatgagattaagtgtctatgctatgtaatagGTTATGGGACGGTCATCTCCTAATGACAAGCTTTTGCTTGTGCAAGCATTGAGG---AGGAAGGGGCATGTTGTGGCTGTAACTGGAGATGGAACAAATGATG---------------------- atgc intronic sequence ATGC exonic sequenceIntronic sequence truncated to 55 bases.ctagccagcacagacttggataacctggtggtaatggcaaggtcctcaccactagACAAGCTGAAGCTTGTGAAAGCTTTGAAGGAGAGAAGAGGAGACGTCGTAGCGGTAACTGGAGATGGAACAAATGATGCTCCAGCGCTGAAAGAAGCTGA
tcctcac putative branch site (score: 2)
tcctcacc CT-rich tract
Putative cis-regulatory sequences
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
| | ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|
ctagtagtagagggtcgggactttcgcaattgggatgacagaaggctagccagcacagacttggataacctggtggtaatggcaaggtcctcaccactagACAAGCTGAAGCTTGTGAAAGCTTTGAAGGAGAGAAGAGGAGACGTCGTAGCGGTAACTGGAGATGGAACAAATGATGCTCCAGCGCTGAAAGAAGCTGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GATGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAAGAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAAGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCTGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - cagcaca