1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' |
...gcctgcggtgtcctacatgattgcggaatagacctaatgttgagggttatcccactacacagaggtttctcacacggtatattcgattgttgtgttctagGCCCCCAAGCCCTCTCCAGGGCCCCACAAGGAACGAGAATGTCTGCCTTTGGTGGTTATGTTGAGGAATCGGTTGAAGTATGCCTTAACCTACCGCGAAG
species | Physcomitrella patens |
transcript | PP1S282_25V6.1 |
intron # | 2 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: GGCTCAATGCGCCTAAGCATTGGATGCTTGACAAGCTGGGTGGCGCCTTC GCCCCCAAGCCCTCTCCAGGGCCCCACAAGGAACGAGAATGTCTGCCTTTGEST: gi|162179274|gb|FC356223.1|FC356223
genomic: GGCTCAATGCGCCTAAGCATTGGATGCTTGACAAGCTGGGTGGCGCCTTCgtgagtacca ... tgtgttctagGCCCCCAAGCCCTCTCCAGGGCCCCACAAGGAACGAGAATGTCTGCCTTTG
EST: GGCTCAATGCGCCTAAGCATTGGATGCTTGACAAGCTGGGTGGCGCCTTC GCCCCCAAGCCCTCTCCAGGGCCCCACAAGGAACGAGAATGTCTGCCTTTGEST: gi|18367098|gb|BJ199178.1|BJ199178
genomic: GGCTCAATGCGCCTAAGCATTGGATGCTTGACAAGCTGGGTGGCGCCTTCgtgagtacca ... tgtgttctagGCCCCCAAGCCCTCTCCAGGGCCCCACAAGGAACGAGAATGTCTGCCTTTG
EST: GGCTCAATGCGCCTAAGCATTGGATGCTTGACAAGCTGGGTGGCGCCTTC GCCCCCAAGCCCTCTCCAGGGCCCCACAAGGAACGAGAATGTCTGCCTTTGEST: gi|18360158|gb|BJ192220.1|BJ192220
genomic: GGCTCAATGCGCCTAAGCATTGGATGCTTGACAAGCTGGGTGGCGCCTTCgtgagtacca ... tgtgttctagGCCCCCAAGCCCTCTCCAGGGCCCCACAAGGAACGAGAATGTCTGCCTTTG
EST: GGCTCAATGCGCCTAAGCATTGGATGCTTGACAAGCTGGGTGGCGCCTTC GCCCCCAAGCCCTCTCCAGGGCCCCACAAGGAACGAGAATGTCTGCCTTTGEST: gi|162259821|gb|FC435956.1|FC435956
genomic: GGCTCAATGCGCCTAAGCATTGGATGCTTGACAAGCTGGGTGGCGCCTTCgtgagtacca ... tgtgttctagGCCCCCAAGCCCTCTCCAGGGCCCCACAAGGAACGAGAATGTCTGCCTTTG
EST: GGCTCAATGCGCCTAAGCATTGGATGCTTGACAAGCTGGGTGGCGCCTTC GCCCCCAAGCCCTCTCCAGGGCCCCACAAGGAACGAGAATGTCTGCCTTTGEST: gi|162190843|gb|FC368041.1|FC368041
genomic: GGCTCAATGCGCCTAAGCATTGGATGCTTGACAAGCTGGGTGGCGCCTTCgtgagtacca ... tgtgttctagGCCCCCAAGCCCTCTCCAGGGCCCCACAAGGAACGAGAATGTCTGCCTTTG
EST: GGCTCAATGCGCCTAAGCATTGGATGCTTGACAAGCTGGGTGGCGCCTTC GCCCCCAAGCCCTCTCCAGGGCCCCACAAGGAACGAGAATGTCTGCCTTTGEST: gi|18368232|gb|BJ200317.1|BJ200317
genomic: GGCTCAATGCGCCTAAGCATTGGATGCTTGACAAGCTGGGTGGCGCCTTCgtgagtacca ... tgtgttctagGCCCCCAAGCCCTCTCCAGGGCCCCACAAGGAACGAGAATGTCTGCCTTTG
EST: GGCTCAATGCGCCTAAGCATTGGATGCTTGACAAGCTGGGTGGCGCCTTC GCCCCCAAGCCCTCTCCAGGGCCCCACAAGGAACGAGAATGTCTGCCTTTGEST: gi|208372562|gb|DC940809.1|DC940809
genomic: GGCTCAATGCGCCTAAGCATTGGATGCTTGACAAGCTGGGTGGCGCCTTCgtgagtacca ... tgtgttctagGCCCCCAAGCCCTCTCCAGGGCCCCACAAGGAACGAGAATGTCTGCCTTTG
EST: GGCTCAATGCGCCTAAGCATTGGATGCTTGACAAGCTGGGTGGCGCCTTC GCCCCCAAGCCCTCTCCAGGGCCCCACAAGGAACGAGAATGTCTGCCTTTGEST: gi|162279161|gb|FC455500.1|FC455500
genomic: GGCTCAATGCGCCTAAGCATTGGATGCTTGACAAGCTGGGTGGCGCCTTCgtgagtacca ... tgtgttctagGCCCCCAAGCCCTCTCCAGGGCCCCACAAGGAACGAGAATGTCTGCCTTTG
EST: GGCTCAATGCGCCTAAGCATTGGATGCTTGACAAGCTGGGTGGCGCCTTC GCCCCCAAGCCCTCTCCAGGGCCCCACAAGGAACGAGAATGTCTGCCTTTGEST: gi|162258719|gb|FC434518.1|FC434518
genomic: GGCTCAATGCGCCTAAGCATTGGATGCTTGACAAGCTGGGTGGCGCCTTCgtgagtacca ... tgtgttctagGCCCCCAAGCCCTCTCCAGGGCCCCACAAGGAACGAGAATGTCTGCCTTTG
EST: GGCTCAATGCGCCTAAGCATTGGATGCTTGACAAGCTGGGTGGCGCCTTC GCCCCCAAGCCCTCTCCAGGGCCCCACAAGGAACGAGAATGTCTGCCTTTGEST: gi|18371206|gb|BJ202808.1|BJ202808
genomic: GGCTCAATGCGCCTAAGCATTGGATGCTTGACAAGCTGGGTGGCGCCTTCgtgagtacca ... tgtgttctagGCCCCCAAGCCCTCTCCAGGGCCCCACAAGGAACGAGAATGTCTGCCTTTG
EST: GGCTCAATGCGCCTAAGCATTGGATGCTTGACAAGCTGGGTGGCGCCTTC GCCCCCAAGCCCTCTCCAGGGCCCCACAAGGAACGAGAATGTCTGCCTTTGEST: gi|162280391|gb|FC456096.1|FC456096
genomic: GGCTCAATGCGCCTAAGCATTGGATGCTTGACAAGCTGGGTGGCGCCTTCgtgagtacca ... tgtgttctagGCCCCCAAGCCCTCTCCAGGGCCCCACAAGGAACGAGAATGTCTGCCTTTG
EST: GGCTCAATGCGCCTAAGCATTGGATGCTTGACAAGCTGGGTGGCGCCTTC GCCCCCAAGCCCTCTCCAGGGCCCCACAAGGAACGAGAATGTCTGCCTTTGEST: gi|18325295|gb|BJ157291.1|BJ157291
genomic: GGCTCAATGCGCCTAAGCATTGGATGCTTGACAAGCTGGGTGGCGCCTTCgtgagtacca ... tgtgttctagGCCCCCAAGCCCTCTCCAGGGCCCCACAAGGAACGAGAATGTCTGCCTTTG
EST: GGCTCAATGCGCCTAAGCATTGGATGCTTGACAAGCTGGGTGGCGCCTTC GCCCCCAAGCCCTCTCCAGGGCCCCACAAGGAACGAGAATGTCTGCCTTTGEST: gi|162170018|gb|FC345071.1|FC345071
genomic: GGCTCAATGCGCCTAAGCATTGGATGCTTGACAAGCTGGGTGGCGCCTTCgtgagtacca ... tgtgttctagGCCCCCAAGCCCTCTCCAGGGCCCCACAAGGAACGAGAATGTCTGCCTTTG
EST: GGCTCAATGCGCCTAAGCATTGGATGCTTGACAAGCTGGGTGGCGCCTTC GCCCCCAAGCCCTCTCCAGGGCCCCACAAGGAACGAGAATGTCTGCCTTTGEST: gi|162206405|gb|FC383398.1|FC383398
genomic: GGCTCAATGCGCCTAAGCATTGGATGCTTGACAAGCTGGGTGGCGCCTTCgtgagtacca ... tgtgttctagGCCCCCAAGCCCTCTCCAGGGCCCCACAAGGAACGAGAATGTCTGCCTTTG
EST: GGCTCAATGCGCCTAAGCATTGGATGCTTGACAAGCTGGGTGGCGCCTTC GCCCCCAAGCCCTCTCCAGGGCCCCACAAGGAACGAGAATGTCTGCCTTTGEST: gi|162263566|gb|FC438854.1|FC438854
genomic: GGCTCAATGCGCCTAAGCATTGGATGCTTGACAAGCTGGGTGGCGCCTTCgtgagtacca ... tgtgttctagGCCCCCAAGCCCTCTCCAGGGCCCCACAAGGAACGAGAATGTCTGCCTTTG
EST: GGCTCAATGCGCCTAAGCATTGGATGCTTGACAAGCTGGGTGGCGCCTTC GCCCCCAAGCCCTCTCCAGGGCCCCACAAGGAACGAGAATGTCTGCCTTTGEST: gi|18366461|gb|BJ198540.1|BJ198540
genomic: GGCTCAATGCGCCTAAGCATTGGATGCTTGACAAGCTGGGTGGCGCCTTCgtgagtacca ... tgtgttctagGCCCCCAAGCCCTCTCCAGGGCCCCACAAGGAACGAGAATGTCTGCCTTTG
EST: GGCTCAATGCGCCTAAGCATTGGATGCTTGACAAGCTGGGTGGCGCCTTC GCCCCCAAGCCCTCTCCAGGGCCCCACAAGGAACGAGAATGTCTGCCTTTGEST: gi|67572957|gb|BJ945781.1|BJ945781
genomic: GGCTCAATGCGCCTAAGCATTGGATGCTTGACAAGCTGGGTGGCGCCTTCgtgagtacca ... tgtgttctagGCCCCCAAGCCCTCTCCAGGGCCCCACAAGGAACGAGAATGTCTGCCTTTG
EST: GGCTCAATGCGCCTAAGCATTGGATGCTTGACAAGCTGGGTGGCGCCTTC GCCCCCAAGCCCTCTCCAGGGCCCCACAAGGAACGAGAATGTCTGCCTTTGEST: gi|67718208|gb|BJ968467.1|BJ968467
genomic: GGCTCAATGCGCCTAAGCATTGGATGCTTGACAAGCTGGGTGGCGCCTTCgtgagtacca ... tgtgttctagGCCCCCAAGCCCTCTCCAGGGCCCCACAAGGAACGAGAATGTCTGCCTTTG
EST: GGCTCAATGCGCCTAAGCATTGGATGCTTGACAAGCTGGGTGGCGCCTTC GCCCCCAAGCCCTCTCCAGGGCCCCACAAGGAACGAGAATGTCTGCCTTTGEST: gi|18327820|gb|BJ159824.1|BJ159824
genomic: GGCTCAATGCGCCTAAGCATTGGATGCTTGACAAGCTGGGTGGCGCCTTCgtgagtacca ... tgtgttctagGCCCCCAAGCCCTCTCCAGGGCCCCACAAGGAACGAGAATGTCTGCCTTTG
EST: GGCTCAATGCGCCTAAGCATTGGATGCTTGACAAGCTGGGTGGCGCCTTC GCCCCCAAGCCCTCTCCAGGGCCCCACAAGGAACGAGAATGTCTGCCTTTGEST: gi|18325583|gb|BJ157580.1|BJ157580
genomic: GGCTCAATGCGCCTAAGCATTGGATGCTTGACAAGCTGGGTGGCGCCTTCgtgagtacca ... tgtgttctagGCCCCCAAGCCCTCTCCAGGGCCCCACAAGGAACGAGAATGTCTGCCTTTG
EST: GGCTCAATGCGCCTAAGCATTGGATGCTTGACAAGCTGGGTGGCGCCTTC GCCCCCAAGCCCTCTCCAGGGCCCCACAAGGAACGAGAATGTCTGCCTTTGEST: gi|18366927|gb|BJ199007.1|BJ199007
genomic: GGCTCAATGCGCCTAAGCATTGGATGCTTGACAAGCTGGGTGGCGCCTTCgtgagtacca ... tgtgttctagGCCCCCAAGCCCTCTCCAGGGCCCCACAAGGAACGAGAATGTCTGCCTTTG
EST: GGCTCAATGCGCCTAAGCATTGGATGCTTGACAAGCTGGGTGGCGCCTTC GCCCCCAAGCCCTCTCCAGGGCCCCACAAGGAACGAGAATGTCTGCCTTTGEST: gi|208346219|gb|DC909525.1|DC909525
genomic: GGCTCAATGCGCCTAAGCATTGGATGCTTGACAAGCTGGGTGGCGCCTTCgtgagtacca ... tgtgttctagGCCCCCAAGCCCTCTCCAGGGCCCCACAAGGAACGAGAATGTCTGCCTTTG
EST: GGCTCAATGCGCCTAAGCATTGGATGCTTGACAAGCTGGGTGGCGCCTTC GCCCCCAAGCCCTCTCCAGGGCCCCACAAGGAACGAGAATGTCTGCCTTTG
genomic: GGCTCAATGCGCCTAAGCATTGGATGCTTGACAAGCTGGGTGGCGCCTTCgtgagtacca ... tgtgttctagGCCCCCAAGCCCTCTCCAGGGCCCCACAAGGAACGAGAATGTCTGCCTTTG
gttatcccactacacagaggtttctcacacggtatattcgattgttgtgttctagGCCCCCAAGCCCTCTCCAGGGCCCCACAAGGAACGAGAATGTCTGCCTTTGGTGGTTATGTTGAGGAATCGGTTGAAGTATGCCTTAACCTACCGCGAAG
ttctcac putative branch site (score: 12)
tatatt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gcctgcggtgtcctacatgattgcggaatagacctaatgttgagggttatcccactacacagaggtttctcacacggtatattcgattgttgtgttctagGCCCCCAAGCCCTCTCCAGGGCCCCACAAGGAACGAGAATGTCTGCCTTTGGTGGTTATGTTGAGGAATCGGTTGAAGTATGCCTTAACCTACCGCGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TTGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ctacaca