Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...atgaggcattcatcacacatgtggatgaacgtgttttaagtgcagagaacgtggagtgtaaaaagacagcattttaatgatgtgtgcggactttgcacagGTTATTTCAGCATATGATGTGTACTTGAATTCCACCTTGATCATACACGATTATCAAGTCTGGAGACTCATCACCAATTTCTTTTACTTTGGCAAACTTG

Basic information

species Physcomitrella patens
transcript PP1S226_55V6.1
intron # 2
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|100406309|gb|BY955567.1|BY955567
EST:     GCTCGTATCTCACTTTGTCTGTGCTCACCACCGCTGGATGTGCTTTGGAG                         GTTATTTCAGCATATGATGTGTACTTGAATTCCACCTTGATCATACACGAT
genomic: GCTCGTATCTCACTTTGTCTGTGCTCACCACCGCTGGATGTGCTTTGGAGgtactctcac ... ctttgcacagGTTATTTCAGCATATGATGTGTACTTGAATTCCACCTTGATCATACACGAT
EST: gi|100450384|gb|CJ974236.1|CJ974236
EST:     GCTCGTATCTCACTTTGTCTGTGCTCACCACCGCTGGATGTGCTTTGGAG                         GTTATTTCAGCATATGATGTGTACTTGAATTCCACCTTGATCATACACGAT
genomic: GCTCGTATCTCACTTTGTCTGTGCTCACCACCGCTGGATGTGCTTTGGAGgtactctcac ... ctttgcacagGTTATTTCAGCATATGATGTGTACTTGAATTCCACCTTGATCATACACGAT
EST: gi|208375016|gb|DC956412.1|DC956412
EST:     GCTCGTATCTCACTTTGTCTGTGCTCACCACCGCTGGATGTGCTTTGGAG                         GTTATTTCAGCATATGATGTGTACTTGAATTCCACCTTGATCATACACGAT
genomic: GCTCGTATCTCACTTTGTCTGTGCTCACCACCGCTGGATGTGCTTTGGAGgtactctcac ... ctttgcacagGTTATTTCAGCATATGATGTGTACTTGAATTCCACCTTGATCATACACGAT
EST: gi|100391611|gb|BY989471.1|BY989471
EST:     GCTCGTATCTCACTTTGTCTGTGCTCACCACCGCTGGATGTGCTTTGGAG                         GTTATTTCAGCATATGATGTGTACTTGAATTCCACCTTGATCATACACGAT
genomic: GCTCGTATCTCACTTTGTCTGTGCTCACCACCGCTGGATGTGCTTTGGAGgtactctcac ... ctttgcacagGTTATTTCAGCATATGATGTGTACTTGAATTCCACCTTGATCATACACGAT
EST: gi|100379432|gb|BY986634.1|BY986634
EST:     GCTCGTATCTCACTTTGTCTGTGCTCACCACCGCTGGATGTGCTTTGGAG                         GTTATTTCAGCATATGATGTGTACTTGAATTCCACCTTGATCATACACGAT
genomic: GCTCGTATCTCACTTTGTCTGTGCTCACCACCGCTGGATGTGCTTTGGAGgtactctcac ... ctttgcacagGTTATTTCAGCATATGATGTGTACTTGAATTCCACCTTGATCATACACGAT
EST: gi|100441221|gb|BY980842.1|BY980842
EST:     GCTCGTATCTCACTTTGTCTGTGCTCACCACCGCTGGATGTGCTTTGGAG                         GTTATTTCAGCATATGATGTGTACTTGAATTCCACCTTGATCGTACACGAT
genomic: GCTCGTATCTCACTTTGTCTGTGCTCACCACCGCTGGATGTGCTTTGGAGgtactctcac ... ctttgcacagGTTATTTCAGCATATGATGTGTACTTGAATTCCACCTTGATCATACACGAT
EST: gi|100445439|gb|CJ975588.1|CJ975588
EST:     GCTCGTATCTCACTTTGTCTGTGCTCACCACCGCTGGATGTGCTTTGGAG                         GTTATTTCAGCATATGATGTGTACTTGAATTCCACCTTGATCATACACGAT
genomic: GCTCGTATCTCACTTTGTCTGTGCTCACCACCGCTGGATGTGCTTTGGAGgtactctcac ... ctttgcacagGTTATTTCAGCATATGATGTGTACTTGAATTCCACCTTGATCATACACGAT
EST: gi|37851348|gb|BJ609356.1|BJ609356
EST:     CTCGTATCTCACTTTGTCTGTGCTCACCACCGCTGGGATGTGCTTTGGAG                         GTTATTTCAGCATATGATGTGTACTTGAATTCCACCTTGATCATACACGAT
genomic: CTCGTATCTCACTTTGTCTGTGCTCACCACCGCT-GGATGTGCTTTGGAGgtactctcac ... ctttgcacagGTTATTTCAGCATATGATGTGTACTTGAATTCCACCTTGATCATACACGAT
EST: gi|100449404|gb|CJ973703.1|CJ973703
EST:     GCTCGTATCTCACTTTGTCTGTGCTCACCACCGCTGGATGTGCTTTGGAG                         GTTATTTCAGCATATGATGTGTACTTGAATTCCACCTTGATCATACACGAT
genomic: GCTCGTATCTCACTTTGTCTGTGCTCACCACCGCTGGATGTGCTTTGGAGgtactctcac ... ctttgcacagGTTATTTCAGCATATGATGTGTACTTGAATTCCACCTTGATCATACACGAT
EST: gi|208386348|gb|DC932844.1|DC932844
EST:     GCTCGTATCTCACTTTGTCTGTGCTCACCACCGCTGGATGTGCTTTGGAG                         GTTATTTCAGCATATGATGTGTACTTGAATTCCACCTTGATCATACACGAT
genomic: GCTCGTATCTCACTTTGTCTGTGCTCACCACCGCTGGATGTGCTTTGGAGgtactctcac ... ctttgcacagGTTATTTCAGCATATGATGTGTACTTGAATTCCACCTTGATCATACACGAT
EST: gi|100361762|gb|BY947614.1|BY947614
EST:     GCTCGTATCTCACTTTGTCTGTGCTCACCACCGCTGGATGTGCTTTGGAG                         GTTATTTCAGCATATGATGTGTACTTGAATTCCACCTTGATCATACACGAT
genomic: GCTCGTATCTCACTTTGTCTGTGCTCACCACCGCTGGATGTGCTTTGGAGgtactctcac ... ctttgcacagGTTATTTCAGCATATGATGTGTACTTGAATTCCACCTTGATCATACACGAT
EST: gi|100449620|gb|CJ973851.1|CJ973851
EST:     GCTCGTATCTCACTTTGTCTGTGCTCACCACCGCTGGATGTGCTTTGGAG                         GTTATTTCAGCATATGATGTGTACTTGAATCCCNCCTTGATCATACACGAT
genomic: GCTCGTATCTCACTTTGTCTGTGCTCACCACCGCTGGATGTGCTTTGGAGgtactctcac ... ctttgcacagGTTATTTCAGCATATGATGTGTACTTGAATTCCACCTTGATCATACACGAT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

agaacgtggagtgtaaaaagacagcattttaatgatgtgtgcggactttgcacagGTTATTTCAGCATATGATGTGTACTTGAATTCCACCTTGATCATACACGATTATCAAGTCTGGAGACTCATCACCAATTTCTTTTACTTTGGCAAACTTG
                          ttttaat  putative branch site (score: 3)
                         attttaatgat  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
atgaggcattcatcacacatgtggatgaacgtgttttaagtgcagagaacgtggagtgtaaaaagacagcattttaatgatgtgtgcggactttgcacagGTTATTTCAGCATATGATGTGTACTTGAATTCCACCTTGATCATACACGATTATCAAGTCTGGAGACTCATCACCAATTTCTTTTACTTTGGCAAACTTG

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAGA
- - - - - - - -cacatgt