1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' |
gtacgtctagcctctctctctctctctctcgttccttccttccttccaattcaggtctagcgtgggagtatatctaggagtaaatcagaacttcgggatgttccatgtcaagctttgatatgcccccaatttgtttcgcagCATCTATCAATGAGGCTGGCATCCGTGTGCTCAGGTCACGCGGACATGGCCCTCGAGAGTCAGCTCTTGAGCAACAAGGAGATGCTGCAGACTCAGCTGC
species | Physcomitrella patens |
transcript | PP1S226_51V6.2 |
intron # | 2 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: TGCTCGACGAGATCATCAACTATGTTCAATTCCTCCAGCGCCAAGTCGAA CATCTATCAATGAGGCTGGCATCCGTCTGCCCAGGTCACGCGGACATGGCCEST: gi|162178303|gb|FC354709.1|FC354709
genomic: TGCTCGACGAGATCATCAACTATGTTCAATTCCTCCAGCGCCAAGTCGAAgtacgtctag ... tgtttcgcagCATCTATCAATGAGGCTGGCATCCGTGTGCTCAGGTCACGCGGACATGGCC
EST: TGCTCGACGAGATCATCAACTATGTTCAATTCCTCCAGCGCCAAGTCGAA CATCTATCAATGEST: gi|100411682|gb|BY992286.1|BY992286
genomic: TGCTCGACGAGATCATCAACTATGTTCAATTCCTCCAGCGCCAAGTCGAAgtacgtctag ... tgtttcgcagCATCTATCAATG
EST: TGCTCGACGAGATCATCAACTATGTTCAATTCCTCCAGCGCCAAGTCGAA CATCTATCAATGAGGCTGGCATCCGTGTGCTCAGGTCACGCGGACATGGCCEST: gi|162206227|gb|FC382297.1|FC382297
genomic: TGCTCGACGAGATCATCAACTATGTTCAATTCCTCCAGCGCCAAGTCGAAgtacgtctag ... tgtttcgcagCATCTATCAATGAGGCTGGCATCCGTGTGCTCAGGTCACGCGGACATGGCC
EST: TGCTCGACGAGATCATCAACTATGTTCAATTCCTCCAGCGCCAAGTCGAA CATCTATCAATGAGGCTGGCATCCGTCTGCCCAGGTCACGCGGACATGGCC
genomic: TGCTCGACGAGATCATCAACTATGTTCAATTCCTCCAGCGCCAAGTCGAAgtacgtctag ... tgtttcgcagCATCTATCAATGAGGCTGGCATCCGTGTGCTCAGGTCACGCGGACATGGCC
agaacttcgggatgttccatgtcaagctttgatatgcccccaatttgtttcgcagCATCTATCAATGAGGCTGGCATCCGTGTGCTCAGGTCACGCGGACATGGCCCTCGAGAGTCAGCTCTTGAGCAACAAGGAGATGCTGCAGACTCAGCTGC
ctttgat putative branch site (score: 5)
tttgtttc putative PPT
aatttgttt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtacgtctagcctctctctctctctctctcgttccttccttccttccaattcaggtctagcgtgggagtatatctaggagtaaatcagaacttcgggatgttccatgtcaagctttgatatgcccccaatttgtttcgcagCATCTATCAATGAGGCTGGCATCCGTGTGCTCAGGTCACGCGGACATGGCCCTCGAGAGTCAGCTCTTGAGCAACAAGGAGATGCTGCAGACTCAGCTGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TCAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAGCTC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ATGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGCTGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CTGCAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TCAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCTGC