1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' |
gtgagtttatgatctgaggaatgggataccgtgtttttttattatgttttgtttttggcgttttctttttctttttctggttattttattttttaggtcaagagtatagtggacacgagttgagattgctttgtgtgttcagGCTGAGCTGAAAGAGAAGCTTGCTAAGGTGTATGAGGTTCGGGATCCTCAGACCATCTTCGTGTTCGGATTCAGGACCCAATTTGGAGGTGGCAAGTCCA
species | Physcomitrella patens |
transcript | PP1S204_49V6.1 |
intron # | 2 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: ATCATTGATGTGCTACACCCCGGTCGTGCTAATGTCTCCAAG GCTGAGCTGAAAGAGAAGCTTGCTAAGGTGTATGAGGTCCGGGATCCTCAGEST: gi|162207612|gb|FC384065.1|FC384065
genomic: ATCATTGATGTGCTACACCCCGGTCGTGCTAATGTCTCCAAGgtgagtttat ... gtgtgttcagGCTGAGCTGAAAGAGAAGCTTGCTAAGGTGTATGAGGTTCGGGATCCTCAG
EST: ATCATTGATGTGCTACACCCCGGTCGTGCTAATGTCTCCAAG GCTGAGCTGAAAGAGAAGCTTGCTAAGGTGTATGAGGTCCGGGATCCTCAGEST: gi|162264253|gb|FC441355.1|FC441355
genomic: ATCATTGATGTGCTACACCCCGGTCGTGCTAATGTCTCCAAGgtgagtttat ... gtgtgttcagGCTGAGCTGAAAGAGAAGCTTGCTAAGGTGTATGAGGTTCGGGATCCTCAG
EST: ATCATTGATGTGCTACACCCCGGTCGTGCTAATGTCTCCAAG GCTGAGCTGAAAGAGAAGCTTGCTAAGGTGTATGAGGTTCGGGATCCTCAGEST: gi|162211993|gb|FC388455.1|FC388455
genomic: ATCATTGATGTGCTACACCCCGGTCGTGCTAATGTCTCCAAGgtgagtttat ... gtgtgttcagGCTGAGCTGAAAGAGAAGCTTGCTAAGGTGTATGAGGTTCGGGATCCTCAG
EST: ATCATTGATGTGCTACACCCCGGTCGTGCTAATGTCTCCAAG GCTGAGCTGAAAGAGAAGCTTGCTAAGGTGTATGAGGTCCGGGATCCTCAGEST: gi|162231344|gb|FC406767.1|FC406767
genomic: ATCATTGATGTGCTACACCCCGGTCGTGCTAATGTCTCCAAGgtgagtttat ... gtgtgttcagGCTGAGCTGAAAGAGAAGCTTGCTAAGGTGTATGAGGTTCGGGATCCTCAG
EST: ATCATTGATGTGCTACACCCCGGTCGTGCTAATGTCTCCAAG GCTGAGCTGAAAGAGAAGCTTGCTAAGGTGTATGAGGTCCGGGATCCTCAGEST: gi|162184761|gb|FC361063.1|FC361063
genomic: ATCATTGATGTGCTACACCCCGGTCGTGCTAATGTCTCCAAGgtgagtttat ... gtgtgttcagGCTGAGCTGAAAGAGAAGCTTGCTAAGGTGTATGAGGTTCGGGATCCTCAG
EST: ATCATTGATGTGCTACACCCCGGTCGTGCTAATGTCTCCAAG GCTGAGCTGAAAGAGAAGCTTGCTAAGGTGTATGAGGTCCGGGATCCTCAGEST: gi|162211994|gb|FC388456.1|FC388456
genomic: ATCATTGATGTGCTACACCCCGGTCGTGCTAATGTCTCCAAGgtgagtttat ... gtgtgttcagGCTGAGCTGAAAGAGAAGCTTGCTAAGGTGTATGAGGTTCGGGATCCTCAG
EST: ATCATTGATGTGCTACACCCCGGTCGTGCTAATGTCTCCAAG GCTGAGCTGAAAGAGAAGCTTGCTAAGGTGTATGAGGTCCGGGATCCTCAGEST: gi|162264252|gb|FC441354.1|FC441354
genomic: ATCATTGATGTGCTACACCCCGGTCGTGCTAATGTCTCCAAGgtgagtttat ... gtgtgttcagGCTGAGCTGAAAGAGAAGCTTGCTAAGGTGTATGAGGTTCGGGATCCTCAG
EST: ATCATTGATGTGCTACACCCCGGTCGTGCTAATGTTTCCAAG GCTGAGCTGAAAGAGAAGCTTGCTAAGGTGTATGAGGTTCGGGATCCTCAGEST: gi|7147798|gb|AW509720.1|AW509720
genomic: ATCATTGATGTGCTACACCCCGGTCGTGCTAATGTCTCCAAGgtgagtttat ... gtgtgttcagGCTGAGCTGAAAGAGAAGCTTGCTAAGGTGTATGAGGTTCGGGATCCTCAG
EST: ATCATTGATGTGCTACACCCCGGTCGTGCTAATGTCTCCAAG GCTGAGCTGAAAGAGAAGCTTGCTAAGGTGTATGAGGTTCGGGATCCTCAGEST: gi|67728029|gb|BJ978288.1|BJ978288
genomic: ATCATTGATGTGCTACACCCCGGTCGTGCTAATGTCTCCAAGgtgagtttat ... gtgtgttcagGCTGAGCTGAAAGAGAAGCTTGCTAAGGTGTATGAGGTTCGGGATCCTCAG
EST: ATCATTGATGTGCTACACCCCGGTCNTGCTAATGTCTCCAAG GNTGANCTGAAAGAGAAGCTTGCTAAGGTNTATGAGGTTCGGGATCCTCAGEST: gi|162184760|gb|FC361062.1|FC361062
genomic: ATCATTGATGTGCTACACCCCGGTCGTGCTAATGTCTCCAAGgtgagtttat ... gtgtgttcagGCTGAGCTGAAAGAGAAGCTTGCTAAGGTGTATGAGGTTCGGGATCCTCAG
EST: ATCATTGATGTGCTACACCCCGGTCGTGCTAATGTCTCCAAG GCTGAGCTGAAAGAGAAGCTTGCTAAGGTGTATGAGGTCCGGGATCCTCAGEST: gi|162252337|gb|FC427276.1|FC427276
genomic: ATCATTGATGTGCTACACCCCGGTCGTGCTAATGTCTCCAAGgtgagtttat ... gtgtgttcagGCTGAGCTGAAAGAGAAGCTTGCTAAGGTGTATGAGGTTCGGGATCCTCAG
EST: ATCATTGATGTGCTACACCCCGGTCGTGCTAATGTCTCCAAG GCTGAGCTGAAAGAGAAGCTTGCTAAGGTGTATGAGGTCCGGGATCCTCAG
genomic: ATCATTGATGTGCTACACCCCGGTCGTGCTAATGTCTCCAAGgtgagtttat ... gtgtgttcagGCTGAGCTGAAAGAGAAGCTTGCTAAGGTGTATGAGGTTCGGGATCCTCAG
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtgagtttatgatctgaggaatgggataccgtgtttttttattatgttttgtttttggcgttttctttttctttttctggttattttattttttaggtcaagagtatagtggacacgagttgagattgctttgtgtgttcagGCTGAGCTGAAAGAGAAGCTTGCTAAGGTGTATGAGGTTCGGGATCCTCAGACCATCTTCGTGTTCGGATTCAGGACCCAATTTGGAGGTGGCAAGTCCA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TTGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAGG