1 5' 3' | 2 5' 3' |
gtagtaatcccgtctctacgtttttctgcatttagtatttttctttttttcttcttttttttttctgcttgatatgatttcctattgctttatttattttctgtgaattgccattatgcatcatgtgatgcaatttttgttacctgatgtattctttgaccggattatggttatacgtctgtagAGCGAATGCCCAGCAGCCCAAGCTCTTCGTTGGTATGATTTTGATCCTCATTTTTGCCGAGGCGCTTGCTTTGTATGGACTTATCGTCGGCATCATCTTG
species | Physcomitrella patens |
transcript | PP1S1_66V6.1 |
intron # | 2 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: GGCCTGTCCGCAGGCATGGCGATTGGCATCGTTGGAGATGCTGGTGTCAG AGCGAATGCCCAGCAGCCCAAGCTCTTCGTTGGTATGATTTTGATCCTCATEST: gi|37830648|gb|BJ588660.1|BJ588660
genomic: GGCCTGTCCGCAGGCATGGCGATTGGCATCGTTGGAGATGCTGGTGTCAGgtagtaatcc ... acgtctgtagAGCGAATGCCCAGCAGCCCAAGCTCTTCGTTGGTATGATTTTGATCCTCAT
EST: GGCCTGTCCGCAGGCATGGCGATTGGCATCGTTGGAGATGCTGGTGTCAG AGCGAATGCCCAGCAGCCCAAGCTCTTCGTTGGTATGATTTTGATCCTCATEST: gi|18336166|gb|BJ168188.1|BJ168188
genomic: GGCCTGTCCGCAGGCATGGCGATTGGCATCGTTGGAGATGCTGGTGTCAGgtagtaatcc ... acgtctgtagAGCGAATGCCCAGCAGCCCAAGCTCTTCGTTGGTATGATTTTGATCCTCAT
EST: GGCCTGTCCGCAGGCATGGCGATTGGCATCGTTGGAGATGCTGGTGTCAG AGCGAATGCCCAGCAGCCCAAGCTCTTCGTTGGTATGATTTTGATCCTCATEST: gi|162219761|gb|FC395965.1|FC395965
genomic: GGCCTGTCCGCAGGCATGGCGATTGGCATCGTTGGAGATGCTGGTGTCAGgtagtaatcc ... acgtctgtagAGCGAATGCCCAGCAGCCCAAGCTCTTCGTTGGTATGATTTTGATCCTCAT
EST: GGCCTGTCCGCAGGCATGGCGATTGGCATCGTTGGAGATGCTGGTGTCAG AGCGAATGCCCAGCAGCCCAAGCTCTTCGTTGGTATGATTTTGATCCTCATEST: gi|208344620|gb|DC909179.1|DC909179
genomic: GGCCTGTCCGCAGGCATGGCGATTGGCATCGTTGGAGATGCTGGTGTCAGgtagtaatcc ... acgtctgtagAGCGAATGCCCAGCAGCCCAAGCTCTTCGTTGGTATGATTTTGATCCTCAT
EST: GGCCTGTCCGCAGGCATGGCGATTGGCATCGTTGGAGATGCTGGTGTCAG AGCGAATGCCCAGCAGCCCAAGCTCTTCGTTGGTATGATTTTGATCCTCATEST: gi|208393998|gb|DC946152.1|DC946152
genomic: GGCCTGTCCGCAGGCATGGCGATTGGCATCGTTGGAGATGCTGGTGTCAGgtagtaatcc ... acgtctgtagAGCGAATGCCCAGCAGCCCAAGCTCTTCGTTGGTATGATTTTGATCCTCAT
EST: GGCCTGTCCGCAGGCATGGCGATTGGCATCGTTGGAGATGCTGGTGTCAG AGCGAATGCCCAGCAGCCCAAGCTCTTCGTTGGTATGATTTTGATCCTCATEST: gi|208378400|gb|DC923043.1|DC923043
genomic: GGCCTGTCCGCAGGCATGGCGATTGGCATCGTTGGAGATGCTGGTGTCAGgtagtaatcc ... acgtctgtagAGCGAATGCCCAGCAGCCCAAGCTCTTCGTTGGTATGATTTTGATCCTCAT
EST: GGCCTGTCCGCAGGCATGGCGATTGGCATCGTTGGAGATGCTGGTGTCAG AGCGAATGCCCAGCAGCCCAAGCTCTTCGTTGGTATGATTTTGATCCTCATEST: gi|37829947|gb|BJ587959.1|BJ587959
genomic: GGCCTGTCCGCAGGCATGGCGATTGGCATCGTTGGAGATGCTGGTGTCAGgtagtaatcc ... acgtctgtagAGCGAATGCCCAGCAGCCCAAGCTCTTCGTTGGTATGATTTTGATCCTCAT
EST: GGCCTGTCCGCAGGCATGGCGATTGGCATCGTTGGAGATGCTGGTGTCAG AGCGAATGCCCAGCAGCCCAAGCTCTTCGTTGGTATGATTTTGATCCTCATEST: gi|18327933|gb|BJ159937.1|BJ159937
genomic: GGCCTGTCCGCAGGCATGGCGATTGGCATCGTTGGAGATGCTGGTGTCAGgtagtaatcc ... acgtctgtagAGCGAATGCCCAGCAGCCCAAGCTCTTCGTTGGTATGATTTTGATCCTCAT
EST: GGCCTGTCCGCAGGCATGGCGATTGGCATCGTTGGAGATGCTGGTGTCAG AGCGAATGCCCAGCAGCCCAAGCTCTTCGTTGGTATGATTTTGATCCTCATEST: gi|22133405|gb|BQ827717.1|BQ827717
genomic: GGCCTGTCCGCAGGCATGGCGATTGGCATCGTTGGAGATGCTGGTGTCAGgtagtaatcc ... acgtctgtagAGCGAATGCCCAGCAGCCCAAGCTCTTCGTTGGTATGATTTTGATCCTCAT
EST: GGCCTGTCCGCAGGCATGGCGATTGGCATCGTTGGAGATGCTGGTGTCAG AGCGAATGCCCAGCAGCCCAAGCTCTTCGTTGGTATGATTTTGATCCTCATEST: gi|37845441|gb|BJ603449.1|BJ603449
genomic: GGCCTGTCCGCAGGCATGGCGATTGGCATCGTTGGAGATGCTGGTGTCAGgtagtaatcc ... acgtctgtagAGCGAATGCCCAGCAGCCCAAGCTCTTCGTTGGTATGATTTTGATCCTCAT
EST: GGCCTGTCCGCAGGCATGGCGATTGGCATCGTTGGAGATGCTGGTGTCAG AGCGAATGCCC--CAGCCCAAGCTCTTCGTTGGTATGATTTTGATCCTCATEST: gi|100415451|gb|BY992850.1|BY992850
genomic: GGCCTGTCCGCAGGCATGGCGATTGGCATCGTTGGAGATGCTGGTGTCAGgtagtaatcc ... acgtctgtagAGCGAATGCCCAGCAGCCCAAGCTCTTCGTTGGTATGATTTTGATCCTCAT
EST: GGCCTGTCCGCAGGCATGGCGATTGGCATCGTTGGAGATGCTGGTGTCAG AGCGAATGCCCAGCAGCCCAAGCTCTTCGTTGGTATGATTTTGATCCTCATEST: gi|162208936|gb|FC385280.1|FC385280
genomic: GGCCTGTCCGCAGGCATGGCGATTGGCATCGTTGGAGATGCTGGTGTCAGgtagtaatcc ... acgtctgtagAGCGAATGCCCAGCAGCCCAAGCTCTTCGTTGGTATGATTTTGATCCTCAT
EST: GGCCTGTCCGCAGGCATGGCGATTGGCATCGTTGGAGATGCTGGTGTCAG AGCGAATGCCCAGCAGCCCAAGCTCTTCGTTGGTATGATTTTGATCCTCAT
genomic: GGCCTGTCCGCAGGCATGGCGATTGGCATCGTTGGAGATGCTGGTGTCAGgtagtaatcc ... acgtctgtagAGCGAATGCCCAGCAGCCCAAGCTCTTCGTTGGTATGATTTTGATCCTCAT
gcaatttttgttacctgatgtattctttgaccggattatggttatacgtctgtagAGCGAATGCCCAGCAGCCCAAGCTCTTCGTTGGTATGATTTTGATCCTCATTTTTGCCGAGGCGCTTGCTTTGTATGGACTTATCGTCGGCATCATCTTG
ctttgac putative branch site (score: 16)
ttttgtta TA-rich tract