1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' |
gtgacttttttctcacgcccttcctgtactttggaaatggagaaaccagtgcaatgactctaaatgcgtgtgatgattccaatttatcccggttagtttgccgttttctccaccgcttttcggtcaagctccatgcatacgaaatgctgattgtgttggtgaatgcgcagGACATGCGTGGCTATAGCTGGTGCAGATTACTGTGTGATTGCTGCTGATACGAGGATGTCTACTGGGTTCAGCATTCTGACTCGTGATTACTCGAAAATT
species | Physcomitrella patens |
transcript | PP1S197_22V6.2 |
intron # | 2 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: CCCAGTTCACATGCGGGTGCTTCTTGGAGTCCCTACGACAACAACGGAGG GACATGCGTGGCTATAGCTGGTGCAGATTACTGTGTGATTGCTGCTGATACEST: gi|100443206|gb|BY981832.1|BY981832
genomic: CCCAGTTCACATGCGGGTGCTTCTTGGAGTCCCTACGACAACAACGGAGGgtgacttttt ... gaatgcgcagGACATGCGTGGCTATAGCTGGTGCAGATTACTGTGTGATTGCTGCTGATAC
EST: CCCAGTTCACATGCGGGTGCTTCTTGGAGTCCCTACGACAACAACGGAGG GACATGCGTGGCTATAGCTGGTGCAGATTACTGTGTGATTGCTGCTGATACEST: gi|208393290|gb|DC942444.1|DC942444
genomic: CCCAGTTCACATGCGGGTGCTTCTTGGAGTCCCTACGACAACAACGGAGGgtgacttttt ... gaatgcgcagGACATGCGTGGCTATAGCTGGTGCAGATTACTGTGTGATTGCTGCTGATAC
EST: CCCAGTTCACATGCGGGTGCTTCTTGGAGTCCCTACGACAACAACGGAGG GACATGCGTGGCTATAGCTGGTGCAGATTACTGTGTGATTGCTGCTGATACEST: gi|100367799|gb|BY984789.1|BY984789
genomic: CCCAGTTCACATGCGGGTGCTTCTTGGAGTCCCTACGACAACAACGGAGGgtgacttttt ... gaatgcgcagGACATGCGTGGCTATAGCTGGTGCAGATTACTGTGTGATTGCTGCTGATAC
EST: CCCAGTTCACATGCGGGTGCTTCTTGGAGTCCCTACGACAACAACGGAGG GACATGCGTGGCTACAGCTGGTGCAGATTACTGTGTGATTGCTGCTGATACEST: gi|208392219|gb|DC929480.1|DC929480
genomic: CCCAGTTCACATGCGGGTGCTTCTTGGAGTCCCTACGACAACAACGGAGGgtgacttttt ... gaatgcgcagGACATGCGTGGCTATAGCTGGTGCAGATTACTGTGTGATTGCTGCTGATAC
EST: CCCAGTTCACATGCGGGTGCTTCTTGGAGTCCCTACGACAACAACGGAGG GACATGCGTGGCTATAGCTGGTGCAGATTACTGTGTGATTGCTGCTGATACEST: gi|208377412|gb|DC927072.1|DC927072
genomic: CCCAGTTCACATGCGGGTGCTTCTTGGAGTCCCTACGACAACAACGGAGGgtgacttttt ... gaatgcgcagGACATGCGTGGCTATAGCTGGTGCAGATTACTGTGTGATTGCTGCTGATAC
EST: TACGACANCAACGGAGG GACATGCGTGGCTATAGCTGGTGCAGATTACTGTGTGATTGCTGCTGATACEST: gi|162168953|gb|FC345635.1|FC345635
genomic: TACGACAACAACGGAGGgtgacttttt ... gaatgcgcagGACATGCGTGGCTATAGCTGGTGCAGATTACTGTGTGATTGCTGCTGATAC
EST: CCCAGTTCACATGCGGGTGCTTCTTGGAGTCCCTACGACAACAACGGAGG GACATGCGTGGCTATAGCTGGTGCAGATTACTGTGTGATTGCTGCTGATACEST: gi|208358314|gb|DC934535.1|DC934535
genomic: CCCAGTTCACATGCGGGTGCTTCTTGGAGTCCCTACGACAACAACGGAGGgtgacttttt ... gaatgcgcagGACATGCGTGGCTATAGCTGGTGCAGATTACTGTGTGATTGCTGCTGATAC
EST: CCCAGTTCACATGCGGGTGCTTCTTGGAGTCCCTACGACAACAACGGAGG GACATGCGTGGCTATAGCTGGTGCAGATTACTGTGTGATTGCTGCTGATACEST: gi|208366765|gb|DC940079.1|DC940079
genomic: CCCAGTTCACATGCGGGTGCTTCTTGGAGTCCCTACGACAACAACGGAGGgtgacttttt ... gaatgcgcagGACATGCGTGGCTATAGCTGGTGCAGATTACTGTGTGATTGCTGCTGATAC
EST: CCCAGTTCACATGCGGGTGCTTCTTGGAGTCCCTACGACAACAACGGAGG GACATGCGTGGCTATAGCTGGTGCAGATTACTGTGTGATTGCTGCTGATACEST: gi|100384610|gb|BY950600.1|BY950600
genomic: CCCAGTTCACATGCGGGTGCTTCTTGGAGTCCCTACGACAACAACGGAGGgtgacttttt ... gaatgcgcagGACATGCGTGGCTATAGCTGGTGCAGATTACTGTGTGATTGCTGCTGATAC
EST: CCCAGTTCACATGCGGGTGCTTCTTGGAGTCCCTACGACAACAACGGAGG GACATGCGTGGCTATAGCTGGTGCAGATTACTGTGTGATTGCTGCTGATACEST: gi|67717117|gb|BJ967376.1|BJ967376
genomic: CCCAGTTCACATGCGGGTGCTTCTTGGAGTCCCTACGACAACAACGGAGGgtgacttttt ... gaatgcgcagGACATGCGTGGCTATAGCTGGTGCAGATTACTGTGTGATTGCTGCTGATAC
EST: CCCAGTTCACATGCGGGTGCTTCTTGGAGTCCCTACGACAACAACGGAGG GACATGCGTGGCTATAGCTGGTGCAGATTACTGTGTGATTGCTGCTGATACEST: gi|208379303|gb|DC927286.1|DC927286
genomic: CCCAGTTCACATGCGGGTGCTTCTTGGAGTCCCTACGACAACAACGGAGGgtgacttttt ... gaatgcgcagGACATGCGTGGCTATAGCTGGTGCAGATTACTGTGTGATTGCTGCTGATAC
EST: CCAGTTTCACATGCGGGTGCTTCTTGGAGTCCCTACGACAACAACGGAGG GACATGCGTGGCTATAGCTGGTGCAGATTACTGTGTGATTGCTGCTGATACEST: gi|100442468|gb|BY963162.1|BY963162
genomic: CCAG-TTCACATGCGGGTGCTTCTTGGAGTCCCTACGACAACAACGGAGGgtgacttttt ... gaatgcgcagGACATGCGTGGCTATAGCTGGTGCAGATTACTGTGTGATTGCTGCTGATAC
EST: CCCAGTTCACATGCGGGTGCTTCTTGGAGTCCCTACGACAACAACGGAGG GACATGCGTGGCTATAGCTGGTGCAGATTACTGTGTGATTGCTGCTGATACEST: gi|162186319|gb|FC361627.1|FC361627
genomic: CCCAGTTCACATGCGGGTGCTTCTTGGAGTCCCTACGACAACAACGGAGGgtgacttttt ... gaatgcgcagGACATGCGTGGCTATAGCTGGTGCAGATTACTGTGTGATTGCTGCTGATAC
EST: CCCAGTTCACATGCGGGTGCTTCTTGGAGTCCCTACGACAACAACGGAGG GACATGCGTGGCTATAGCTGGTGCAGATTACTGTGTGATTGCTGCTGATACEST: gi|208358782|gb|DC942948.1|DC942948
genomic: CCCAGTTCACATGCGGGTGCTTCTTGGAGTCCCTACGACAACAACGGAGGgtgacttttt ... gaatgcgcagGACATGCGTGGCTATAGCTGGTGCAGATTACTGTGTGATTGCTGCTGATAC
EST: CCCAGTTCACATGCGGGTGCTTCTTGGAGTCCCTACGACAACAACGGAGG GACATGCGTGGCTATAGCTGGTGCAGATTACTGTGTGATTGCTGCTGATACEST: gi|100446728|gb|CJ971027.1|CJ971027
genomic: CCCAGTTCACATGCGGGTGCTTCTTGGAGTCCCTACGACAACAACGGAGGgtgacttttt ... gaatgcgcagGACATGCGTGGCTATAGCTGGTGCAGATTACTGTGTGATTGCTGCTGATAC
EST: CCCAGTTCACATGCGGGTGCTTCTTGGAGTCCCTACGACAACAACGGAGG GACATGCGTGGCTATAGCTGGTGCAGATTACTGTGTGATTGCTGCTGATACEST: gi|100434760|gb|BY960826.1|BY960826
genomic: CCCAGTTCACATGCGGGTGCTTCTTGGAGTCCCTACGACAACAACGGAGGgtgacttttt ... gaatgcgcagGACATGCGTGGCTATAGCTGGTGCAGATTACTGTGTGATTGCTGCTGATAC
EST: CCCAGTTCACATGCGGGTGCTTCTTGGAGTCCCTACGACAACAACGGAGG GACATGCGTGGCTATAGCTGGTGCAGATTACTGTGTGATTGCTGCTGATACEST: gi|208346662|gb|DC913308.1|DC913308
genomic: CCCAGTTCACATGCGGGTGCTTCTTGGAGTCCCTACGACAACAACGGAGGgtgacttttt ... gaatgcgcagGACATGCGTGGCTATAGCTGGTGCAGATTACTGTGTGATTGCTGCTGATAC
EST: CCCAGTTCACATGCGGGTGCTTCTTGGAGTCCCTACGACAACAACGGAGG GACATGCGTGGCTATAGCTGGTGCAGATTACTGTGTGATTGCTGCTGATACEST: gi|208388708|gb|DC941521.1|DC941521
genomic: CCCAGTTCACATGCGGGTGCTTCTTGGAGTCCCTACGACAACAACGGAGGgtgacttttt ... gaatgcgcagGACATGCGTGGCTATAGCTGGTGCAGATTACTGTGTGATTGCTGCTGATAC
EST: CCCAGTTCACATGCGGGTGCTTCTTGGAGTCCCTACGACAACAACGGAGG GACATGCGTGGCTATAGCTGGTGCAGATTACTGTGTGATTGCTGCTGATAC
genomic: CCCAGTTCACATGCGGGTGCTTCTTGGAGTCCCTACGACAACAACGGAGGgtgacttttt ... gaatgcgcagGACATGCGTGGCTATAGCTGGTGCAGATTACTGTGTGATTGCTGCTGATAC
cttttcggtcaagctccatgcatacgaaatgctgattgtgttggtgaatgcgcagGACATGCGTGGCTATAGCTGGTGCAGATTACTGTGTGATTGCTGCTGATACGAGGATGTCTACTGGGTTCAGCATTCTGACTCGTGATTACTCGAAAATT
tgctgat putative branch site (score: 3)
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtgacttttttctcacgcccttcctgtactttggaaatggagaaaccagtgcaatgactctaaatgcgtgtgatgattccaatttatcccggttagtttgccgttttctccaccgcttttcggtcaagctccatgcatacgaaatgctgattgtgttggtgaatgcgcagGACATGCGTGGCTATAGCTGGTGCAGATTACTGTGTGATTGCTGCTGATACGAGGATGTCTACTGGGTTCAGCATTCTGACTCGTGATTACTCGAAAATT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGGATG