Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaaggctgttgtgcgatttggctgcgtacttactgttgtcgaatcatagcaatggataatcgtcaatactctcctttttttatgttgcagcaagtacagttcaaaagaattgaaaatctgttcagtgacacttcaatttttaagattctagttctgatcttattgcattggttggacgtttgttcagGCATGCTTTCGGCAAAACTTTCAAGTTGTCACAGTCTATGCTTCATTGGGATTAGATGCTCTTGCGCACTGTTTGAACGAG

Basic information

species Physcomitrella patens
transcript PP1S186_65V6.1
intron # 2
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|100389724|gb|BY952530.1|BY952530
EST:     GGGTCGCTATGTTTGCTGAAACTCGAGCTGAATGGCTTCTTGGTGCTGAG                         GCATGCTTTCGGCAAAACTTTCA-GTTGTCACAGTCTATGCTTCATTGGGA
genomic: GGGTCGCTATGTTTGCTGAAACTCGAGCTGAATGGCTTCTTGGTGCTGAGgtaaggctgt ... gtttgttcagGCATGCTTTCGGCAAAACTTTCAAGTTGTCACAGTCTATGCTTCATTGGGA
EST: gi|100423981|gb|BY976612.1|BY976612
EST:     GGGTCGCTATGTTTGCTGAAACTCGAGCTGAATGGCTTCTTGGTGCTGAG                         GCATGCTTTCGGCAA
genomic: GGGTCGCTATGTTTGCTGAAACTCGAGCTGAATGGCTTCTTGGTGCTGAGgtaaggctgt ... gtttgttcagGCATGCTTTCGGCAA
EST: gi|162257528|gb|FC433558.1|FC433558
EST:     GGGTCGCTATGTTTGCTGAAACTCGAGCTGAATGGCTTCTTGGTGCTGAG                         GCATGCTTTCGGCAAAACTTTCAAGTTGTCACAGTCTATGCTTCATTGGGA
genomic: GGGTCGCTATGTTTGCTGAAACTCGAGCTGAATGGCTTCTTGGTGCTGAGgtaaggctgt ... gtttgttcagGCATGCTTTCGGCAAAACTTTCAAGTTGTCACAGTCTATGCTTCATTGGGA
EST: gi|162275893|gb|FC451454.1|FC451454
EST:     GGGTCGCTATGTTTGCTGAAACTCGAGCTGAATGGCTTCTTGGTGCTGAG                         GCATGCTTTCGGCAAAACTTTCAAGTTGTCACAGTCTATGCTTCATTGGGA
genomic: GGGTCGCTATGTTTGCTGAAACTCGAGCTGAATGGCTTCTTGGTGCTGAGgtaaggctgt ... gtttgttcagGCATGCTTTCGGCAAAACTTTCAAGTTGTCACAGTCTATGCTTCATTGGGA
EST: gi|162255457|gb|FC431871.1|FC431871
EST:     GGGTCGCTATGTTTGCTGAAACTCGAGCTGAATGGCTTCTTGGTGCTGAG                         GCATGCTTTCGGCAAAACTTTCAAGTTGTCACAGTCTATGCTTCATTGGGA
genomic: GGGTCGCTATGTTTGCTGAAACTCGAGCTGAATGGCTTCTTGGTGCTGAGgtaaggctgt ... gtttgttcagGCATGCTTTCGGCAAAACTTTCAAGTTGTCACAGTCTATGCTTCATTGGGA
EST: gi|162197911|gb|FC373653.1|FC373653
EST:     GCTGAATGGCTTCTTGGTGCTGAG                         GCATGCTTTCGGCAAAACTTTCAAGTTGTCACAGTCTATGCTTCATTGGGA
genomic: GCTGAATGGCTTCTTGGTGCTGAGgtaaggctgt ... gtttgttcagGCATGCTTTCGGCAAAACTTTCAAGTTGTCACAGTCTATGCTTCATTGGGA
EST: gi|18367296|gb|BJ199378.1|BJ199378
EST:     CTGAATGGCTTCTTGGTGCTGAG                         GCATGCTTTCGGCAAAACTTTCAAGTTGTCACAGTCTATGCTTCATTGGGA
genomic: CTGAATGGCTTCTTGGTGCTGAGgtaaggctgt ... gtttgttcagGCATGCTTTCGGCAAAACTTTCAAGTTGTCACAGTCTATGCTTCATTGGGA


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tcaatttttaagattctagttctgatcttattgcattggttggacgtttgttcagGCATGCTTTCGGCAAAACTTTCAAGTTGTCACAGTCTATGCTTCATTGGGATTAGATGCTCTTGCGCACTGTTTGAACGAG
                   ttctgat  putative branch site (score: 3)
                                              tttgttc  putative PPT
     ttttaagatt  TA-rich tract