1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' |
...agtggacatgtgcagccttgtaacaactggatgtgtcagtcctgtaaatttctcttttgtgaagtaagggaattcacagttgctatgttgttgattgcagGCTTTGGAGGGTAGTGTCCAGATATGGTGGCTATGATCAT
species | Physcomitrella patens |
transcript | PP1S131_109V6.1 |
intron # | 2 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: CTGGAATACAAGCCCCCGAAGTTTTATGGACTGGAGTTGAACGTTCTGAA GCTTTGGAGGGTAGTGTCCAGATATGGTGGCTATGATCATEST: gi|162151718|gb|FC328575.1|FC328575
genomic: CTGGAATACAAGCCCCCGAAGTTTTATGGACTGGAGTTGAACGTTCTGAAgtaagtattc ... ttgattgcagGCTTTGGAGGGTAGTGTCCAGATATGGTGGCTATGATCAT
EST: CTGGAATACAAGCCCCCGAAGTTTTATGGACTGGAGTTGAACGTTCTGAA GCTTTGGAGGGTAGTGTCCAGATATGGTGGCTATGATCATEST: gi|100373328|gb|BY949291.1|BY949291
genomic: CTGGAATACAAGCCCCCGAAGTTTTATGGACTGGAGTTGAACGTTCTGAAgtaagtattc ... ttgattgcagGCTTTGGAGGGTAGTGTCCAGATATGGTGGCTATGATCAT
EST: CTGGAATACAAGCCCCCGAAGTTTTATGGACTGGAGTTGAACGTTCTGAA GCTTTGGAGGGTAGTGTCCAGATATGGTGGCTATGATCATEST: gi|162158745|gb|FC335580.1|FC335580
genomic: CTGGAATACAAGCCCCCGAAGTTTTATGGACTGGAGTTGAACGTTCTGAAgtaagtattc ... ttgattgcagGCTTTGGAGGGTAGTGTCCAGATATGGTGGCTATGATCAT
EST: CTGGAATACAAGCCCCCGAAGTTTTATGGACTGGAGTTGAACGTTCTGAA GCTTTGGAGGGTAGTGTCCAGATATGGTGGCTATGATCAT
genomic: CTGGAATACAAGCCCCCGAAGTTTTATGGACTGGAGTTGAACGTTCTGAAgtaagtattc ... ttgattgcagGCTTTGGAGGGTAGTGTCCAGATATGGTGGCTATGATCAT
aaatttctcttttgtgaagtaagggaattcacagttgctatgttgttgattgcagGCTTTGGAGGGTAGTGTCCAGATATGGTGGCTATGATCAT
tgttgat putative branch site (score: 16)
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| agtggacatgtgcagccttgtaacaactggatgtgtcagtcctgtaaatttctcttttgtgaagtaagggaattcacagttgctatgttgttgattgcagGCTTTGGAGGGTAGTGTCCAGATATGGTGGCTATGATCAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TTGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGTGG