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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...tggcgagatattaatgtcagaactggtatacttggaatgattttagtcatgtaacacactgttctaaattggtctttctttatcctcaactctggaacagGTGACGGTAGTGTGCGTGTTTGGAGAGACTATACACAGAAGGACAATCACCGCTTGGCAACTGCATGGCAGACTGTGCAAGGCCACAAACCTGGTTCTCG

Basic information

species Physcomitrella patens
transcript PP1S88_199V6.1
intron # 19
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|162158011|gb|FC334945.1|FC334945
EST:     CTCTGTTTACTCAACGAATTAGACGATAGTCTTCTCCTCGTTGCTTNCA-                         GTGACGGTAGTGTGCGTGTTTGGAGAGACTATACACAGAANGGACA-TCA
genomic: CTCTGTTTACTCAACGAATCAGACGATAGTCTTCTCCTCGTTGCTT-CAAgtgagccatt ... tctggaacagGTGACGGTAGTGTGCGTGTTTGGAGAGACTATACACAGAA-GGACAATCA






















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

gtcatgtaacacactgttctaaattggtctttctttatcctcaactctggaacagGTGACGGTAGTGTGCGTGTTTGGAGAGACTATACACAGAAGGACAATCACCGCTTGGCAACTGCATGGCAGACTGTGCAAGGCCACAAACCTGGTTCTCG
                ttctaaa  putative branch site (score: 2)
                           tctttctttatcctca  putative PPT
                ttctaaatt  TA-rich tract