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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gttagatttgtcttcctttcataatatggcctctctttttcttatgtaacaaaattttttacagaaaaattctcgtaaaatttaaaataaacttaagacacatgtcgatccaggctgacctcattatctaccttcgagattaacatcgtgaatatctgttatgaaattcttaacgcagATAGGACATTTGGAGGACGTTAGATTGAGGACCCTTCAGGGTGTCACTCGAGTTCAAGCAGTGTACAAGGGTTACAAGGCCCGGTGCATTTACAAACAAC

Basic information

species Physcomitrella patens
transcript PP1S174_120V6.1
intron # 19
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|162166563|gb|FC343260.1|FC343260
EST:     CAGATATGTATCAAGTTGGCATCTCAAAGCTATTCTTTCGTGCTGGACAG                         ATAGGACATTTGGAGGACGTTAGATTGAGGACCCTTCAGGGTGTCACTCGA
genomic: CAGATATGTATCAAGTTGGCATCTCAAAGCTATTCTTTCGTGCTGGACAGgttagatttg ... cttaacgcagATAGGACATTTGGAGGACGTTAGATTGAGGACCCTTCAGGGTGTCACTCGA






















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ttatctaccttcgagattaacatcgtgaatatctgttatgaaattcttaacgcagATAGGACATTTGGAGGACGTTAGATTGAGGACCCTTCAGGGTGTCACTCGAGTTCAAGCAGTGTACAAGGGTTACAAGGCCCGGTGCATTTACAAACAAC
                                            tcttaac  putative branch site (score: 2)
                                           ttctt  CT-rich tract
                                   ttatgaaattcttaa  TA-rich tract