Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaagtgatgctatctattgctttatgatttcgctgtcacgactctttcaatcatttctttggttcttcggccatgctgtgagttggtttgctcttttcgtttttcttattcccacacttgtgccgcatgcgattgattattttcgtttggctgtgcagGTCTATGAAGTTTGAGGATCCAGCTGATGGCGAGGATGAGCTGACTCAGAGATACAAGAAACTGTATGATGATTTGACTGCCGGATTCAGGAACTTAGAG

Basic information

species Physcomitrella patens
transcript PP1S10_201V6.1
intron # 19
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|18334867|gb|BJ166884.1|BJ166884
EST:     ACCTACAACATCATCAAGCAGCGTTTAAGTGATATCATCTATCGGCTTGT                         GTCTATGAAGTTTGAGGATCCAGCTGATGGCGAGGATGAGCTGACTCAGAG
genomic: ACCTACAACATCATCAAGCAGCGTTTAAGTGATATCATCTATCGGCTTGTgtaagtgatg ... ggctgtgcagGTCTATGAAGTTTGAGGATCCAGCTGATGGCGAGGATGAGCTGACTCAGAG
EST: gi|162156399|gb|FC332631.1|FC332631
EST:     ACCTACAACATCATCAAGCAGCGTTTAAGTGATATCATCTATCGGCTTGT                         GTCTATGAAGTTTGAGGATCCAGCTGATGGCGAGGATGAGCTGACTCAGAG
genomic: ACCTACAACATCATCAAGCAGCGTTTAAGTGATATCATCTATCGGCTTGTgtaagtgatg ... ggctgtgcagGTCTATGAAGTTTGAGGATCCAGCTGATGGCGAGGATGAGCTGACTCAGAG
EST: gi|67508537|gb|BJ941400.1|BJ941400
EST:     ACCTACAACATCATCAAGCAGCGTTTAAGTGATATCATCTATCGGCTTGT                         GTCTATGAAGTTTGAGGATCCAGCTGATGGCGAGGATGAGCTGACTCAGAG
genomic: ACCTACAACATCATCAAGCAGCGTTTAAGTGATATCATCTATCGGCTTGTgtaagtgatg ... ggctgtgcagGTCTATGAAGTTTGAGGATCCAGCTGATGGCGAGGATGAGCTGACTCAGAG
EST: gi|208375011|gb|DC956407.1|DC956407
EST:     ACCTACAACATCATCAAGCAGCGTTTAAGTGATATCATCTATCGGCTTGT                         GTCTATGAAGTTTGAGGATCCAGCTGATGGCGAGGATGAGCTGACTCAGAG
genomic: ACCTACAACATCATCAAGCAGCGTTTAAGTGATATCATCTATCGGCTTGTgtaagtgatg ... ggctgtgcagGTCTATGAAGTTTGAGGATCCAGCTGATGGCGAGGATGAGCTGACTCAGAG
EST: gi|22132673|gb|BQ827281.1|BQ827281
EST:     ACCTACAACATCATCAAGCAGCGTTTAAGTGATATCATCTATCGGCTTGT                         GTCTATGAAGTTTGAGGATCCAGCTGATGGCGAGGATGAGCTGACTCAGAG
genomic: ACCTACAACATCATCAAGCAGCGTTTAAGTGATATCATCTATCGGCTTGTgtaagtgatg ... ggctgtgcagGTCTATGAAGTTTGAGGATCCAGCTGATGGCGAGGATGAGCTGACTCAGAG
EST: gi|37832286|gb|BJ590298.1|BJ590298
EST:     ACCTACAACATCATCAAGCAGCGTTTAAGTGATATCATCTATCGGCTTGT                         GTCTATGAAGTTTGAGGATCCAGCTGATGGCGAGGATGAGCTGACTCAGAG
genomic: ACCTACAACATCATCAAGCAGCGTTTAAGTGATATCATCTATCGGCTTGTgtaagtgatg ... ggctgtgcagGTCTATGAAGTTTGAGGATCCAGCTGATGGCGAGGATGAGCTGACTCAGAG
EST: gi|37845452|gb|BJ603460.1|BJ603460
EST:     ACCTACAACATCATCAAGCAGCGTTTAAGTGATATCATCTATCGGCTTGT                         GTCTATGAAGTTTGAGGATCCAGCTGATGGCGAGGATGAGCTGACTCAGAG
genomic: ACCTACAACATCATCAAGCAGCGTTTAAGTGATATCATCTATCGGCTTGTgtaagtgatg ... ggctgtgcagGTCTATGAAGTTTGAGGATCCAGCTGATGGCGAGGATGAGCTGACTCAGAG
EST: gi|37850222|gb|BJ608230.1|BJ608230
EST:     ACCTACAACATCATCAAGCAGCGTTTAAGTGATATCATCTATCGGCTTGT                         GTCTATGAAGTTTGAGGATCCAGCTGATGGCGAGGATGAGCTGACTCAGAG
genomic: ACCTACAACATCATCAAGCAGCGTTTAAGTGATATCATCTATCGGCTTGTgtaagtgatg ... ggctgtgcagGTCTATGAAGTTTGAGGATCCAGCTGATGGCGAGGATGAGCTGACTCAGAG
EST: gi|208371410|gb|DC955746.1|DC955746
EST:     ACCTACAACATCATCAAGCAGCGTTTAAGTGATATCATCTATCGGCTTGT                         GTCTATGAAGTTTGAGGATCCAGCTGATGGCGAGGATGAGCTGACTCAGAG
genomic: ACCTACAACATCATCAAGCAGCGTTTAAGTGATATCATCTATCGGCTTGTgtaagtgatg ... ggctgtgcagGTCTATGAAGTTTGAGGATCCAGCTGATGGCGAGGATGAGCTGACTCAGAG
EST: gi|67724595|gb|BJ974854.1|BJ974854
EST:     ACCTACAACATCATCAAGCAGCGTTTAAGTGATATCATCTATCGGCTTGT                         GTCTATGAAGTTTGAGGATCCAGCTGATGGCGAGGATGAGCTGACTCAGAG
genomic: ACCTACAACATCATCAAGCAGCGTTTAAGTGATATCATCTATCGGCTTGTgtaagtgatg ... ggctgtgcagGTCTATGAAGTTTGAGGATCCAGCTGATGGCGAGGATGAGCTGACTCAGAG
EST: gi|67691755|gb|BJ951988.1|BJ951988
EST:     ACCTACAACATCATCAAGCAGCGTTTAAGTGATATCATCTATCGGCTTGT                         GTCTATGAAGTTTGAGGATCCAGCTGATGGCGAGGATGAGCTGACTCAGAG
genomic: ACCTACAACATCATCAAGCAGCGTTTAAGTGATATCATCTATCGGCTTGTgtaagtgatg ... ggctgtgcagGTCTATGAAGTTTGAGGATCCAGCTGATGGCGAGGATGAGCTGACTCAGAG
EST: gi|162165020|gb|FC342211.1|FC342211
EST:     ACCTACAACATCATCAAGCAGCGTTTAAGGGATATCATCTATCGGCTTGT                         GTCTATGAAGTTTGAGGATCCAGCTGATGGCGAGGATGAGCTGACTCAGAG
genomic: ACCTACAACATCATCAAGCAGCGTTTAAGTGATATCATCTATCGGCTTGTgtaagtgatg ... ggctgtgcagGTCTATGAAGTTTGAGGATCCAGCTGATGGCGAGGATGAGCTGACTCAGAG


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tcttattcccacacttgtgccgcatgcgattgattattttcgtttggctgtgcagGTCTATGAAGTTTGAGGATCCAGCTGATGGCGAGGATGAGCTGACTCAGAGATACAAGAAACTGTATGATGATTTGACTGCCGGATTCAGGAACTTAGAG
                           gattgat  putative branch site (score: 4)
                            attgattatttt  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gtaagtgatgctatctattgctttatgatttcgctgtcacgactctttcaatcatttctttggttcttcggccatgctgtgagttggtttgctcttttcgtttttcttattcccacacttgtgccgcatgcgattgattattttcgtttggctgtgcagGTCTATGAAGTTTGAGGATCCAGCTGATGGCGAGGATGAGCTGACTCAGAGATACAAGAAACTGTATGATGATTTGACTGCCGGATTCAGGAACTTAGAG

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAA