Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtatgcgtcacttgattgctgcctgtctaaatattttgggatccatgtagtgttaatctagccgttaaccgatgaactgagaccttcgtaacagctgtcttaacatgtttccctctgtgctttggatcaccctcagGTGGCTCCTTTTGGGGGAACGAAGCAATCTGGACTAGGTCGTGAAGGTTCCAACTACGGAATTGATGAGTATCTTGAG

Basic information

species Physcomitrella patens
transcript PP1S279_72V6.2
intron # 18
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|18335538|gb|BJ167558.1|BJ167558
EST:     CTTTGGATTATGGCATGGTTGGTCTGAATGAGACCCTGATTTCGTCTGAG                         GTGGCTCCTTTTGGGGGAACGAAGCAATCTGGACTAGGTCGTGAAGGTTCC
genomic: CTTTGGATTATGGCATGGTTGGTCTGAATGAGACCCTGATTTCGTCTGAGgtatgcgtca ... tcaccctcagGTGGCTCCTTTTGGGGGAACGAAGCAATCTGGACTAGGTCGTGAAGGTTCC
EST: gi|162167719|gb|FC344033.1|FC344033
EST:     CTTTGGATTATGGCATGGTTGGTCTGAATGAGACCCTGATTTCGTCTGAG                         GTGGCTCCTTTTGGGGGAACGAAGCAATCTGGACTAGGTCGTGAAGGTTCC
genomic: CTTTGGATTATGGCATGGTTGGTCTGAATGAGACCCTGATTTCGTCTGAGgtatgcgtca ... tcaccctcagGTGGCTCCTTTTGGGGGAACGAAGCAATCTGGACTAGGTCGTGAAGGTTCC
EST: gi|162175881|gb|FC351559.1|FC351559
EST:     CTTTGGATTATGGCATGGTTGGTCTGAATGAGACCCTGATTTCGTCTGAG                         GTGGCTCCTTTTGGGGGAACGAAGCAATCTGGACTAGGTCGTGAAGGTTCC
genomic: CTTTGGATTATGGCATGGTTGGTCTGAATGAGACCCTGATTTCGTCTGAGgtatgcgtca ... tcaccctcagGTGGCTCCTTTTGGGGGAACGAAGCAATCTGGACTAGGTCGTGAAGGTTCC
EST: gi|18340742|gb|BJ172773.1|BJ172773
EST:     CTTTGGATTATGGCATGGTTGGTCTGAATGAGACCCTGATTTCGTCTGAG                         GTGGCTCCTTTTGGGGGAACGAAGCAATCTGGACTAGGTCGTGAAGGTTCC
genomic: CTTTGGATTATGGCATGGTTGGTCTGAATGAGACCCTGATTTCGTCTGAGgtatgcgtca ... tcaccctcagGTGGCTCCTTTTGGGGGAACGAAGCAATCTGGACTAGGTCGTGAAGGTTCC
EST: gi|162257980|gb|FC433866.1|FC433866
EST:     CTTTGGATTATGGCATGGTTGGTCTGAATGAGACCCTGATTTCGTCTGAG                         GTGGCTCCTTTTGGGGGAACGAAGCAATCTGGACTAGGTCGTGAAGGTTCC
genomic: CTTTGGATTATGGCATGGTTGGTCTGAATGAGACCCTGATTTCGTCTGAGgtatgcgtca ... tcaccctcagGTGGCTCCTTTTGGGGGAACGAAGCAATCTGGACTAGGTCGTGAAGGTTCC
EST: gi|162188380|gb|FC364250.1|FC364250
EST:     CTTTGGATTATGGCATGGTTGGTCTGAATGAGACCCTGATTTCGTCTGAG                         GTGGCTCCTTTTGGGGGAACGAAGCAATCTGGACTAGGTCGTGAAGGTTCC
genomic: CTTTGGATTATGGCATGGTTGGTCTGAATGAGACCCTGATTTCGTCTGAGgtatgcgtca ... tcaccctcagGTGGCTCCTTTTGGGGGAACGAAGCAATCTGGACTAGGTCGTGAAGGTTCC
EST: gi|162202023|gb|FC377229.1|FC377229
EST:     CTTTGGATTATGGCATGGTTGGTCTGAATGAGACCCTGATTTCGTCTGAG                         GTGGCTCCTTTTGGGGGAACGAAGCAATCTGGACTAGGTCGTGAAGGTTCC
genomic: CTTTGGATTATGGCATGGTTGGTCTGAATGAGACCCTGATTTCGTCTGAGgtatgcgtca ... tcaccctcagGTGGCTCCTTTTGGGGGAACGAAGCAATCTGGACTAGGTCGTGAAGGTTCC
EST: gi|67695860|gb|BJ956093.1|BJ956093
EST:     CTTTGGATTATGGCATGGTTGGTCTGAATGAGACCCTGATTTCGTCTGAG                         GTGGCTCCTTTTGGGGGAACGAAGCAATCTGGACTAGGTCGTGAAGGTTCC
genomic: CTTTGGATTATGGCATGGTTGGTCTGAATGAGACCCTGATTTCGTCTGAGgtatgcgtca ... tcaccctcagGTGGCTCCTTTTGGGGGAACGAAGCAATCTGGACTAGGTCGTGAAGGTTCC
EST: gi|37848440|gb|BJ606448.1|BJ606448
EST:     CTTTGGATTATGGCATGGTTGGTCTGAATGAGACCCTGATTTCGTCTGAG                         GTGGCTCCTTTTGGGGGAACGAAGCAATCTGGACTAGGTCGTGAAGGTTCC
genomic: CTTTGGATTATGGCATGGTTGGTCTGAATGAGACCCTGATTTCGTCTGAGgtatgcgtca ... tcaccctcagGTGGCTCCTTTTGGGGGAACGAAGCAATCTGGACTAGGTCGTGAAGGTTCC
EST: gi|37846799|gb|BJ604807.1|BJ604807
EST:     CTTTGGATTATGGCATGGTTGGTCTGAATGAGACCCTGATTTCGTCTGAG                         GTGGCTCCTTTTGGGGGAACGAAGCAATCTGGACTAGGTCGTGAAGGTTCC
genomic: CTTTGGATTATGGCATGGTTGGTCTGAATGAGACCCTGATTTCGTCTGAGgtatgcgtca ... tcaccctcagGTGGCTCCTTTTGGGGGAACGAAGCAATCTGGACTAGGTCGTGAAGGTTCC
EST: gi|162175611|gb|FC351003.1|FC351003
EST:     CTTTGGATTATGGCATGGTTGGTCTGAATGAGACCCTGATTTCGTCTGAG                         GTGGCTCCTTTTGGGGGAACGAAGCAATCTGGACTAGGTCGTGAAGGTTCC
genomic: CTTTGGATTATGGCATGGTTGGTCTGAATGAGACCCTGATTTCGTCTGAGgtatgcgtca ... tcaccctcagGTGGCTCCTTTTGGGGGAACGAAGCAATCTGGACTAGGTCGTGAAGGTTCC
EST: gi|37842855|gb|BJ600863.1|BJ600863
EST:     CTTTGGATTATGGCATGGTTGGTCTGAATGAGACCCTGATTTCGTCTGAG                         GTGGCTCCTTTTGGGGGAACGAAGCAATCTGGACTAGGTCGTGAAGGTTCC
genomic: CTTTGGATTATGGCATGGTTGGTCTGAATGAGACCCTGATTTCGTCTGAGgtatgcgtca ... tcaccctcagGTGGCTCCTTTTGGGGGAACGAAGCAATCTGGACTAGGTCGTGAAGGTTCC
EST: gi|37847436|gb|BJ605444.1|BJ605444
EST:     CTTTGGATTATGGCATGGTTGGTCTGAATGAGACCCTGATTTCGTCTGAG                         GTGGCTCCTTTTGGGGGAACGAAGCAATCTGGACTAGGTCGTGAAGGTTCC
genomic: CTTTGGATTATGGCATGGTTGGTCTGAATGAGACCCTGATTTCGTCTGAGgtatgcgtca ... tcaccctcagGTGGCTCCTTTTGGGGGAACGAAGCAATCTGGACTAGGTCGTGAAGGTTCC
EST: gi|37838258|gb|BJ596266.1|BJ596266
EST:     CTTTGGATTATGGCATGGTTGGTCTGAATGAGACCCTGATTTCGTCTGAG                         GTGGCTCCTTTTGGGGGAACGAAGCAATCTGGACTAGGTCGTGAAGGTTCC
genomic: CTTTGGATTATGGCATGGTTGGTCTGAATGAGACCCTGATTTCGTCTGAGgtatgcgtca ... tcaccctcagGTGGCTCCTTTTGGGGGAACGAAGCAATCTGGACTAGGTCGTGAAGGTTCC
EST: gi|208345206|gb|DC925476.1|DC925476
EST:     CTTTGGATTATGGCATGGTTGGTCTGAATGAGACCCTGATTTCGTCTGAG                         GTGGCTCCTTTTGGGGGAACGAAGCAATCTGGACTAGGTCGTGAAGGTTCC
genomic: CTTTGGATTATGGCATGGTTGGTCTGAATGAGACCCTGATTTCGTCTGAGgtatgcgtca ... tcaccctcagGTGGCTCCTTTTGGGGGAACGAAGCAATCTGGACTAGGTCGTGAAGGTTCC
EST: gi|37851842|gb|BJ609850.1|BJ609850
EST:     CTTTGGATTATGGCATGGTTGGTCTGAATGAGACCCTGATTTCGTCTGAG                         GTGGCTCCTTTTGGGGGAACGAAGCAATCTGGACTAGGTCGTGAAGGTTCC
genomic: CTTTGGATTATGGCATGGTTGGTCTGAATGAGACCCTGATTTCGTCTGAGgtatgcgtca ... tcaccctcagGTGGCTCCTTTTGGGGGAACGAAGCAATCTGGACTAGGTCGTGAAGGTTCC
EST: gi|162167720|gb|FC344034.1|FC344034
EST:     CTTTGGATTATGGCATGGTTGGTCTGAATGAGACCCTGATTTCGTCTGAG                         GTGGCTCCTTTTGGGGGAACGAAGCAATCTGGACTAGGTCGTGAAGGTTCC
genomic: CTTTGGATTATGGCATGGTTGGTCTGAATGAGACCCTGATTTCGTCTGAGgtatgcgtca ... tcaccctcagGTGGCTCCTTTTGGGGGAACGAAGCAATCTGGACTAGGTCGTGAAGGTTCC
EST: gi|37842399|gb|BJ600407.1|BJ600407
EST:     CTTTGGATTATGGCATGGTTGGTCTGAATGAGACCCTGATTTCGTCTGAG                         GTGGCTCCTTTTGGGGGAACGAAGCAATCTGGACTAGGTCGTGAAGGTTCC
genomic: CTTTGGATTATGGCATGGTTGGTCTGAATGAGACCCTGATTTCGTCTGAGgtatgcgtca ... tcaccctcagGTGGCTCCTTTTGGGGGAACGAAGCAATCTGGACTAGGTCGTGAAGGTTCC
EST: gi|162175090|gb|FC351158.1|FC351158
EST:     CTTTGGATTATGGCATGGTTGGTCTGAATGAGACCCTGATTTCGTCTGAG                         GTGGCTCCTTTTGGGGGAACGAAGCAATCTGGACTAGGTCGTGAAGGTTCC
genomic: CTTTGGATTATGGCATGGTTGGTCTGAATGAGACCCTGATTTCGTCTGAGgtatgcgtca ... tcaccctcagGTGGCTCCTTTTGGGGGAACGAAGCAATCTGGACTAGGTCGTGAAGGTTCC
EST: gi|162170328|gb|FC346525.1|FC346525
EST:     CTTTGGATTATGGCATGGTTGGTCTGAATGAGACCCTGATTTCGTCTGAG                         GTGGCTCCTTTTGGGGGAACGAAGCAATCTGGACTAGGTCGTGAAGGTTCC
genomic: CTTTGGATTATGGCATGGTTGGTCTGAATGAGACCCTGATTTCGTCTGAGgtatgcgtca ... tcaccctcagGTGGCTCCTTTTGGGGGAACGAAGCAATCTGGACTAGGTCGTGAAGGTTCC
EST: gi|37841695|gb|BJ599703.1|BJ599703
EST:     CTTTGGATTATGGCATGGTTGGTCTGAATGAGACCCTGATTTCGTCTGAG                         GTGGCTCCTTTTGGGGGAACGAAGCAATCTGGACTAGGTCGTGAAGGTTCC
genomic: CTTTGGATTATGGCATGGTTGGTCTGAATGAGACCCTGATTTCGTCTGAGgtatgcgtca ... tcaccctcagGTGGCTCCTTTTGGGGGAACGAAGCAATCTGGACTAGGTCGTGAAGGTTCC
EST: gi|162261210|gb|FC437227.1|FC437227
EST:     CTTTGGATTATGGCATGGTTGGTCTGAATGAGACCCTGATTTCGTCTGAG                         GTGGCTCCTTTTGGGGGAACGAAGCAATCTGGACTAGGTCGTGAAGGTTCC
genomic: CTTTGGATTATGGCATGGTTGGTCTGAATGAGACCCTGATTTCGTCTGAGgtatgcgtca ... tcaccctcagGTGGCTCCTTTTGGGGGAACGAAGCAATCTGGACTAGGTCGTGAAGGTTCC
EST: gi|208365822|gb|DC951057.1|DC951057
EST:     CTTTGGATTATGGCATGGTTGGTCTGAATGAGACCCTGATTTCGTCTGAG                         GTGGCTCCTTTTGGGGGAACGAAGCAATCTGGACTAGGTCGTGAAGGTTCC
genomic: CTTTGGATTATGGCATGGTTGGTCTGAATGAGACCCTGATTTCGTCTGAGgtatgcgtca ... tcaccctcagGTGGCTCCTTTTGGGGGAACGAAGCAATCTGGACTAGGTCGTGAAGGTTCC
EST: gi|37851044|gb|BJ609052.1|BJ609052
EST:     CTTTGGATTATGGCATGGTTGGTCTGAATGAGACCCTGATTTCGTCTGAG                         GTGGCTCCTTTTGGGGGAACGAAGCAATCTGGACTAGGTCGTGAAGGTTCC
genomic: CTTTGGATTATGGCATGGTTGGTCTGAATGAGACCCTGATTTCGTCTGAGgtatgcgtca ... tcaccctcagGTGGCTCCTTTTGGGGGAACGAAGCAATCTGGACTAGGTCGTGAAGGTTCC


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

accttcgtaacagctgtcttaacatgtttccctctgtgctttggatcaccctcagGTGGCTCCTTTTGGGGGAACGAAGCAATCTGGACTAGGTCGTGAAGGTTCCAACTACGGAATTGATGAGTATCTTGAG
                tcttaac  putative branch site (score: 2)
                                             tcaccctc  putative PPT
                  ttaacat  TA-rich tract