Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...actaacagacttagtgaaatttgtgattttttttttttttttttttttttttttgcttgtgcttatgatgattttggaatggttggtgttcaccatgcagAGAGCGTGCTCAAATGAAGGTCTCTTCTTCTTCATTATCAATTTGCAG

Basic information

species Physcomitrella patens
transcript PP1S100_116V6.1
intron # 18
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|162214519|gb|FC391486.1|FC391486
EST:     GTAAAGATAGAATGGATCATGTAGCAGGAATGCCTCGAAGCTTCGTTCAG                         AGAGCGTGCTCAAATGAAGGTCTCTTCTTCTTCATTATCAATTTGCAG
genomic: GTAAAGATAGAATGGATCATGTAGCAGGAATGCCTCGAAGCTTCGTTCAGgtgcgttcgt ... caccatgcagAGAGCGTGCTCAAATGAAGGTCTCTTCTTCTTCATTATCAATTTGCAG






















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tttttttttgcttgtgcttatgatgattttggaatggttggtgttcaccatgcagAGAGCGTGCTCAAATGAAGGTCTCTTCTTCTTCATTATCAATTTGCAG
                      atgatttt  TA-rich tract