Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaaggctttacctattttttagatcatctttgtgcttaagctccactttcttgtgtataatgtactgacaggtttgcacaattggatgttgtagGACATGGCCCTGGACAAAGCCAAGCATGGGGTTGTGATCTTAGCTACGACTACGTCAAAATTAATGCTGAATACACAACTTAATCGTAATGTGCTTTGAA

Basic information

species Physcomitrella patens
transcript PP1S90_220V6.2
intron # 17
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: PP1S90_220V6.2 (Physcomitrella patens), 3'ss of exon 17
lower sequence: GLYMA13G19450.1 (Glycine max), 3'ss of exon 16
--------------gtaaggctttacctattttttagatcatctttgtgc---ttaagctccactttcttgtgtataat-gtactgacaggtttgcaca-attggatgttg-tagGACATGGCCCTGGACAAAGCCAAGCATGGGGTTGTGATCTTAGCTACGACTACGTCAAAATTAATGCTGAATACACAACTTAATCGTAATGTGCTTTGAA
              |  |    |    | |||||    |  | |||  ||    |    |  |  | | ||| ||| ||  |||| ||   |||  |   |||  ||  |   |||  |||| || ||||   | ||||||||||| |||||| | |||||||| || || ||||| |||||||| |||||||| ||  |  || |     | | 
gtaagttatagcctgcgaacagtactttttttttctttttctttttaagccgtctggaataaatatccatgtatattatcatacttactaatttatattcatttcatactaacagGCAATGGACCAGGACGTGGACAAGCATGGGGATGTGATTTAAGCTACGATTATGTTAAAATAAATGCTGAGTACACAACATAGGCAAAAGGAAACCTCAC
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|162153999|gb|FC330234.1|FC330234
EST:     NNNNNNNGCTGGAGAAGTGCATGGAACTGTTTCCATCAACATATGTATTG                         GACATGGCCCTGGACAAAGCCAAGCATGGGGTTGTGATTTTAGCTACGATT
genomic: AAAAAAAGCTGGAGAAGTGCATGGAACTGTTTCCATCAACATATGTATTGgtaaggcttt ... gatgttgtagGACATGGCCCTGGACAAAGCCAAGCATGGGGTTGTGATCTTAGCTACGACT
EST: gi|162152238|gb|FC328217.1|FC328217
EST:     NNNNNNNGCTGGAGAAGTGCATGGAACTGTTTCCATCAACATATGTATTG                         GACATGGCCCTGGACAAAGCCAAGCATGGGGTTGTGATCTTAGCTACGACT
genomic: AAAAAAAGCTGGAGAAGTGCATGGAACTGTTTCCATCAACATATGTATTGgtaaggcttt ... gatgttgtagGACATGGCCCTGGACAAAGCCAAGCATGGGGTTGTGATCTTAGCTACGACT
EST: gi|208372841|gb|DC956242.1|DC956242
EST:     NNNNNNNGCTGGAGAAGTGCATGGAACTGTTTCCATCAACATATGTATTG                         GACATGGCCCTGGACAAAGCCAAGCATGGGGTTGTGATCTTAGCTACGACT
genomic: AAAAAAAGCTGGAGAAGTGCATGGAACTGTTTCCATCAACATATGTATTGgtaaggcttt ... gatgttgtagGACATGGCCCTGGACAAAGCCAAGCATGGGGTTGTGATCTTAGCTACGACT
EST: gi|18335990|gb|BJ168011.1|BJ168011
EST:     NNNNNNNGCTGGAGAAGTGCATGGAACTGTTTCCATCAACATATGTATTG                         GACATGGCCCTGGACAAAGCCAAGCATGGGGTTGTGATCTTAGCTACGACT
genomic: AAAAAAAGCTGGAGAAGTGCATGGAACTGTTTCCATCAACATATGTATTGgtaaggcttt ... gatgttgtagGACATGGCCCTGGACAAAGCCAAGCATGGGGTTGTGATCTTAGCTACGACT
EST: gi|162169774|gb|FC345311.1|FC345311
EST:     NNNNNNNGCTGGAGAAGTGCATGGAACTGTTTCCATCAACATATGTATTG                         GACATGGCCCTGGACAAAGCCAAGCATGGGGTTGTGATTTTAGCTACGACT
genomic: AAAAAAAGCTGGAGAAGTGCATGGAACTGTTTCCATCAACATATGTATTGgtaaggcttt ... gatgttgtagGACATGGCCCTGGACAAAGCCAAGCATGGGGTTGTGATCTTAGCTACGACT
EST: gi|162154081|gb|FC330524.1|FC330524
EST:     NNNNNNNGCTGGAGAAGTGCATGGAACTGTTTCCATCAACATATGTATTG                         GACATGGCCCTGGACAAAGCCAAGCATGGGGTTGTGATCTTAGCTACGACT
genomic: AAAAAAAGCTGGAGAAGTGCATGGAACTGTTTCCATCAACATATGTATTGgtaaggcttt ... gatgttgtagGACATGGCCCTGGACAAAGCCAAGCATGGGGTTGTGATCTTAGCTACGACT
EST: gi|162152239|gb|FC328218.1|FC328218
EST:     NNNNNNNGCTGGAGAAGTGCATGGAACTGTTTCCATCAACATATGTATTG                         GACATGGCCCTGGACAAAGCCAAGCATGGGGTTGTGATCTTAGCTACGACT
genomic: AAAAAAAGCTGGAGAAGTGCATGGAACTGTTTCCATCAACATATGTATTGgtaaggcttt ... gatgttgtagGACATGGCCCTGGACAAAGCCAAGCATGGGGTTGTGATCTTAGCTACGACT
EST: gi|67726457|gb|BJ976716.1|BJ976716
EST:     NNNNNNNGCTGGAGAAGTGCATGGAACTGTTTCCATCAACATATGTATTG                         GACATGGCCCTGGACAAAGCCAAGCATGGGGTTGTGATCTTAGCTACGACT
genomic: AAAAAAAGCTGGAGAAGTGCATGGAACTGTTTCCATCAACATATGTATTGgtaaggcttt ... gatgttgtagGACATGGCCCTGGACAAAGCCAAGCATGGGGTTGTGATCTTAGCTACGACT
EST: gi|67695993|gb|BJ956226.1|BJ956226
EST:     NNNNNNNGCTGGAGAAGTGCATGGAACTGTTTCCATCAACATATGTATTG                         GACATGGCCCTGGACAAAGCCAAGCATGGGGTTGTGATCTTAGCTACGACT
genomic: AAAAAAAGCTGGAGAAGTGCATGGAACTGTTTCCATCAACATATGTATTGgtaaggcttt ... gatgttgtagGACATGGCCCTGGACAAAGCCAAGCATGGGGTTGTGATCTTAGCTACGACT
EST: gi|162186917|gb|FC362595.1|FC362595
EST:     NNNNNNNGCTGGAGAAGTGCATGGAACTGTTTCCATCAACATATGTATTG                         GACATGGCCCTGGACAAAGCCAAGCATGGGGTTGTGATCTTAGCTACGACT
genomic: AAAAAAAGCTGGAGAAGTGCATGGAACTGTTTCCATCAACATATGTATTGgtaaggcttt ... gatgttgtagGACATGGCCCTGGACAAAGCCAAGCATGGGGTTGTGATCTTAGCTACGACT
EST: gi|67700984|gb|BJ961217.1|BJ961217
EST:     TCAACATATGTATTG                         GACATGGCCCTGGACAAAGCCAAGCATGGGGTTGTGATCTTAGCTACGACT
genomic: TCAACATATGTATTGgtaaggcttt ... gatgttgtagGACATGGCCCTGGACAAAGCCAAGCATGGGGTTGTGATCTTAGCTACGACT
EST: gi|162169775|gb|FC345312.1|FC345312
EST:     NNNNNNNGCTGGAGAAGTGCATGGAACTGTTTCCATCAACATATGTATTG                         GACATGGCCCTGGACAAAGCCAAGCATGGGGTTGTGATCTTAGCTACGACT
genomic: AAAAAAAGCTGGAGAAGTGCATGGAACTGTTTCCATCAACATATGTATTGgtaaggcttt ... gatgttgtagGACATGGCCCTGGACAAAGCCAAGCATGGGGTTGTGATCTTAGCTACGACT
EST: gi|162154000|gb|FC330235.1|FC330235
EST:     NNNNNNNGCTGGAGAAGTGCATGGAACTGTTTCCATCAACATATGTATTG                         GACATGGCCCTGGACAAAGCCAAGCATGGGGTTGTGATCTTAGCTACGACT
genomic: AAAAAAAGCTGGAGAAGTGCATGGAACTGTTTCCATCAACATATGTATTGgtaaggcttt ... gatgttgtagGACATGGCCCTGGACAAAGCCAAGCATGGGGTTGTGATCTTAGCTACGACT
EST: gi|162173817|gb|FC349409.1|FC349409
EST:     NNNNNNNGCTGGAGAAGTGCATGGAACTGTTTCCATCAACATATGTATTG                         GACATGGCCCTGGACAAAGCCAAGCATGGGGTTGTGATCTTAGCTACGACT
genomic: AAAAAAAGCTGGAGAAGTGCATGGAACTGTTTCCATCAACATATGTATTGgtaaggcttt ... gatgttgtagGACATGGCCCTGGACAAAGCCAAGCATGGGGTTGTGATCTTAGCTACGACT
EST: gi|162169382|gb|FC345738.1|FC345738
EST:     NNNNNNNGCTGGAGAAGTGCATGGAACTGTTTCCATCAACATATGTATTG                         GACATGGCCCTGGACAAAGCCAAGCATGGGGTTGTGATCTTAGCTACGACT
genomic: AAAAAAAGCTGGAGAAGTGCATGGAACTGTTTCCATCAACATATGTATTGgtaaggcttt ... gatgttgtagGACATGGCCCTGGACAAAGCCAAGCATGGGGTTGTGATCTTAGCTACGACT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

gctccactttcttgtgtataatgtactgacaggtttgcacaattggatgttgtagGACATGGCCCTGGACAAAGCCAAGCATGGGGTTGTGATCTTAGCTACGACTACGTCAAAATTAATGCTGAATACACAACTTAATCGTAATGTGCTTTGAA
                       tactgac  putative branch site (score: 1)
                tataatgta  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gtaaggctttacctattttttagatcatctttgtgcttaagctccactttcttgtgtataatgtactgacaggtttgcacaattggatgttgtagGACATGGCCCTGGACAAAGCCAAGCATGGGGTTGTGATCTTAGCTACGACTACGTCAAAATTAATGCTGAATACACAACTTAATCGTAATGTGCTTTGAA

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ATGCTG