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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtggatttttattacttttctggactcctgcaatgcccttcatgacaagcgaaattgtgaaagcattctttcgtatgtttttcactaactcggtttgctagctgtatcacactccagtttattccctgtcaaatggatccatttgacatttagatcattcagcctgaaaccgtgataattctttctagGGCATACGAGGAGCAGTGGTAGAATTACTTCATCCACTGGTATCCGTCCATGCAGAG

Basic information

species Physcomitrella patens
transcript PP1S41_289V6.1
intron # 17
splice site 3'
intron type U2


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tggatccatttgacatttagatcattcagcctgaaaccgtgataattctttctagGGCATACGAGGAGCAGTGGTAGAATTACTTCATCCACTGGTATCCGTCCATGCAGAG
       atttgac  putative branch site (score: 4)
                                             ttctttct  putative PPT
                                         ataattcttt  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
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gtggatttttattacttttctggactcctgcaatgcccttcatgacaagcgaaattgtgaaagcattctttcgtatgtttttcactaactcggtttgctagctgtatcacactccagtttattccctgtcaaatggatccatttgacatttagatcattcagcctgaaaccgtgataattctttctagGGCATACGAGGAGCAGTGGTAGAATTACTTCATCCACTGGTATCCGTCCATGCAGAG

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