Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...ctgtggtttgaagcggtagtgtcttgggtgaattgggttgaccccctcttttgacgtgaccatcttctaacatcgtattgttaattggatggtgccacagGGAGTACACGTAATGGATTATTCTCTGCTTGTTGGTGTGGATGAAGAGCGACAAGAGTTAGTACTAGGTATAATTGATTTTATTCGCCAATATACGTGGG

Basic information

species Physcomitrella patens
transcript PP1S36_196V6.1
intron # 17
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|162211866|gb|FC387738.1|FC387738
EST:     CTAAGCGTTTGCTTGAAAGGGCTGTTTGGAATGACACAGCTTTCCTTGCG                         GGAGTACACGTAATGGATTATTCTCTGCTTGTTGGTGTGGATGAAGAGCGA
genomic: CTAAGCGTTTGCTTGAAAGGGCTGTTTGGAATGACACAGCTTTCCTTGCGgtgagtaatg ... ggtgccacagGGAGTACACGTAATGGATTATTCTCTGCTTGTTGGTGTGGATGAAGAGCGA
EST: gi|162158113|gb|FC333908.1|FC333908
EST:     CTAAGCGTTTGCTTGAAAGGGCTGTTTGGAATGACACAGCTTTCCTTGCG                         GGAGTACACGTAATGGATTATTCTCTGCTTGTTGGTGTGGATGAAGAGCGA
genomic: CTAAGCGTTTGCTTGAAAGGGCTGTTTGGAATGACACAGCTTTCCTTGCGgtgagtaatg ... ggtgccacagGGAGTACACGTAATGGATTATTCTCTGCTTGTTGGTGTGGATGAAGAGCGA
EST: gi|162158112|gb|FC333907.1|FC333907
EST:     CTAAGCGTTTGCTTGAAAGGGCTGTTTGGAATGACACAGCTTTCCTTGCG                         GGAGTACACGTAATGGATTATTCTCTGCTTGTTGGTGTGGATGAAGAGCGA
genomic: CTAAGCGTTTGCTTGAAAGGGCTGTTTGGAATGACACAGCTTTCCTTGCGgtgagtaatg ... ggtgccacagGGAGTACACGTAATGGATTATTCTCTGCTTGTTGGTGTGGATGAAGAGCGA
EST: gi|162211867|gb|FC387739.1|FC387739
EST:     CTAAGCGTTTGCTTGAAAGGGCTGTTTGGAATGACACAGCTTTCCTTGCG                         GGAGTACACGTAATGGATTATTCTCTGCTTGTTGGTGTGGATGAAGAGCGA
genomic: CTAAGCGTTTGCTTGAAAGGGCTGTTTGGAATGACACAGCTTTCCTTGCGgtgagtaatg ... ggtgccacagGGAGTACACGTAATGGATTATTCTCTGCTTGTTGGTGTGGATGAAGAGCGA
EST: gi|100452641|gb|CJ975371.1|CJ975371
EST:     CTAAGCGTTTGCTTGAAAGGGCTGTTTGGAATGACACAGCTTTCCTTGCG                         GGAGTACACGTAATGGATTATTCTCTGCTTGTTGGTGTGGATGAAGAGCGA
genomic: CTAAGCGTTTGCTTGAAAGGGCTGTTTGGAATGACACAGCTTTCCTTGCGgtgagtaatg ... ggtgccacagGGAGTACACGTAATGGATTATTCTCTGCTTGTTGGTGTGGATGAAGAGCGA


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ctcttttgacgtgaccatcttctaacatcgtattgttaattggatggtgccacagGGAGTACACGTAATGGATTATTCTCTGCTTGTTGGTGTGGATGAAGAGCGACAAGAGTTAGTACTAGGTATAATTGATTTTATTCGCCAATATACGTGGG
                              tattgttaatt  TA-rich tract