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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...tcaattcaacatcctgatgactccaggtttttgttttacttctcatcaacacataaccatctcttgccatgtttctgactgttaactattggttgaacagCCCCAGCGATATAGCTTACGTCTTTTCAGGATATGCTCCATTAAGCATCCGCCTTGTGCAGTGGGCCCTTAGGGGTGAATG

Basic information

species Physcomitrella patens
transcript PP1S26_105V6.1
intron # 17
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|37827983|gb|BJ585995.1|BJ585995
EST:     AGAAAATGATGACATCAN                         CCCCAGCGATATAGCTTACGTCTTTTCAGGATATGCTCCATTAAGCATCCG
genomic: AGAAAATGATGACATCAAgtgagtcttc ... ggttgaacagCCCCAGCGATATAGCTTACGTCTTTTCAGGATATGCTCCATTAAGCATCCG






















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tcaacacataaccatctcttgccatgtttctgactgttaactattggttgaacagCCCCAGCGATATAGCTTACGTCTTTTCAGGATATGCTCCATTAAGCATCCGCCTTGTGCAGTGGGCCCTTAGGGGTGAATG
                                  tgttaac  putative branch site (score: 2)
                                    ttaactatt  TA-rich tract