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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtatcaacgtgcaaccttgcaatcatacactttgcagtatcgctcgcttgacgcggtgacttgtatcctatgacagtattattgtctatccagtgttgaatagttttacttaccaagaccttatgtgccagGTGCGCATCATTGCAGCACAAGCTCTTGTAACTGTAGCGATCAGATCTGGTGAACCATATAGGATTCAGATCTACGAGTTTATGCATACCCTTGCTCAGG

Basic information

species Physcomitrella patens
transcript PP1S206_101V6.1
intron # 17
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|162190583|gb|FC366221.1|FC366221
EST:     CAGGAGCTATTACTCGTCTTCAACGATGTGCTATCAGTGGCAGCTGGGAG                         GTGCGCATCATTGCAGCACAAGCTCTTGTAACTGTAGCGATCAGATCTGGT
genomic: CAGGAGCTATTACTCGTCTTCAACGATGTGCTATCAGTGGCAGCTGGGAGgtatcaacgt ... tatgtgccagGTGCGCATCATTGCAGCACAAGCTCTTGTAACTGTAGCGATCAGATCTGGT
EST: gi|162271613|gb|FC447498.1|FC447498
EST:     CAGGAGCTATTACTCGTCTTCAACGATGTGCTATCAGTGGCAGCTGGGAG                         GTGCGCATCATTGCAGCACAAGCTCTTGTAACTGTAGCGATCAGATCTGGT
genomic: CAGGAGCTATTACTCGTCTTCAACGATGTGCTATCAGTGGCAGCTGGGAGgtatcaacgt ... tatgtgccagGTGCGCATCATTGCAGCACAAGCTCTTGTAACTGTAGCGATCAGATCTGGT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tattattgtctatccagtgttgaatagttttacttaccaagaccttatgtgccagGTGCGCATCATTGCAGCACAAGCTCTTGTAACTGTAGCGATCAGATCTGGTGAACCATATAGGATTCAGATCTACGAGTTTATGCATACCCTTGCTCAGG
                              tacttac  putative branch site (score: 1)
                      aatagttttactta  TA-rich tract