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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...acgtggaaagtatagttgtcttgtaatctggtggttggtggttgtgtttgtagctgggaagtgacatctttgcgtctaatttttttttcgtaccttgcagCCAAAATACCTGGAAATCTTAATGCATCCGTTGATTTCTAAGTGGCAGCAACTGCCAGACACAGATAGAGACCTGTTTCCCCTGCTTGAATGTTTTACTT

Basic information

species Physcomitrella patens
transcript PP1S41_175V6.1
intron # 16
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|162153623|gb|FC330172.1|FC330172
EST:     ATGACGCAATCGGTACTTTAGCAGATGCTGTCGGCAGTGAGCTTAATGAT                         CCAAAATACCTGGAAATCTTAATGCATCCGTTGATTTCTAAGTGGCAGCAA
genomic: ATGACGCAATCGGTACTTTAGCAGATGCTGTCGGCAGTGAGCTTAATGATgtacgtaact ... taccttgcagCCAAAATACCTGGAAATCTTAATGCATCCGTTGATTTCTAAGTGGCAGCAA






















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

gtttgtagctgggaagtgacatctttgcgtctaatttttttttcgtaccttgcagCCAAAATACCTGGAAATCTTAATGCATCCGTTGATTTCTAAGTGGCAGCAACTGCCAGACACAGATAGAGACCTGTTTCCCCTGCTTGAATGTTTTACTT
                            gtctaat  putative branch site (score: 3)
                                  tttttttttcgtacct  CT-rich tract
                               taatttttttttcgta  TA-rich tract