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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtagatgattgtatctcaattttgaattgtggtagatccttcttatctatacaagttggttcttaatggtacgatatttgttatatttgatttacagGCTGCACCGAGAGTTTCAGCTGCAGCTCCAGAGAAGGCCACTACTTCCAGTGAGTTTTCGTATACCAAAAAAG

Basic information

species Physcomitrella patens
transcript PP1S187_100V6.2
intron # 16
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|162257800|gb|FC433998.1|FC433998
EST:     TACTGCCCATGAACAG                         GCTGCACCGAGAGTTTCAGCTGCAGCTCCAGAGAAGGCCACTACTTCCAGT
genomic: TACTGCCCATGAACAGgtagatgatt ... tgatttacagGCTGCACCGAGAGTTTCAGCTGCAGCTCCAGAGAAGGCCACTACTTCCAGT






















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ttatctatacaagttggttcttaatggtacgatatttgttatatttgatttacagGCTGCACCGAGAGTTTCAGCTGCAGCTCCAGAGAAGGCCACTACTTCCAGTGAGTTTTCGTATACCAAAAAAG
                               atatttgttatatttg  TA-rich tract