Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...tgacgctttttaccgtctgatttggaagtaatcacttgttgcatcatgttgtaggccatttttgttttacatacatcatgtgatcatatttttgtggcagGTGCTGTGGGTGCACAATGGTTGGGAGCGTTCAAGTCCTATATTGAGGACCCTGTTACTCTTATGCTGTGAGGATGCTCCTATTACTATATTCTGTCAGC

Basic information

species Physcomitrella patens
transcript PP1S78_56V6.2
intron # 15
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|208389144|gb|DC945720.1|DC945720
EST:     CGGCACTTTTATGACTGTTACAATGAGCTGTGATCATCGTGTTATTGATG                         GTGCTGTGGGTGCACAATGGTTGGGAGCGTTCAAGTCCTATATTGAGGACC
genomic: CGGCACTTTTATGACTGTTACAATGAGCTGTGATCATCGTGTTATTGATGgtaagttccg ... tttgtggcagGTGCTGTGGGTGCACAATGGTTGGGAGCGTTCAAGTCCTATATTGAGGACC
EST: gi|208372298|gb|DC948487.1|DC948487
EST:     CGGCACTTTTATGACTGTTACAATGAGCTGTGATCATCGTGTTATTGATG                         GTGCTGTGGGTGCACAATGGTTGGGAGCGTTCAAGTCCTATATTGAGGACC
genomic: CGGCACTTTTATGACTGTTACAATGAGCTGTGATCATCGTGTTATTGATGgtaagttccg ... tttgtggcagGTGCTGTGGGTGCACAATGGTTGGGAGCGTTCAAGTCCTATATTGAGGACC
EST: gi|208363391|gb|DC946989.1|DC946989
EST:     CGGCACTTTTATGACTGTTACAATGAGCTGTGATCATCGTGTTATTGATG                         GTGCTGTGGGTGCACAATGGTTGGGAGCGTTCAAGTCCTATATTGAGGACC
genomic: CGGCACTTTTATGACTGTTACAATGAGCTGTGATCATCGTGTTATTGATGgtaagttccg ... tttgtggcagGTGCTGTGGGTGCACAATGGTTGGGAGCGTTCAAGTCCTATATTGAGGACC
EST: gi|67696740|gb|BJ956973.1|BJ956973
EST:     CGGCACTTTTATGACTGTTACAATGAGCTGTGATCATCGTGTTATTGATG                         GTGCTGTGGGTGCACAATGGTTGGGAGCGTTCAAGTCCTATATTGAGGACC
genomic: CGGCACTTTTATGACTGTTACAATGAGCTGTGATCATCGTGTTATTGATGgtaagttccg ... tttgtggcagGTGCTGTGGGTGCACAATGGTTGGGAGCGTTCAAGTCCTATATTGAGGACC
EST: gi|208374118|gb|DC952549.1|DC952549
EST:     CGGCACTTTTATGACTGTTACAATGAGCTGTGATCATCGTGTTATTGATG                         GTGCTGTGGGTGCACAATGGTTGGGAGCGTTCAAGTCCTATATTGAGGACC
genomic: CGGCACTTTTATGACTGTTACAATGAGCTGTGATCATCGTGTTATTGATGgtaagttccg ... tttgtggcagGTGCTGTGGGTGCACAATGGTTGGGAGCGTTCAAGTCCTATATTGAGGACC
EST: gi|162183543|gb|FC359017.1|FC359017
EST:     TGAGCTGTGATCATCGTGTTATTGATG                         GTGCTGTGGGTGCACAATGGTTGGGAGCGTTCAAGTCCTATATTGAGGACC
genomic: TGAGCTGTGATCATCGTGTTATTGATGgtaagttccg ... tttgtggcagGTGCTGTGGGTGCACAATGGTTGGGAGCGTTCAAGTCCTATATTGAGGACC
EST: gi|162172597|gb|FC349370.1|FC349370
EST:     CGGCACTTTTATGACTGTTACAATGAGCTGTGATCATCGTGTTATTGATG                         GTGCTGTGGGTGCACAATGGTTGGGAGCGTTCAAGTCCTATATTGAGGACC
genomic: CGGCACTTTTATGACTGTTACAATGAGCTGTGATCATCGTGTTATTGATGgtaagttccg ... tttgtggcagGTGCTGTGGGTGCACAATGGTTGGGAGCGTTCAAGTCCTATATTGAGGACC
EST: gi|67695414|gb|BJ955647.1|BJ955647
EST:     CGGCACTTTTATGACTGTTACAATGAGCTGTGATCATCGTGTTATTGATG                         GTGCTGTGGGTGCACAATGGTTGGGAGCGTTCAAGTCCTATATTGAGGACC
genomic: CGGCACTTTTATGACTGTTACAATGAGCTGTGATCATCGTGTTATTGATGgtaagttccg ... tttgtggcagGTGCTGTGGGTGCACAATGGTTGGGAGCGTTCAAGTCCTATATTGAGGACC
EST: gi|208370468|gb|DC952171.1|DC952171
EST:     CGGCACTTTTATGACTGTTACAATGAGCTGTGATCATCGTGTTATTGATG                         GTGCTGTGGGTGCACAATGGTTGGGAGCGTTCAAGTCCTATATTGAGGACC
genomic: CGGCACTTTTATGACTGTTACAATGAGCTGTGATCATCGTGTTATTGATGgtaagttccg ... tttgtggcagGTGCTGTGGGTGCACAATGGTTGGGAGCGTTCAAGTCCTATATTGAGGACC
EST: gi|208385745|gb|DC952906.1|DC952906
EST:     CGGCACTTTTATGACTGTTACAATGAGCTGTGATCATCGTGTTATTGATG                         GTGCTGTGGGTGCACAATGGTTGGGAGCGTTCAAGTCCTATATTGAGGACC
genomic: CGGCACTTTTATGACTGTTACAATGAGCTGTGATCATCGTGTTATTGATGgtaagttccg ... tttgtggcagGTGCTGTGGGTGCACAATGGTTGGGAGCGTTCAAGTCCTATATTGAGGACC
EST: gi|15327043|gb|BI487519.1|BI487519
EST:     CGGCACTTTTATGACTGTTACAATGAGCTGTGATCATCGTGTTATTGATG                         GTGCTGTGGGTGCACAATGGTTGGGAGCGTTCAAGTCCTATATTGAGGACC
genomic: CGGCACTTTTATGACTGTTACAATGAGCTGTGATCATCGTGTTATTGATGgtaagttccg ... tttgtggcagGTGCTGTGGGTGCACAATGGTTGGGAGCGTTCAAGTCCTATATTGAGGACC
EST: gi|67693244|gb|BJ953477.1|BJ953477
EST:     CGGCACTTTTATGACTGTTACAATGAGCTGTGATCATCGTGTTATTGATG                         GTGCTGTGGGTGCACAATGGTTGGGAGCGTTCAAGTCCTATATTGAGGACC
genomic: CGGCACTTTTATGACTGTTACAATGAGCTGTGATCATCGTGTTATTGATGgtaagttccg ... tttgtggcagGTGCTGTGGGTGCACAATGGTTGGGAGCGTTCAAGTCCTATATTGAGGACC
EST: gi|67698433|gb|BJ958666.1|BJ958666
EST:     CGGCACTTTTATGACTGTTACAATGAGCTGTGATCATCGTGTTATTGATG                         GTGCTGTGGGTGCACAATGGTTGGGAGCGTTCAAGTCCTATATTGAGGACC
genomic: CGGCACTTTTATGACTGTTACAATGAGCTGTGATCATCGTGTTATTGATGgtaagttccg ... tttgtggcagGTGCTGTGGGTGCACAATGGTTGGGAGCGTTCAAGTCCTATATTGAGGACC


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

atgttgtaggccatttttgttttacatacatcatgtgatcatatttttgtggcagGTGCTGTGGGTGCACAATGGTTGGGAGCGTTCAAGTCCTATATTGAGGACCCTGTTACTCTTATGCTGTGAGGATGCTCCTATTACTATATTCTGTCAGC
                                         tattttt  CT-rich tract
            atttttgttttacata  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
tgacgctttttaccgtctgatttggaagtaatcacttgttgcatcatgttgtaggccatttttgttttacatacatcatgtgatcatatttttgtggcagGTGCTGTGGGTGCACAATGGTTGGGAGCGTTCAAGTCCTATATTGAGGACCCTGTTACTCTTATGCTGTGAGGATGCTCCTATTACTATATTCTGTCAGC

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ATGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GAGGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGGATG