Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtagggatgatgaacttggaatgcacgtttgtctattaccatttaataaatcatgcaactttaatgatttccgcatttttagtagtgagctaacttcatgtcggttaaattaatgatagaacttccctctgttattggccttcagcattttatgtaatcttgcctaggttgttgacattctgttttgcattgaacagGTACCACTTACGAGATCAGGATGGTAATATTTTTAAGGAACAGAAGGGGGTGGTCAGAACTAATTGTATTGATTGTTTGGACCGTACCAATGTTACACAG

Basic information

species Physcomitrella patens
transcript PP1S55_207V6.2
intron # 15
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|162194974|gb|FC370586.1|FC370586
EST:     CGCCTGTCTATTTTATACAATCAAATTCTAGAGGATTTGACGAAACACGG                         GTACCACTTACGAGATCAGGATGGTAATATTTTTAAGGAACAGAAGGGGGT
genomic: CGCCTGTCTATTTTATACAATCAAATTCTAGAGGATTTGACGAAACACGGgtagggatga ... cattgaacagGTACCACTTACGAGATCAGGATGGTAATATTTTTAAGGAACAGAAGGGGGT






















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

cagcattttatgtaatcttgcctaggttgttgacattctgttttgcattgaacagGTACCACTTACGAGATCAGGATGGTAATATTTTTAAGGAACAGAAGGGGGTGGTCAGAACTAATTGTATTGATTGTTTGGACCGTACCAATGTTACACAG
                           tgttgac  putative branch site (score: 3)
     ttttatgtaatctt  TA-rich tract