Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gttagattttctctatttctaattgttgagttcattatttgacttttaccgaaatgattgacaagtaatttccaccttcgaatttgctctgatttaccactcttgggcacggacagAATGTGGACTCCGATGATGCAAAGAAACTCATGGCTCATCTTGTTGATCTCCAATCAAAGCTTGGCGATGTGAACAA

Basic information

species Physcomitrella patens
transcript PP1S4_12V6.2
intron # 15
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|37829340|gb|BJ587352.1|BJ587352
EST:     AACACTGGAACACTTATGGTCGTCATTATTATACACGTTACGACTATGAG                         AATGTGGACTCCGATGATGCAAAGAAACTCATGGCTCATCTTGTTGATCTC
genomic: AACACTGGAACACTTATGGTCGTCATTATTATACACGTTACGACTATGAGgttagatttt ... gcacggacagAATGTGGACTCCGATGATGCAAAGAAACTCATGGCTCATCTTGTTGATCTC
EST: gi|18341150|gb|BJ173183.1|BJ173183
EST:     TGGAACACTTATGGTCGTCATTATTATACACGTTACGACTATGAG                         AATGTGGACTCCGATGATGCAAAGAAACTCATGGCTCATCTTGTTGATCTC
genomic: TGGAACACTTATGGTCGTCATTATTATACACGTTACGACTATGAGgttagatttt ... gcacggacagAATGTGGACTCCGATGATGCAAAGAAACTCATGGCTCATCTTGTTGATCTC
EST: gi|18338573|gb|BJ170597.1|BJ170597
EST:     AACACTGGAACACTTATGGTCGTCATTATTATACACGTTACGACTATGAG                         AATGTGGACTCCGATGATGCAAAGAAACTCATGGCTCATCTTGTTGATCTC
genomic: AACACTGGAACACTTATGGTCGTCATTATTATACACGTTACGACTATGAGgttagatttt ... gcacggacagAATGTGGACTCCGATGATGCAAAGAAACTCATGGCTCATCTTGTTGATCTC
EST: gi|162184967|gb|FC362413.1|FC362413
EST:     AACACTGGAACACTTATGGTCGTCATTATTATACACGTTACGACTATGAG                         AATGTGGACTCCGATGATGCAAAGAAACTCATGGCTCATCTTGTTGATCTC
genomic: AACACTGGAACACTTATGGTCGTCATTATTATACACGTTACGACTATGAGgttagatttt ... gcacggacagAATGTGGACTCCGATGATGCAAAGAAACTCATGGCTCATCTTGTTGATCTC
EST: gi|162187300|gb|FC363458.1|FC363458
EST:     AACACTGGAACACTTATGGTCGTCATTATTATACACGTTACGACTATGAG                         AATGTGGACTCCGATGATGCAAAGAAACTCATGGCTCATCTTGTTGATCTC
genomic: AACACTGGAACACTTATGGTCGTCATTATTATACACGTTACGACTATGAGgttagatttt ... gcacggacagAATGTGGACTCCGATGATGCAAAGAAACTCATGGCTCATCTTGTTGATCTC
EST: gi|162184968|gb|FC362414.1|FC362414
EST:     AACACTGGAACACTTATGGTCGTCATTATTATACACGTTACGACTATGAG                         AATGTGGACTCCGATGATGCAAAGAAACTCATGGCTCATCTTGTTGATCTC
genomic: AACACTGGAACACTTATGGTCGTCATTATTATACACGTTACGACTATGAGgttagatttt ... gcacggacagAATGTGGACTCCGATGATGCAAAGAAACTCATGGCTCATCTTGTTGATCTC
EST: gi|208382001|gb|DC923846.1|DC923846
EST:     AACACTGGAACACTTATGGTCGTCATTATTATACACGTTACGACTATGAG                         AATGTGGACTCCGATGATGCAAAGAAACTCATGGCTCATCTTGTTGATCTC
genomic: AACACTGGAACACTTATGGTCGTCATTATTATACACGTTACGACTATGAGgttagatttt ... gcacggacagAATGTGGACTCCGATGATGCAAAGAAACTCATGGCTCATCTTGTTGATCTC
EST: gi|162206764|gb|FC383237.1|FC383237
EST:     AACACTGGAACACTTATGGTCGTCATTATTATACACGTTACGACTATGAG                         AATGTGGACTCCGATGATGCAAAGAAACTCATGGCTCATCTTGTTGATCTC
genomic: AACACTGGAACACTTATGGTCGTCATTATTATACACGTTACGACTATGAGgttagatttt ... gcacggacagAATGTGGACTCCGATGATGCAAAGAAACTCATGGCTCATCTTGTTGATCTC
EST: gi|67725611|gb|BJ975870.1|BJ975870
EST:     AACACTGGAACACTTATGGTCGTCATTATTATACACGTTACGACTATGAG                         AATGTGGACTCCGATGATGCAAAGAAACTCATGGCTCATCTTGTTGATCTC
genomic: AACACTGGAACACTTATGGTCGTCATTATTATACACGTTACGACTATGAGgttagatttt ... gcacggacagAATGTGGACTCCGATGATGCAAAGAAACTCATGGCTCATCTTGTTGATCTC
EST: gi|162206765|gb|FC383238.1|FC383238
EST:     AACACTGGAACACTTATGGTCGTCATTATTATACACGTTACGACTATGAG                         AATGTGGACTCCGATGATGCAAAGAAACTCATGGCTCATCTTGTTGATCTC
genomic: AACACTGGAACACTTATGGTCGTCATTATTATACACGTTACGACTATGAGgttagatttt ... gcacggacagAATGTGGACTCCGATGATGCAAAGAAACTCATGGCTCATCTTGTTGATCTC
EST: gi|37850179|gb|BJ608187.1|BJ608187
EST:     TGGTCGTCATTATTATACACGTTACGACTATGAG                         AATGTGGACTCCGATGATGCAAAGAAACTCATGGCTCATCTTGTTGATCTC
genomic: TGGTCGTCATTATTATACACGTTACGACTATGAGgttagatttt ... gcacggacagAATGTGGACTCCGATGATGCAAAGAAACTCATGGCTCATCTTGTTGATCTC
EST: gi|162257952|gb|FC433838.1|FC433838
EST:     AACACTGGAACACTTATGGTCGTCATTATTATACACGTTACGACTATGAG                         AATGTGGACTCCGATGATGCAAAGAAACTCATGGCTCATCTTGTTGATCTC
genomic: AACACTGGAACACTTATGGTCGTCATTATTATACACGTTACGACTATGAGgttagatttt ... gcacggacagAATGTGGACTCCGATGATGCAAAGAAACTCATGGCTCATCTTGTTGATCTC
EST: gi|162178864|gb|FC354796.1|FC354796
EST:     TATGGTCGTCATTATTATACACGTTACGACTATGAG                         AATGTGGACTCCGATGATGCAAAGAAACTCATGGCTCATCTTGTTGATCTC
genomic: TATGGTCGTCATTATTATACACGTTACGACTATGAGgttagatttt ... gcacggacagAATGTGGACTCCGATGATGCAAAGAAACTCATGGCTCATCTTGTTGATCTC
EST: gi|100406742|gb|BY955714.1|BY955714
EST:     AACACTGGAACACTTATGGTCGTCATTATTATACACGTTACGACTATGAG                         AATGTGGACTCCGATGATGCAAAGAAACTCATGGCTCATNCT-GTTGATCT
genomic: AACACTGGAACACTTATGGTCGTCATTATTATACACGTTACGACTATGAGgttagatttt ... gcacggacagAATGTGGACTCCGATGATGCAAAGAAACTCATGGCTCAT-CTTGTTGATCT
EST: gi|37828076|gb|BJ586088.1|BJ586088
EST:     AACACTGGAACACTTATGGTCGTCATTATTATACACGTTACGACTATGAG                         AATGTGGACTCCGATGATGCAAAGAAACTCATGGCTCATCTTGTTGATCTC
genomic: AACACTGGAACACTTATGGTCGTCATTATTATACACGTTACGACTATGAGgttagatttt ... gcacggacagAATGTGGACTCCGATGATGCAAAGAAACTCATGGCTCATCTTGTTGATCTC
EST: gi|162159186|gb|FC334357.1|FC334357
EST:     AACACTGGAACACTTATGGTCGTCATTATTATACACGTTACGACTATGAG                         AATGTGGACTCCGATGATGCAAAGAAACTCATGGCTCATCTTGTTGATCTC
genomic: AACACTGGAACACTTATGGTCGTCATTATTATACACGTTACGACTATGAGgttagatttt ... gcacggacagAATGTGGACTCCGATGATGCAAAGAAACTCATGGCTCATCTTGTTGATCTC
EST: gi|162196533|gb|FC374420.1|FC374420
EST:     AACACTGGAACACTTATGGTCGTCATTATTATACACGTTACGACTATGAG                         AATGTGGACTCCGATGATGCAAAGAAACTCATGGCTCATCTTGTTGATCTC
genomic: AACACTGGAACACTTATGGTCGTCATTATTATACACGTTACGACTATGAGgttagatttt ... gcacggacagAATGTGGACTCCGATGATGCAAAGAAACTCATGGCTCATCTTGTTGATCTC
EST: gi|162185023|gb|FC362469.1|FC362469
EST:     GGTCGTCATTATTATACACGTTACGACTATGAG                         AATGTGGACTCCGATGATGCAAAGAAACTCATGGCTCATCTTGTTGATCTC
genomic: GGTCGTCATTATTATACACGTTACGACTATGAGgttagatttt ... gcacggacagAATGTGGACTCCGATGATGCAAAGAAACTCATGGCTCATCTTGTTGATCTC
EST: gi|67693718|gb|BJ953951.1|BJ953951
EST:     AACACTGGAACACTTATGGTCGTCATTATTATACACGTTACGACTATGAG                         AATGTGGACTCCGATGATGCAAAGAAACTCATGGCTCATCTTGTTGATCTC
genomic: AACACTGGAACACTTATGGTCGTCATTATTATACACGTTACGACTATGAGgttagatttt ... gcacggacagAATGTGGACTCCGATGATGCAAAGAAACTCATGGCTCATCTTGTTGATCTC
EST: gi|162187301|gb|FC363459.1|FC363459
EST:     AACACTGGAACACTTATGGTCGTCATTATTATACACGTTACGACTATGAG                         AATGTGGACTCCGATGATGCAAAGAAACTCATGGCTCATCTTGTTGATCTC
genomic: AACACTGGAACACTTATGGTCGTCATTATTATACACGTTACGACTATGAGgttagatttt ... gcacggacagAATGTGGACTCCGATGATGCAAAGAAACTCATGGCTCATCTTGTTGATCTC
EST: gi|67727198|gb|BJ977457.1|BJ977457
EST:     ATGGTCGTCATTATTATNCACGTTACGACTATGAG                         AATGTGGACTCCGATGATGCAAAGAAACTCATGGCTCATCTTGTTGATCTC
genomic: ATGGTCGTCATTATTATACACGTTACGACTATGAGgttagatttt ... gcacggacagAATGTGGACTCCGATGATGCAAAGAAACTCATGGCTCATCTTGTTGATCTC
EST: gi|67695071|gb|BJ955304.1|BJ955304
EST:     AACACTGGAACACTTATGGTCGTCATTATTATACACGTTACGACTATGAG                         AATGTGGACTCCGATGATGCAAAGAAACTCATGGCTCATCTTGTTGATCTC
genomic: AACACTGGAACACTTATGGTCGTCATTATTATACACGTTACGACTATGAGgttagatttt ... gcacggacagAATGTGGACTCCGATGATGCAAAGAAACTCATGGCTCATCTTGTTGATCTC


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

caagtaatttccaccttcgaatttgctctgatttaccactcttgggcacggacagAATGTGGACTCCGATGATGCAAAGAAACTCATGGCTCATCTTGTTGATCTCCAATCAAAGCTTGGCGATGTGAACAA
                         ctctgat  putative branch site (score: 4)
                            tgattta  TA-rich tract