Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gttagattttctctatttctaattgttgagttcattatttgacttttaccgaaatgattgacaagtaatttccaccttcgaatttgctctgatttaccactcttgggcacggacagAATGTGGACTCCGATGATGCAAAGAAACTCATGGCTCATCTTGTTGATCTCCAATCAAAGCTTGGCGATGTGAACAA

Basic information

species Physcomitrella patens
transcript PP1S4_12V6.1
intron # 15
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|100406742|gb|BY955714.1|BY955714
EST:     AACACTGGAACACTTATGGTCGTCATTATTATACACGTTACGACTATGAG                         AATGTGGACTCCGATGATGCAAAGAAACTCATGGCTCATNCT-GTTGATCT
genomic: AACACTGGAACACTTATGGTCGTCATTATTATACACGTTACGACTATGAGgttagatttt ... gcacggacagAATGTGGACTCCGATGATGCAAAGAAACTCATGGCTCAT-CTTGTTGATCT






















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

caagtaatttccaccttcgaatttgctctgatttaccactcttgggcacggacagAATGTGGACTCCGATGATGCAAAGAAACTCATGGCTCATCTTGTTGATCTCCAATCAAAGCTTGGCGATGTGAACAA
                         ctctgat  putative branch site (score: 4)
                            tgattta  TA-rich tract