1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' | 12 5' 3' | 13 5' 3' | 14 5' 3' | 15 5' 3' |
gtaagtaaacatttcgtctgtacaattttttctaaatatttcactgacctggtgatgatatatcattaaagatgttaatttagaagcttatctgtatatctcgtttttcaaacatctaaaatgtccaaactttgtgctgcttgctgcttgtttctgttcaacgcaagagctaatttcaggcatattattaattgcagGGTCGGAGATCCTTTTAAGGATACTGCTGGTCCTTCTCTTCACGTGCTCATTAAGATGCTTGCTACTATCACATTGGTCATGGCACCACTCTTTCTGGAC
species | Physcomitrella patens |
transcript | PP1S28_200V6.1 |
intron # | 15 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: TATGGAGGGAAGGGTAGCGATGCTCACAAAGCAGCAGTTACTGGTGATAC GGTCGGAGATCCTTTTAAGGATACTGCTGGTCCTTCTCTTCACGTGCTCATEST: gi|37838818|gb|BJ596826.1|BJ596826
genomic: TATGGAGGGAAGGGTAGCGATGCTCACAAAGCAGCAGTTACTGGTGATACgtaagtaaac ... ttaattgcagGGTCGGAGATCCTTTTAAGGATACTGCTGGTCCTTCTCTTCACGTGCTCAT
EST: TATGGAGGGAAGGGTAGCGATGCTCACAAAGCAGCAGTTACTGGTGATAC GGTCGGAGATCCTTTTAAGGATACTGCTGGTCCTTCTCTTCACGTGCTCATEST: gi|162252044|gb|FC428283.1|FC428283
genomic: TATGGAGGGAAGGGTAGCGATGCTCACAAAGCAGCAGTTACTGGTGATACgtaagtaaac ... ttaattgcagGGTCGGAGATCCTTTTAAGGATACTGCTGGTCCTTCTCTTCACGTGCTCAT
EST: TATGGAGGGAAGGGTAGCGATGCTCACAAAGCAGCAGTTACTGGTGATAC GGTCGGAGATCCTTTTAAGGATACTGCTGGTCCTTCTCTTCACGTGCTCATEST: gi|37836235|gb|BJ594243.1|BJ594243
genomic: TATGGAGGGAAGGGTAGCGATGCTCACAAAGCAGCAGTTACTGGTGATACgtaagtaaac ... ttaattgcagGGTCGGAGATCCTTTTAAGGATACTGCTGGTCCTTCTCTTCACGTGCTCAT
EST: TATGGAGGGAAGGGTAGCGATGCTCACAAAGCAGCAGTTACTGGTGATAC GGTCGGAGATCCTTTTAAGGATACTGCTGGTCCTTCTCTTCACGTGCTCATEST: gi|37852859|gb|BJ610867.1|BJ610867
genomic: TATGGAGGGAAGGGTAGCGATGCTCACAAAGCAGCAGTTACTGGTGATACgtaagtaaac ... ttaattgcagGGTCGGAGATCCTTTTAAGGATACTGCTGGTCCTTCTCTTCACGTGCTCAT
EST: TATGGAGGGAAGGGTAGCGATGCTCACAAAGCAGCAGTTACTGGTGATAC GGTCGGAGATCCTTTTAAGGATACTGCTGGTCCTTCTCTTCACGTGCTCATEST: gi|37852045|gb|BJ610053.1|BJ610053
genomic: TATGGAGGGAAGGGTAGCGATGCTCACAAAGCAGCAGTTACTGGTGATACgtaagtaaac ... ttaattgcagGGTCGGAGATCCTTTTAAGGATACTGCTGGTCCTTCTCTTCACGTGCTCAT
EST: TATGGAGGGAAGGGTAGCGATGCTCACAAAGCAGCAGTTACTGGTGATAC GGTCGGAGATCCTTTTAAGGATACTGCTGGTCCTTCTCTTCACGTGCTCATEST: gi|37848728|gb|BJ606736.1|BJ606736
genomic: TATGGAGGGAAGGGTAGCGATGCTCACAAAGCAGCAGTTACTGGTGATACgtaagtaaac ... ttaattgcagGGTCGGAGATCCTTTTAAGGATACTGCTGGTCCTTCTCTTCACGTGCTCAT
EST: TATGGAGGGAAGGGTAGCGATGCTCACAAAGCAGCAGTTACTGGTGATAC GGTCGGAGATCCTTTTAAGGATACTGCTGGTCCTTCTCTTCACGTGCTCATEST: gi|37833703|gb|BJ591715.1|BJ591715
genomic: TATGGAGGGAAGGGTAGCGATGCTCACAAAGCAGCAGTTACTGGTGATACgtaagtaaac ... ttaattgcagGGTCGGAGATCCTTTTAAGGATACTGCTGGTCCTTCTCTTCACGTGCTCAT
EST: TATGGAGGGAAGGGTAGCGATGCTCACAAAGCAGCAGTTACTGGTGATAC GGTCGGAGATCCTTTTAAGGATACTGCTGGTCCTTCTCTTCACGTGCTCATEST: gi|37838853|gb|BJ596861.1|BJ596861
genomic: TATGGAGGGAAGGGTAGCGATGCTCACAAAGCAGCAGTTACTGGTGATACgtaagtaaac ... ttaattgcagGGTCGGAGATCCTTTTAAGGATACTGCTGGTCCTTCTCTTCACGTGCTCAT
EST: TATGGAGGGAAGGGTAGCGATGCTCACAAAGCAGCAGTTACTGGTGATAC GGTCGGAGATCCTTTTAAGGATACTGCTGGTCCTTCTCTTCACGTGCTCATEST: gi|37852556|gb|BJ610564.1|BJ610564
genomic: TATGGAGGGAAGGGTAGCGATGCTCACAAAGCAGCAGTTACTGGTGATACgtaagtaaac ... ttaattgcagGGTCGGAGATCCTTTTAAGGATACTGCTGGTCCTTCTCTTCACGTGCTCAT
EST: TATGGAGGGAAGGGTAGCGATGCTCACAAAGCAGCAGTTACTGGTGATAC GGTCGGAGATCCTTTTAAGGATACTGCTGGTCCTTCTCTTCACGTGCTCATEST: gi|162255698|gb|FC432112.1|FC432112
genomic: TATGGAGGGAAGGGTAGCGATGCTCACAAAGCAGCAGTTACTGGTGATACgtaagtaaac ... ttaattgcagGGTCGGAGATCCTTTTAAGGATACTGCTGGTCCTTCTCTTCACGTGCTCAT
EST: TATGGAGGGAAGGGTAGCGATGCTCACAAAGCAGCAGTTACTGGTGATAC GGTCGGAGATCCTTTTAAGGATACTGCTGGTCCTTCTCTTCACGTGCTCATEST: gi|162164624|gb|FC341919.1|FC341919
genomic: TATGGAGGGAAGGGTAGCGATGCTCACAAAGCAGCAGTTACTGGTGATACgtaagtaaac ... ttaattgcagGGTCGGAGATCCTTTTAAGGATACTGCTGGTCCTTCTCTTCACGTGCTCAT
EST: TATGGAGGGAAGGGTAGCGATGCTCACAAAGCAGCAGTTACTGGTGATAC GGTCGGAGATCCTTTTAAGGATACTGCTGGTCCTTCTCTTCACGTGCTCATEST: gi|37853223|gb|BJ611231.1|BJ611231
genomic: TATGGAGGGAAGGGTAGCGATGCTCACAAAGCAGCAGTTACTGGTGATACgtaagtaaac ... ttaattgcagGGTCGGAGATCCTTTTAAGGATACTGCTGGTCCTTCTCTTCACGTGCTCAT
EST: TATGGAGGGAAGGGTAGCGATGCTCACAAAGCAGCAGTTACTGGTGATAC GGTCGGAGATCCTTTTAAGGATACTGCTGGTCCTTCTCTTCACGTGCTCATEST: gi|37844974|gb|BJ602982.1|BJ602982
genomic: TATGGAGGGAAGGGTAGCGATGCTCACAAAGCAGCAGTTACTGGTGATACgtaagtaaac ... ttaattgcagGGTCGGAGATCCTTTTAAGGATACTGCTGGTCCTTCTCTTCACGTGCTCAT
EST: TATGGAGGGAAGGGTAGCGATGCTCACAAAGCAGCAGTTACTGGTGATAC GGTCGGAGATCCTTTTAAGGATACTGCTGGTCCTTCTCTTCACGTGCTCAT
genomic: TATGGAGGGAAGGGTAGCGATGCTCACAAAGCAGCAGTTACTGGTGATACgtaagtaaac ... ttaattgcagGGTCGGAGATCCTTTTAAGGATACTGCTGGTCCTTCTCTTCACGTGCTCAT
gctgcttgtttctgttcaacgcaagagctaatttcaggcatattattaattgcagGGTCGGAGATCCTTTTAAGGATACTGCTGGTCCTTCTCTTCACGTGCTCATTAAGATGCTTGCTACTATCACATTGGTCATGGCACCACTCTTTCTGGAC
tattaat putative branch site (score: 10)
atattattaattgca TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtaagtaaacatttcgtctgtacaattttttctaaatatttcactgacctggtgatgatatatcattaaagatgttaatttagaagcttatctgtatatctcgtttttcaaacatctaaaatgtccaaactttgtgctgcttgctgcttgtttctgttcaacgcaagagctaatttcaggcatattattaattgcagGGTCGGAGATCCTTTTAAGGATACTGCTGGTCCTTCTCTTCACGTGCTCATTAAGATGCTTGCTACTATCACATTGGTCATGGCACCACTCTTTCTGGAC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGATG