Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaagtgtgatgctatcgttagactgacgtgtgggcttgcgacataagtgttatgtttgaccctgtcagtctgaattgttgaatgtcagaatttggagtaaaatacaaaaaagatgaaagcgtgcaattggctttttgctcattttctattacctgtattcacaaggtttgtcctaacttggattgcagTGAACCTCTTGTGGATGAGACTTGGGTCTTGGTTGGCTTCTGTGCTTTCACAG

Basic information

species Physcomitrella patens
transcript PP1S269_30V6.2
intron # 15
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|37840929|gb|BJ598937.1|BJ598937
EST:     TACCTGCCTTTTGCGATTGGCAATGCACTGTCAGCAAATTATTTCAATGG                         TGAACCTCTTGTGGATGAGACTTGGGTCTTGGTTGGCTTCTGTGCTTTCAC
genomic: TACCTGCCTTTTGCGATTGGCAATGCACTGTCAGCAAATTATTTCAATGGgtaagtgtga ... tggattgcagTGAACCTCTTGTGGATGAGACTTGGGTCTTGGTTGGCTTCTGTGCTTTCAC
EST: gi|162255598|gb|FC431596.1|FC431596
EST:     TACCTGCCTTTTGCGATTGGCAATGCACTGTCAGCAAATTATTTCAATGG                         TGAACCTCTTGTGGATGAGACTTGGGTCTTGGTTGGCTTCTGTGCTTTCAC
genomic: TACCTGCCTTTTGCGATTGGCAATGCACTGTCAGCAAATTATTTCAATGGgtaagtgtga ... tggattgcagTGAACCTCTTGTGGATGAGACTTGGGTCTTGGTTGGCTTCTGTGCTTTCAC
EST: gi|162279090|gb|FC455429.1|FC455429
EST:     TACCTGCCTTTTGCGATTGGCAATGCACTGTCAGCAAATTATTTCAATGG                         TGAACCTCTTGTGGATGAGACTTGGGTCTTGGTTGGCTTCTGTGCTTTCAC
genomic: TACCTGCCTTTTGCGATTGGCAATGCACTGTCAGCAAATTATTTCAATGGgtaagtgtga ... tggattgcagTGAACCTCTTGTGGATGAGACTTGGGTCTTGGTTGGCTTCTGTGCTTTCAC
EST: gi|208386299|gb|DC953012.1|DC953012
EST:     TACCTGCCTTTTGCGATTGGCAATGCACTGTCAGCAAATTATTTCAATGG                         TGAACCTCTTGTGGATGAGACTTGGGTCTTGGTTGGCTTCTGTGCTTTCAC
genomic: TACCTGCCTTTTGCGATTGGCAATGCACTGTCAGCAAATTATTTCAATGGgtaagtgtga ... tggattgcagTGAACCTCTTGTGGATGAGACTTGGGTCTTGGTTGGCTTCTGTGCTTTCAC
EST: gi|18339902|gb|BJ171929.1|BJ171929
EST:     TACCTGCCTTTTGCGATTGGCAATGCACTGTCAGCAAATTATTTCAATGG                         TGAACCTCTTGTGGATGAGACTTGGGTCTTGGTTGGCTTCTGTGCTTTCAC
genomic: TACCTGCCTTTTGCGATTGGCAATGCACTGTCAGCAAATTATTTCAATGGgtaagtgtga ... tggattgcagTGAACCTCTTGTGGATGAGACTTGGGTCTTGGTTGGCTTCTGTGCTTTCAC
EST: gi|208348107|gb|DC916917.1|DC916917
EST:     TACCTGCCTTTTGCGATTGGCAATGCACTGTCAGCAAATTATTTCAATGG                         TGAACCTCTTGTGGATGAGACTTGGGTCTTGGTTGGCTTCTGTGCTTTCAC
genomic: TACCTGCCTTTTGCGATTGGCAATGCACTGTCAGCAAATTATTTCAATGGgtaagtgtga ... tggattgcagTGAACCTCTTGTGGATGAGACTTGGGTCTTGGTTGGCTTCTGTGCTTTCAC
EST: gi|67696733|gb|BJ956966.1|BJ956966
EST:     TACCTGCCTTTTGCGATTGGCAATGCACTGTCAGCAAATTATTTCAATGG                         TGAACCTCTTGTGGATGAGACTTGGGTCTTGGTTGGCTTCTGTGCTTTCAC
genomic: TACCTGCCTTTTGCGATTGGCAATGCACTGTCAGCAAATTATTTCAATGGgtaagtgtga ... tggattgcagTGAACCTCTTGTGGATGAGACTTGGGTCTTGGTTGGCTTCTGTGCTTTCAC
EST: gi|18341451|gb|BJ173486.1|BJ173486
EST:     TACCTGCCTTTTGCGATTGGCAATGCACTGTCAGCAAATTATTTCAATGG                         TGAACCTCTTGTGGATGAGACTTGGGTCTTGGTTGGCTTCTGTGCTTTCAC
genomic: TACCTGCCTTTTGCGATTGGCAATGCACTGTCAGCAAATTATTTCAATGGgtaagtgtga ... tggattgcagTGAACCTCTTGTGGATGAGACTTGGGTCTTGGTTGGCTTCTGTGCTTTCAC
EST: gi|208376570|gb|DC922601.1|DC922601
EST:     TACCTGCCTTTTGCGATTGGCAATGCACTGTCAGCAAATTATTTCAATGG                         TGAACCTCTTGTGGATGAGACTTGGGTCTTGGTTGGCTTCTGTGCTTTCAC
genomic: TACCTGCCTTTTGCGATTGGCAATGCACTGTCAGCAAATTATTTCAATGGgtaagtgtga ... tggattgcagTGAACCTCTTGTGGATGAGACTTGGGTCTTGGTTGGCTTCTGTGCTTTCAC
EST: gi|162183659|gb|FC359900.1|FC359900
EST:     TACCTGCCTTTTGCGATTGGCAATGCACTGTCAGCAAATTATTTCAATGG                         TGAACCTCTTGTGGATGAGACTTGGGTCTTGGTTGGCTTCTGTGCTTTCAC
genomic: TACCTGCCTTTTGCGATTGGCAATGCACTGTCAGCAAATTATTTCAATGGgtaagtgtga ... tggattgcagTGAACCTCTTGTGGATGAGACTTGGGTCTTGGTTGGCTTCTGTGCTTTCAC
EST: gi|208381414|gb|DC927850.1|DC927850
EST:     TACCTGCCTTTTGCGATTGGCAATGCACTGTCAGCAAATTATTTCAATGG                         TGAACCTCTTGTGGATGAGACTTGGGTCTTGGTTGGCTTCTGTGCTTTCAC
genomic: TACCTGCCTTTTGCGATTGGCAATGCACTGTCAGCAAATTATTTCAATGGgtaagtgtga ... tggattgcagTGAACCTCTTGTGGATGAGACTTGGGTCTTGGTTGGCTTCTGTGCTTTCAC
EST: gi|162189304|gb|FC366774.1|FC366774
EST:     TACCTGCCTTTTGCGATTGGCAATGCACTGTCAGCAAATTATTTCAATGG                         TGAACCTCTTGTGGATGAGACTTGGGTCTTGGTTGGCTTCTGTGCTTTCAC
genomic: TACCTGCCTTTTGCGATTGGCAATGCACTGTCAGCAAATTATTTCAATGGgtaagtgtga ... tggattgcagTGAACCTCTTGTGGATGAGACTTGGGTCTTGGTTGGCTTCTGTGCTTTCAC
EST: gi|208394434|gb|DC928486.1|DC928486
EST:     TACCTGCCTTTTGCGATTGGCAATGCACTGTCAGCAAATTATTTCAATGG                         TGAACCTCTTGTGGATGAGACTTGGGTCTTGGTCGGCTTCTGTGCTTTCAC
genomic: TACCTGCCTTTTGCGATTGGCAATGCACTGTCAGCAAATTATTTCAATGGgtaagtgtga ... tggattgcagTGAACCTCTTGTGGATGAGACTTGGGTCTTGGTTGGCTTCTGTGCTTTCAC
EST: gi|208354437|gb|DC926614.1|DC926614
EST:     TACCTGCCTTTTGCGATTGGCAATGCACTGTCAGCAAATTATTTCAATGG                         TGAACCTCTTGTGGATGAGACTTGGGTCTTGGTTGGCTTCTGTGCTTTCAC
genomic: TACCTGCCTTTTGCGATTGGCAATGCACTGTCAGCAAATTATTTCAATGGgtaagtgtga ... tggattgcagTGAACCTCTTGTGGATGAGACTTGGGTCTTGGTTGGCTTCTGTGCTTTCAC
EST: gi|208397506|gb|DC916390.1|DC916390
EST:     TACCTGCCTTTTGCGATTGGCAATGCACTGTCAGCAAATTATTTCAATGG                         TGAACCTCTTGTGGATGAGACTTGGGTCTTGGTTGGCTTCTGTGCTTTCAC
genomic: TACCTGCCTTTTGCGATTGGCAATGCACTGTCAGCAAATTATTTCAATGGgtaagtgtga ... tggattgcagTGAACCTCTTGTGGATGAGACTTGGGTCTTGGTTGGCTTCTGTGCTTTCAC
EST: gi|18334107|gb|BJ166123.1|BJ166123
EST:     TACCTGCCTTTTGCGATTGGCAATGCACTGTCAGCAAATTATTTCAATGG                         TGAACCTCGTGTGGATGAGACTTGGGTCTTGGTTGGCTTCTGTGCTTTCAC
genomic: TACCTGCCTTTTGCGATTGGCAATGCACTGTCAGCAAATTATTTCAATGGgtaagtgtga ... tggattgcagTGAACCTCTTGTGGATGAGACTTGGGTCTTGGTTGGCTTCTGTGCTTTCAC
EST: gi|208347298|gb|DC925322.1|DC925322
EST:     TACCTGCCTTTTGCGATTGGCAATGCACTGTCAGCAAATTATTTCAATGG                         TGAACCTCTTGTGGATGAGACTTGGGTCTTGGTTGGCTTCTGTGCTTTCAC
genomic: TACCTGCCTTTTGCGATTGGCAATGCACTGTCAGCAAATTATTTCAATGGgtaagtgtga ... tggattgcagTGAACCTCTTGTGGATGAGACTTGGGTCTTGGTTGGCTTCTGTGCTTTCAC
EST: gi|208356794|gb|DC926805.1|DC926805
EST:     TACCTGCCTTTTGCGATTGGCAATGCACTGTCAGCAAATTATTTCAACGG                         TGAACCTCTTGTGGATGAGACTTGGGTCTTGGTTGGCTTCTGTGCTTTCAC
genomic: TACCTGCCTTTTGCGATTGGCAATGCACTGTCAGCAAATTATTTCAATGGgtaagtgtga ... tggattgcagTGAACCTCTTGTGGATGAGACTTGGGTCTTGGTTGGCTTCTGTGCTTTCAC
EST: gi|208363842|gb|DC943299.1|DC943299
EST:     TACCTGCCTTTTGCGATTGGCAATGCACTGTCAGCAAATTATTTCAATGG                         TGAACCTCTTGTGGATGAG
genomic: TACCTGCCTTTTGCGATTGGCAATGCACTGTCAGCAAATTATTTCAATGGgtaagtgtga ... tggattgcagTGAACCTCTTGTGGATGAG
EST: gi|18340631|gb|BJ172659.1|BJ172659
EST:     TACCTGCCTTTTGCGATTGGCAATGCACTGTCAGCAAATTATTTCAATGG                         TGAACCTCTTGTGGATGAGACTTGGGTCTTGGTTGGCTTCTGTGCTTTCAC
genomic: TACCTGCCTTTTGCGATTGGCAATGCACTGTCAGCAAATTATTTCAATGGgtaagtgtga ... tggattgcagTGAACCTCTTGTGGATGAGACTTGGGTCTTGGTTGGCTTCTGTGCTTTCAC
EST: gi|208395040|gb|DC924175.1|DC924175
EST:     TACCTGCCTTTTGCGATTGGCAATGCACTGTCAGCAAATTATTTCAATGG                         TGAACCTCTTGTGGATGAGACTTGGGTCTTGGTTGGCTTCTGTGCTTTCAC
genomic: TACCTGCCTTTTGCGATTGGCAATGCACTGTCAGCAAATTATTTCAATGGgtaagtgtga ... tggattgcagTGAACCTCTTGTGGATGAGACTTGGGTCTTGGTTGGCTTCTGTGCTTTCAC
EST: gi|208380224|gb|DC919060.1|DC919060
EST:     TACCTGCCTTTTGCGATTGGCAATGCACTGTCAGCAAATTATTTCAATGG                         TGAACCTCTTGTGGATGAGACTTGGGTCTTGGTTGGCTTCTGTGCTTTCAC
genomic: TACCTGCCTTTTGCGATTGGCAATGCACTGTCAGCAAATTATTTCAATGGgtaagtgtga ... tggattgcagTGAACCTCTTGTGGATGAGACTTGGGTCTTGGTTGGCTTCTGTGCTTTCAC
EST: gi|208355907|gb|DC926668.1|DC926668
EST:     TACCTGCCTTTTGCGATTGGCAATGCACTGTCAGCAAATTATTTCAATGG                         TGAACCTCTTGTGGATGAGACTTGGGTCTTGGTTGGCTTCTGTGCTTTCAC
genomic: TACCTGCCTTTTGCGATTGGCAATGCACTGTCAGCAAATTATTTCAATGGgtaagtgtga ... tggattgcagTGAACCTCTTGTGGATGAGACTTGGGTCTTGGTTGGCTTCTGTGCTTTCAC
EST: gi|208354673|gb|DC918699.1|DC918699
EST:     TACCTGCCTTTTGCGATTGGCAATGCACTGTCAGCAAATTATTTCAATGG                         TGAACCTCTTGTGGATGAGACTTGGGTCTTGGTTGGCTTCTGTGCTTTCAC
genomic: TACCTGCCTTTTGCGATTGGCAATGCACTGTCAGCAAATTATTTCAATGGgtaagtgtga ... tggattgcagTGAACCTCTTGTGGATGAGACTTGGGTCTTGGTTGGCTTCTGTGCTTTCAC

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 1 RNA-Seqlibrary.


Block sizes: 11 (upstream exon), 35 (downstream exon)
Score: 6

GCACTTTTGTACCTGCCTTTTGCGATTGGCAATGCACTGTCAGCAAATTATTTCAATGGgtaagtgtga ... tggattgcagTGAACCTCTTGTGGATGAGACTTGGGTCTTGGTTGGCTTCTGTGCTTTCACAG




<











<


<











 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tttgctcattttctattacctgtattcacaaggtttgtcctaacttggattgcagTGAACCTCTTGTGGATGAGACTTGGGTCTTGGTTGGCTTCTGTGCTTTCACAG
                                     tcctaac  putative branch site (score: 6)
       attttctatta  TA-rich tract