Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...agtgctgttgtttcacaaagtactgagaagaatagtctctttcgttactagccactctgtgctttgaaatattaaggttttcaatttcgatgtgcgtcagGTGGAAATATTTTCCATGGGGCAATGGGGTTAGATGCTCTTTTCCTGCTTCGACCTTTAAAAGGCTG

Basic information

species Physcomitrella patens
transcript PP1S224_84V6.1
intron # 15
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|37842025|gb|BJ600033.1|BJ600033
EST:     TTATGATATGCTCACTCCTCCAGACCTGGAACGAGTTTTGGGCCTTACAG                         GTGGAAATATTTTCCATGGGGCAATGGGGTTAGATGCTCTTTTCCTGCTTC
genomic: TTATGATATGCTCACTCCTCCAGACCTGGAACGAGTTTTGGGCCTTACAGgtacttttct ... tgtgcgtcagGTGGAAATATTTTCCATGGGGCAATGGGGTTAGATGCTCTTTTCCTGCTTC
EST: gi|37846467|gb|BJ604475.1|BJ604475
EST:     TTATGATATGCTCACTCCTCCAGACCTGGAACGAGTTTTGGGCCTTACAG                         GTGGAAATATTTTCCATGGGGCAATGGGGTTAGATGCTCTTTTCCTGCTTC
genomic: TTATGATATGCTCACTCCTCCAGACCTGGAACGAGTTTTGGGCCTTACAGgtacttttct ... tgtgcgtcagGTGGAAATATTTTCCATGGGGCAATGGGGTTAGATGCTCTTTTCCTGCTTC
EST: gi|208399938|gb|DC925206.1|DC925206
EST:     TTATGATATGCTCACTCCTCCAGACCTGGAACGAGTTTTGGGCCTTACAG                         GTGGAAATATTTTCCATGGGGCAATGGGGTTAGATGCTCTTTTCCTGCTTC
genomic: TTATGATATGCTCACTCCTCCAGACCTGGAACGAGTTTTGGGCCTTACAGgtacttttct ... tgtgcgtcagGTGGAAATATTTTCCATGGGGCAATGGGGTTAGATGCTCTTTTCCTGCTTC


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tactagccactctgtgctttgaaatattaaggttttcaatttcgatgtgcgtcagGTGGAAATATTTTCCATGGGGCAATGGGGTTAGATGCTCTTTTCCTGCTTCGACCTTTAAAAGGCTG
                     aaatattaaggttttc  TA-rich tract